生成细胞膜后，配体的苯环变成六元环，双键变成单键，应该怎么解决

wqm · 发表于 Post on 2026-2-5 15:25:36

各位老师，我生成细胞膜后，发现我原来complex中的配体的苯环变成了六元环，双键变成了单键，这种情况应该怎么解决呢，恳请各位老师赐教，感谢！

图中左边是生成细胞膜后，配体的结构，右边是我原本的配体结构，矩形框住的部分双键变了，而椭圆圈住的部分，苯环变成六元环了，若需两者的pdb文件，我再上传

KazusaT · 发表于 Post on 2026-2-5 15:42:48

pdb不记录连接关系的话就是纯根据距离判断的吧，你只要确认拓扑文件中的原子类型及参数正确不就好了

wqm · 发表于 Post on 2026-2-5 16:29:15

KazusaT 发表于 2026-2-5 15:42
pdb不记录连接关系的话就是纯根据距离判断的吧，你只要确认拓扑文件中的原子类型及参数正确不就好了

好的，谢谢

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