autoMECP自动工作流

slxc920113

把easyMECP
jaimergp/easymecp: Python utilities for performing MECP (Minimum Energy Crossing Point) with Gaussian
EasyMECP - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社


进一步做了傻瓜式的优化，将fortran部分的MECP代码用Python实现了，现在是一个纯Python的代码，不再需要fortran编译。

1. usage: automecp [-h] [-V] -f INPUTFILE [--max_steps MAX_STEPS]
   
2.                 [--energy_parser {cis,dft,mp2,td}]
   
3.                 [--gaussian_exe GAUSSIAN_EXE] [--fresh] [--TDE TDE]
   
4.                 [--TDXMax TDXMAX] [--TDXRMS TDXRMS] [--TGMax TGMAX]
   
5.                 [--TGRMS TGRMS]
   
6. 
   
7. optional arguments:
   
8.   -h, --help            show this help message and exit
   
9.   -V, --version         show program's version number and exit
   
10.   -f INPUTFILE, --inputfile INPUTFILE
    
11.                         Gaussian template .gjf with {A,B} fields
    
12.   --max_steps MAX_STEPS
    
13.   --energy_parser {cis,dft,mp2,td}
    
14.   --gaussian_exe GAUSSIAN_EXE
    
15.   --fresh               Start from scratch inside the workdir
    
16.   --TDE TDE
    
17.   --TDXMax TDXMAX
    
18.   --TDXRMS TDXRMS
    
19.   --TGMax TGMAX
    
20.   --TGRMS TGRMS
    

复制代码

使用方式就是python automecp.py -f ****.gjf --energy_parser ***

Gaussian输入的模板和easymecp保持一致

1. %chk={Singlet,Triplet}.chk
   
2. #n PBE1PBE/6-31G** force guess(read)
   
3. 
   
4. {Singlet,Triplet} State
   
5. 
   
6. 1 {1,3}
   
7.    C    0.00000000    1.29390795    0.00000000
   
8.    C    1.26894294    0.69491769    0.00000000
   
9.    C    1.25319073   -0.68704191    0.00000000
   
10.    C    0.00000000   -1.37652121    0.00000000
    
11.    C   -1.25319073   -0.68704191    0.00000000
    
12.    C   -1.26894294    0.69491769    0.00000000
    
13.    H    2.18616903    1.27569862    0.00000000
    
14.    H    2.18025862   -1.25246238    0.00000000
    
15.    H    0.00000000   -2.46323577    0.00000000
    
16.    H   -2.18025862   -1.25246238    0.00000000
    
17.    H   -2.18616903    1.27569862    0.00000000
    
18. 
    

复制代码

现在会自动计算初始的初猜文件，断点自动续算。如果要强制从头开始（清空工作目录内旧文件），可以添加--fresh参数：

1. python automecp.py -f Pyrrole_A2-3B2.gjf --energy_parser td --fresh

复制代码

脚本会自动创建工作目录：
工作目录名 = 模板文件名去后缀 + .mecp
例如模板文件是： /home/work/Pyrrole_A2-3B2.gjf
工作目录为： /home/work/Pyrrole_A2-3B2.mecp/
所有计算都在该目录内进行。

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