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[虚拟筛选] 分子对接后,如何进行进一步的筛选?

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楼主
各位老师好!
我是华中农业大学硕士研究生。我在进行药物筛选。
筛选的药物库有9000多个小分子。

我使用autodock进行分子对接,分子对接后,还要进行哪些步骤进一步缩小范围?只根据结合能不行吧?
感谢解答

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发表于 Post on 2026-1-13 00:34:19 | 只看该作者 Only view this author
你先说明筛选的标准是什么、目的是什么,别人才能告诉你怎么筛合适
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2026-1-13 00:45:16 | 只看该作者 Only view this author
比较general的可参考以下这篇,但实际上如楼上sob老师说要先说清楚,不然很难说。
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.0c02227
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-15 15:15:23 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-1-13 00:45
比较general的可参考以下这篇,但实际上如楼上sob老师说要先说清楚,不然很难说。
https://pubs.acs.org/d ...

感谢解答。您推荐的文献很好,我阅读一下,希望能学会肉眼检查

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-15 15:19:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-13 00:34
你先说明筛选的标准是什么、目的是什么,别人才能告诉你怎么筛合适

老师,我的目的就是,从9000多个肠道代谢物中,逐步缩小范围,最终锁定200左右的小分子,然后购买,进行分子实验验证。

老师,我也不清楚具体的标准是啥?docking自由能比较低;小分子有生理浓度;还要什么标准呢老师?

感谢您的解答

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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
sunhongxun 发表于 2026-1-15 15:19
老师,我的目的就是,从9000多个肠道代谢物中,逐步缩小范围,最终锁定200左右的小分子,然后购买,进行 ...

倘若你的筛选目的是寻找与某受体结合能力强的分子,结合自由能是首要标准
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
这不算是目的,只是描述过程。具体标准很看实际目的、实际情况。

目的是例如某环境中标靶某蛋白、能通过blood-brain barrier的药物、会影响某蛋白功能等。

实际情况是有多少时间完成项目、用什么机器跑、买小分子预算多少等。

一般很General的先筛去docking score比某cutoff更差的分子或只保留N% top compounds、要考虑蛋白柔性及显式溶剂跑MD、跑完MD 跑MMPBSA 算binding free energy。

某特定作用如氢键已知对结合这蛋白很重要的保留有该氢键的分子、药物方向再筛ADMET,要在强酸下作用的筛去根据化学知识会在该环境不稳定的。
有一批Candidate了,看看价格及预算再因现实原因选。

以上可能如楼主的项目完全没有任何关係,不知道目的及可用资源只能够用较常见的方向猜猜。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-1-16 01:15
这不算是目的,只是描述过程。具体标准很看实际目的、实际情况。

目的是例如某环境中标靶某蛋白、能通过 ...

老师,您的这句话“某特定作用如氢键已知对结合这蛋白很重要的保留有该氢键的分子”

我非常受用,感谢您。

我从文献里已经知道某几个氨基酸很重要,在docking后,优先保留与这几个氨基酸存在氢键的分子可以么?

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sunhongxun 发表于 2026-1-19 21:51
老师,您的这句话“某特定作用如氢键已知对结合这蛋白很重要的保留有该氢键的分子”

我非常受用,感谢 ...

如果能合理解释可以试试。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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