求助：GROMACS建模环肽体系，如何参数化非标准硫缩醛桥（-S-CH2-S-）

Chain_nnNn · 发表于 Post on yesterday 00:08

求助各位老师，尝试对环肽进行溶液体系建模时遇到了困难，肽段包含一个非标准的硫缩醛桥（-S-CH2-S-）连接 Cys3 和 Cys12
前期思路是把 -CH2- 当成一个两端与 Cys 成键的共价配体来处理，因为它看起来就是在二硫键中间插入一个亚甲基
请问各位老师有没有什么方法对这样的环肽硫缩醛桥进行参数化
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student0618 · 发表于 Post on yesterday 02:48

本帖最后由 student0618 于 2026-3-6 02:50 编辑

参考以下帖子当1-3个非标准残基处理，始终连起来partial charge要重算的。其他项还可搬力场类似的成键参数将就用。

Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 57309&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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[GROMACS] 求助：GROMACS建模环肽体系，如何参数化非标准硫缩醛桥（-S-CH2-S-）