如何找到合适的xtb动力学模拟参数？

Jiang127127 · 发表于 Post on 前天 10:31

想要对分子进行构象搜索，搜索出来的构象用于描述符提取，请问应该如何确定搜索到的构象够全面了？
在阅读Sob老师的帖子：使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社
疑惑对于自己的体系怎么设置xtb的MD任务的文件md.inp呢？dump= 50.0，step= 1.0是常用的，模拟的总时间(ps)需要根据自己体系去改动，请问是看什么结果参数就可以确定自己选的模拟的总时间是合适的呢？找到构象的最低能量在一定范围内就可以接受吗？我想要进行构象搜索的分子结构如图片所示：

请问老师是怎么确定自己选的模拟的总时间是合适的呢？

Stardust0831 · 发表于 Post on 前天 14:12

这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》《将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索》
这样就省得跑动力学了，方便很多，而且对势能面采样得较为均匀全面，不容易漏掉极小点。不会像高温动力学模拟那样依赖参数和初始构象。

Jiang127127 · 发表于 Post on 前天 14:57

Stardust0831 发表于 2026-3-3 14:12
这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工 ...

谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

Jiang127127 · 发表于 Post on 前天 16:08

本帖最后由 Jiang127127 于 2026-3-3 16:09 编辑

解决了，画能量随时间变化曲线即可：

Stardust0831 · 发表于 Post on yesterday 13:28

Jiang127127 发表于 2026-3-3 14:57
谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

那个环状不需要搜，相对来说是刚性的，构象有限。

Stardust0831 · 发表于 Post on yesterday 13:29

Jiang127127 发表于 2026-3-3 16:08
解决了，画能量随时间变化曲线即可：

动力学平衡不等于能遍历所有可能的构象哦，因为困在某个极小点附近也能能量稳定，但无法满足构象搜索时“遍历尽可能多构象”的需求。

Jiang127127 · 发表于 Post on yesterday 14:45

Stardust0831 发表于 2026-3-4 13:29
动力学平衡不等于能遍历所有可能的构象哦，因为困在某个极小点附近也能能量稳定，但无法满足构象搜索时“ ...

嗯嗯，谢谢老师指导！

sobereva · 发表于 Post on halfhour ago

Jiang127127 发表于 2026-3-3 14:57
谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

你这些体系里虽然有环，但环是刚性的、不需要考虑环的不同构象，因此gentor、confab的做法完全适用

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