求助可视化化合物空腔结构的好方法

xkzb

我目前计算了锂钠钾铷铯五个离子与2个萃取剂分子的结合能，筛选并优化了构型。实验中，萃取剂对铷铯离子的萃取率高，而对锂钠钾离子的萃取率很低，我考虑是两个萃取剂分子形成的类似空腔的结构与五个离子半径之间存在一定的关联性。（可能结果：随着离子半径增大，两个配体逐渐张开。Li⁺的结构最紧凑，Cs⁺的结构最舒展，两个配体被撑开得更远。）因此需要可视化我优化得到的萃合物的空腔体积这个量，有看过社长对于分子空洞可视化的文章，尝试过，但是可能因为我的结构没有封闭成环或体，而是较为开放式的（可见附图1，想要可视化的区域也在图中标出），所以并没有做出理想的可视化图来，想问问各位有没有好的方法能够呈现我想要的结果呢？所用的萃取剂为‌4-叔丁基-2-(α-甲基苄基)苯酚，平面结构见附图2。

sobereva

没必要非得可视化成一块区域来展现，比如从当前图上来看离子和苯环中心的距离直接决定了空腔大小，就直接用二者的距离来说事就够了

xkzb

sobereva 发表于 2026-3-7 06:01
没必要非得可视化成一块区域来展现，比如从当前图上来看离子和苯环中心的距离直接决定了空腔大小，就直接用 ...

好的，谢谢社长回复。另外还有个问题想请教：是否可以将这五个离子重合到一个位置，然后去观察各自剩余结构的空间距离的区别，这样感觉也比较直观。能否通过Multiwfn实现呢？

sobereva

xkzb 发表于 2026-3-7 17:04
好的，谢谢社长回复。另外还有个问题想请教：是否可以将这五个离子重合到一个位置，然后去观察各自剩余结 ...

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

可以尝试利用上文提供的功能，先把O-M-O弄到XY平面上，再让M-O平行于X轴，再把M挪到坐标原点，然后保存结构文件。之后把这么处理得到的不同离子的配合物的结构文件都放到VMD里一起显示，可能能直观对比空间结构的差异

xkzb

sobereva 发表于 2026-3-8 09:29
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/th ...

好的，谢谢社长，我试一试。