GROMACS模拟含有HfCl4的异丙醇溶液过程中金属离子的参数问题

LINQIXUAN · 发表于 Post on 2022-2-14 20:02:34

各位老师好，我想要模拟含有HfCl4的异丙醇溶液，没有查找到HfCl4的参数，查找到了水溶液中Hf4+的参数（https://doi.org/10.1021/jp505875v），是AMBER力场的，这里我有几个问题想请教各位老师：

1. 水溶液中Hf4+的参数可以用于模拟异丙醇溶液中的HfCl4吗？如果可以的话，Cl-的参数是直接用其他金属四氯化物的参数吗？

2. 看到其他帖子写的r0=2^(1/6)σ，上述文献中提供了Rmin/2 (Å)，请问GROMACS中的sigma参数是否等于Rmin除以2^(1/6)呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-15 06:54:50

Merz的参数不是仅限于结合AMBER力场用的，更不要叫“AMBER力场的”，尽管Merz是AMBER开发者之一

1 不是不可以，但最好做验证，比如和CP2K用DFT跑的轨迹的统计特征作对比，如rdf等

2 是

LINQIXUAN · 发表于 Post on 2022-2-15 13:59:24

sobereva 发表于 2022-2-15 06:54
Merz的参数不是仅限于结合AMBER力场用的，更不要叫“AMBER力场的”，尽管Merz是AMBER开发者之一

1 不是 ...

好的，谢谢sob老师，我先模拟看看

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