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[GROMACS] gromacs钠电池电解液NPT平衡阶段压力波动极大

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各位老师好,我在模拟电解液体系时,在NPT阶段压力波动极大(RMSD达到数千)且运行时一直伴随如下提示:Warning: pressure scaling more than 1%。体系总原子数九千左右,分子数在三百左右。已经试过了C-rescale,PR,bredesen三种方式,PR会在运行一段时间后直接崩溃,另外两种可以产生结果。希望各位老师能够指点一下

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发表于 Post on 2025-11-13 22:33:22 | 只看该作者 Only view this author
pressure看的是平均,gmx energy出的波动大正常。

要看收敛看Density或volume或box x/y/z

以下帖文已经有个Pressure的图及解说:
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-14 00:03:33 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-11-13 22:33
pressure看的是平均,gmx energy出的波动大正常。

要看收敛看Density或volume或box x/y/z

好的,感谢您的解答和版主的文章,受益良多

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发表于 Post on 2025-11-15 06:18:12 | 只看该作者 Only view this author
我在论坛里说过无数次,体系达到平衡之前不要用PR压浴,这压浴不是什么好东西

那叫Berendsen不叫bredesen
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发表于 Post on 2025-12-24 15:05:27 | 只看该作者 Only view this author
PR压浴也是扩展相空间法,对体系的初态要求还挺严格的,应该充分平衡体系。
所以一般就是先用berendsen平衡完再用PR采样。不过现在可以直接从头到尾用C-rescale了

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