Gromacs也能支持恒定ph模拟了

whitemouse · 发表于 Post on 2024-1-18 15:02:29

前几天在逛文献时看到一篇文章，phbuilder: A Tool for Efficiently Setting up Constant pH Molecular Dynamics Simulations in GROMACS。

gitlab上介绍这个工具的用法是在pdb2gmx时指定可滴定的残基，并在.ndx文件里写上这些组，最后在.mdp文件里添加上一些参数即可。最后会把一些计算过程的关键信息写入.edr文件里，可以用cphmd命令来提取。详细可以看这里https://gitlab.com/gromacs-constantph。同时作者还说会在后续的Gromacs正式版本里添加该功能，很期待！

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-1-22 10:39:54

这个我用我自己的蛋白体系跑了下，感觉还有些输出文件找不到对应的解释

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-22 16:56:01

本帖最后由喵星大佬于 2024-1-22 16:58 编辑

支持了是早就支持了，只是很多东西语焉不详，这次有了个这个构建工具只能是稍好

原版gromacs也可以用NAMD里类似的快速炼金术过程做CpHMD，但是各种质子化状态转换的拓扑和MC的部分得自己做

-Vanilla- · 发表于 Post on 2024-7-5 18:13:58

请问这个插件可以直接使用吗？还是需要匹配特定版本的gromacs？

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-7-6 12:59:02

-Vanilla- 发表于 2024-7-5 18:13
请问这个插件可以直接使用吗？还是需要匹配特定版本的gromacs？

去phconstant官网下载，我用过，是2021版本的gmx

username · 发表于 Post on yesterday 20:44

Assertion failed:
Condition: (lambdaCoordinate.x < 1.15 && lambdaCoordinate.x > -0.15)
Lambda coordinate left the range for which it has been parametrised. Check
your input parameters 请问老师，这个问题是在用phbuilder跑gromacs_cphmd时最后一步MD时出现的报错，该怎么解决

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[GROMACS] Gromacs也能支持恒定ph模拟了

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