求助：关于CP2K连用i-pi计算PIMD过程时间过长

Yiliuvito · 发表于 Post on 6 day ago

本帖最后由 Yiliuvito 于 2026-3-3 22:21 编辑

各位老师好！
我现在正在双路48共96核的服务器上进行PIMD的计算，我好像在使用多线程绑定cpu计算上遇到了麻烦，如果是单个bead的任务或者是cp2k单独的任务计算速度都没有这么慢（在这儿指代的是scf计算一轮所花费的时间已经达到了240s左右，我的体系是60个水分子，在进行计算前已进行几何优化）通过对比网络上已有的部分资源发现PIMD计算中速度都在20s左右，我使用了top命令查看发现除了第一个cpu偶尔超过100%以外其余的都在20%左右，不论写了bash还是单独在终端一个个计算发现结果都是这样（我在终端中手输入的命令如下，{}内容会根据96核更改）

export OMP_NUM_THREADS=6
export OMP_PLACES=threads
export OMP_PROC_BIND=spread
taskset -c {0-11} mpirun -np 2 --bind-to core cp2k.psmp -i cp2k.inp

请各位老师百忙中帮忙看下，我觉得应该是我计算绑定的资源分配有问题，十分感谢！

cp2k.inp (1.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

input.xml (1.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

run_pimd.sh (1.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

water_box.xyz (9.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

log.ipi (8.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

beyond · 发表于 Post on 4 day ago

从log文件中，也看出来了，cp2k 与i-pi并没有连接成功的

这么多水分子，8个beads肯定不够吧
选多少个beads，其实和thermostat有很大关系，i-PI的开发者M. Ceriotti：
“Note incidentally that 8 beads are not enough to converge a PI calculation for water at room temperature. If you want you can try to use PIGLET https://journals.aps.org/prl/abs ... RevLett.109.100604. Good parameter should be these https://gle4md.org/index.html?pa ... its=ps&cunits=k”

如果计算资源不是很足，跑PIMD很难

我最近发现i-pi可以连上ASE，再用MACE模型（MACE-OFF24.medium训练中了有water cluster）
有GPU的话，非常快，精度不比CP2K差，当然还有其它的模型可以选择，看你自己的需求啦

Yiliuvito · 发表于 Post on 3 day ago

beyond 发表于 2026-3-5 17:40
从log文件中，也看出来了，cp2k 与i-pi并没有连接成功的

这么多水分子，8个beads肯定不够吧

收到，谢谢您的回复，我根据您说的再仔细研究下

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