对抗体抗原复合物进行100ns模拟多次出现分离的构象正常吗

YuniJ · 发表于 Post on 2026-1-6 14:15:09

如题所示，对初始结构是结合的抗体抗原进行了100ns的模拟，进行去除轨迹周期化处理和对齐操作后，RMSD结果呈现出跳跃，如下图所示，模拟是否存在问题？

student0618 · 发表于 Post on 2026-1-6 14:17:29

明显是pbc的事，trjconv 用-pbc cluster 选复合物的组。

YuniJ · 发表于 Post on 2026-1-6 14:30:24

student0618 发表于 2026-1-6 14:17
明显是pbc的事，trjconv 用-pbc cluster 选复合物的组。

我想请教一下原理是什么嘞？我对pbc进行了-center -pbc mol -ur compact和-fit rot+trans

student0618 · 发表于 Post on 2026-1-6 15:51:09

YuniJ 发表于 2026-1-6 14:30
我想请教一下原理是什么嘞？我对pbc进行了-center -pbc mol -ur compact和-fit rot+trans

参考GROMACS手册 https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-trjconv.html

cluster clusters all the atoms in the selected index such that they are all closest to the center of mass of the cluster, which is iteratively updated. Note that this will only give meaningful results if you in fact have a cluster. Luckily that can be checked afterwards using a trajectory viewer. Note also that if your molecules are broken this will not work either.

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-7 04:30:10

老生常谈的问题，仔细看下文RMSD部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

YuniJ · 发表于 Post on 2026-1-7 16:11:54

student0618 发表于 2026-1-6 15:51
参考GROMACS手册 https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-trjconv.html

谢谢老师

YuniJ · 发表于 Post on 2026-1-7 16:22:33

sobereva 发表于 2026-1-7 04:30
老生常谈的问题，仔细看下文RMSD部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/62 ...

谢谢老师

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