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[GROMACS] 求助:EC/FEC/EMC混合电解液的NPT模拟退火结果异常

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各位老师,我这边进行EC/FEC/EMC混合电解液的模拟,在NPT进行模拟退火时压力出现异常(设定值为1bar,跑完模拟退火后压力为-500bar),因此我想请教一下是否是盒子尺寸设置过大导致,盒子尺寸我设置了10×10×10的立方盒子,如果不是盒子尺寸问题是否又是mdp文件参数设置有误?还望各位老师指点一下

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发表于 Post on 前天 22:26 | 只看该作者 Only view this author
gmx energy选了什么?Pressure和Pres.-DC不同的。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 07:52 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-3-9 22:26
gmx energy选了什么?Pressure和Pres.-DC不同的。

谢谢老师,我这边刚入门,把Pres.-DC当成Pressure了

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 08:01 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-3-9 22:26
gmx energy选了什么?Pressure和Pres.-DC不同的。

我重新选了Pressure,算了一下均值是-16.4,还是没有到1bar,这个算正常吗?

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发表于 Post on yesterday 09:07 | 只看该作者 Only view this author
这帖搜压力

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on halfhour ago | 只看该作者 Only view this author
1486004151 发表于 2026-3-10 08:01
我重新选了Pressure,算了一下均值是-16.4,还是没有到1bar,这个算正常吗?

这种偏离程度很正常。并且记得统计的应当是变温过程结束后体系已达平衡时的压力。退火过程中的平均压力没实际意义
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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