求助：对蛋白晶体结构中的结晶水进行位置限制

remake

我有一个体系，包含一个蛋白，一个镁离子，4个水分子，其中镁离子与四个水分子以及蛋白中一个残基形成配位键，现在想通过限制镁离子和水分子的位置来粗糙的模拟一下配位键，但是不清楚怎么对这几个结晶水分子进行位置限制

先说一下目前的尝试，我建立了索引组并在top文件中添加如下内容：
#ifdef POSRES_WATER_MG
#include "itp/posre_water_mg.itp"
#endif

但是在进行能量最小化时报错：
ERROR 1 [file posre_water_mg.itp, line 5]:
  Atom index (2701) in position_restraints out of bounds (1-1).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "position_restraints" section to the right
  molecule.
看到有人说需要对结晶水进行重命名，但不知道具体是怎么操作，向各位大佬求助。

sobereva

镁离子和水之间不叫配位键
[position_restraints]里的原子序号是对于被作用到的（上面离它最近的）[moleculetype]而言的，而不是整个体系的全局原子序号

remake

sobereva 发表于 2026-1-26 00:15
镁离子和水之间不叫配位键
里的原子序号是对于被作用到的（上面离它最近的）[moleculetype]而言的，而不是 ...

不好意思，卢老师，在我更改了[position_restraints]里的原子序号还是报了相同的错：
ERROR 1 [file posre_water.itp, line 6]:
  Atom index (2) in position_restraints out of bounds (1-1).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "position_restraints" section to the right
  molecule.
此外我对gro和top文件中的几个结晶水都改了新名字HHO，top文件大致如下：
...
; Include chain topologies
#include "topol_Protein_chain_A.itp"
#include "topol_Ion_chain_A2.itp"

#ifdef POSRES_HHO
#include "posre_HHO.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber99sb.ff/tip3p.itp"
....
[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
Ion_chain_A2        1
HHO              5

但仍然是上述报错，是不是在做这些之前要对单独这几个水进行处理（就像处理一般的配体小分子一样）

sobereva

remake 发表于 2026-1-26 11:22
不好意思，卢老师，在我更改了里的原子序号还是报了相同的错：
ERROR 1 [file posre_water.itp, line 6] ...

position_restraints根本没放对位置
你紧挨着Mg的定义后面放，这是对Mg做的位置限制，每个这种moleculetype里只有一个原子，当然位置限制里的原子序号只能是1