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本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-2-18 16:11 编辑
你好，不知道你是否拿gromacs做出来了，但是我突然悟了。如果研究范德华力和氢键 静电作用主导的界面相互作用，gromacs肯定能做的。如果研究界面反应，涉及化学键变化，那需要Lammps反应力场 或者CP2K做AIMD 或者半经验方法AIMD。
[doi.org/10.1038/s41560-023-01227-6] 这个经典文献讲了SAM和钙钛矿共沉积。一个重要观点是SAM在退火之前是松散packing，退火才能锚定，和TCO生成新键。我想钝化剂分子也差不多。如果拿gromacs做常温模拟退火前那个过程（分子定向排列，没有成键断键），在原理上是可以说得通的。然后gromacs仅仅是从时间角度研究分子的排列定向，然后判断一个分子结合位置的趋势。这个趋势和分子取向是化学反应的前提，预示动力学上的可能性。（比如有的SAM团聚，不利于覆盖基底。就算他结合能大，那也不好使，结合之前先聚完了）进一步，至于说化学键强度和结合能，热力学量可以静态地拿CP2K来研究。即，从两方面讨论问题。你要研究分子排列偶极矩，我感觉可以实现
我按照楼上文献用UFF 描述氧化镍 ITO 钙钛矿，是可以的。拿gview把他们扩胞到XY方向80A这样，当成一个刚性薄板处理。电荷可以用CP2K算REPEAT电荷得到，查文献也行。然后拿sobtop生成itp，按元素分配电荷，原子类型选UFF。然后生成atomtype和bond等。这里我拿不含连接关系的mol2当输入文件，然后只生成了moleculetype atomtype atoms ，没有成键项、键角、二面角。
整个板当一个残基，拿packmol给上面加SAM。然后在mdp里面冻结氧化镍板这个组的坐标，就不需要成键关系了（但没有bond项看起来比较奇怪，不知道能不能行）。然后在z=0和z max加两个WALL限制势，挡住SAM跑出去。做NVT模拟，XY周期性。做出来结果大概这样，看着合理，和文献看着差不多。如果不用WALL，也有文献是用上下两个氧化镍板，但我感觉比较奇怪，不符合现实
itp生成细节：Sobtop http://sobereva.com/soft/Sobtop/
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发表于 Post on 2026-1-9 11:15:10
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