“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 246|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助:MD计算溶剂化自由能时如何去除位置限制的影响

[复制链接 Copy URL]

32

帖子

0

威望

585

eV
积分
617

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师们好,想要计算蛋白质分别在水相和表面粘附时的溶剂化自由能之间的差值得到结合能,计算使用gromacs,为了保证蛋白质在表面粘附,对蛋白质施加位置限制。不知道怎么在最后结果中去除位置限制的影响,看到有文献讲到使用mbar(The resulting 20 ns of production simulation data are reweighted through MBAR remove the effect of the lateral restraints and provide a whole-surface solvation free energy. https://doi.org/10.1073/pnas.2020205118)。但不知道具体操作方法,还请各位老师指教。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-14 03:33 , Processed in 0.183238 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list