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[GROMACS] 求助MD分析旋转和平移之前,对轨迹消除蛋白的平动和转动是必需的吗?

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         各位老师和前辈,你们好!请教一下在进行MD基础分析(如计算RMSD、RMSF和回旋半径)之前,对轨迹.xtc文件消除蛋白的平动和转动(-fit rot+trans)是必需的吗?我看有的没做,有的做了。谢谢!


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发表于 Post on 2023-2-1 13:33:54 | 只看该作者 Only view this author
用gromacs算rmsd和rmsf时,程序会先进行消除平动转动的操作,可以不用另外操作,回旋半径和平动转动无关

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发表于 Post on 2023-2-1 13:58:45 | 只看该作者 Only view this author
除非MD过程中蛋白质本身就没有任何整体平动和转动,否则算RMSD和RMSF前都必须消整体运动,否则从计算公式上就明显知道结果将毫无意义、结果体现的将不是只体现蛋白质内部结构运动特征
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-1 17:09:30 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2023-2-1 13:33
用gromacs算rmsd和rmsf时,程序会先进行消除平动转动的操作,可以不用另外操作,回旋半径和平动转动无关

嗯嗯,谢谢指点!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-1 17:15:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 charmm36 于 2023-2-1 17:19 编辑
sobereva 发表于 2023-2-1 13:58
除非MD过程中蛋白质本身就没有任何整体平动和转动,否则算RMSD和RMSF前都必须消整体运动,否则从计算公式上 ...

好的,谢谢sob老师指教。看来还是得先消除运动,再分析。另外,二楼前辈Frozen-Penguin提到Gromacs在计算RMSD和RMSF时会自动消除平动和转动,不知是否真如此?还望Sob老师赐教。

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发表于 Post on 2023-2-2 01:27:22 | 只看该作者 Only view this author
charmm36 发表于 2023-2-1 17:15
好的,谢谢sob老师指教。看来还是得先消除运动,再分析。另外,二楼前辈Frozen-Penguin提到G ...

gmx rms运行一开始会让你选择做fit的组和计算RMSD的组,让你选前者就是为了在计算RMSD之前对这个组先消除整体运动
gmx rmsf自动对你选的组消除整体运动再算RMSF
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-2 10:24:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-2 01:27
gmx rms运行一开始会让你选择做fit的组和计算RMSD的组,让你选前者就是为了在计算RMSD之前对这个组先消除 ...

懂了,非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-4 22:08:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-2 01:27
gmx rms运行一开始会让你选择做fit的组和计算RMSD的组,让你选前者就是为了在计算RMSD之前对这个组先消除 ...

看糊涂了,RMSD和RMSF计算前必须要对.xtc文件-fit rot+trans吗?求确认!

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发表于 Post on 2026-2-5 03:25:57 | 只看该作者 Only view this author
charmm36 发表于 2026-2-4 22:08
看糊涂了,RMSD和RMSF计算前必须要对.xtc文件-fit rot+trans吗?求确认!

不需要
做这种分析的时候自动就会对你选定的组做这种处理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-5 10:56:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-2-5 03:25
不需要
做这种分析的时候自动就会对你选定的组做这种处理

懂了,谢谢!

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