聚合物限制性剪切建模问题

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1.建立环氧树脂和固化剂AC packing盒子，然后交联之前加30真空层，交联完成以后再删除真空层（第一次交联后做界面建模有原子断开，所以调整了方法）
2.对盒子采用结构优化，收敛，然后进行ANNEAL NVT系综（五次循环，300-500k，600ps退火），抽出结果中能量最低结构，继续进行NPT动力学弛豫，298k，标准大气压，500ps过程。
3.抽出最低能量构型，跟铁分子建立LAYER两层，做界面吸附，没有聚合物原子断开。抽出最低能量构型，跟铁分子建立LAYER三层做限制性剪切
但是抽出最低能量构型，跟铁分子建立LAYER三层做限制性剪切，建模结果聚合物有原子断开，百思不得其解，还望指教

yuzc

shear的原理在于空间切片+动量交换，这里不涉及键的事情。
所以我这里有几种可能供你参考：
1. 你不小心手滑点击了calculate bonds；
2. 交联脚本聚合度没做上去，里面有寡聚物或者小分子，给你造成了断键的错觉。
3. 你错误地把build工具里建立用于shear的构型这个功能，当成了做了一次剪切。实际上剪切应该单独在Forcite里做。建模时，可能会由于区域判断问题，导致建出来的模型对于聚合物链的索引不完全，造成链断裂，这看上去是一种“断键”。
我对这一点给的建议是，右键，寻找主链所有原子，复制，复制到新的xsd文件里，然后再build。
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此外你这套工作流后边的部分和公开的MS shear计算教程相同，但是前面交联到去构象这块感觉是邪修。至少对于图示的盒子做NPT平衡我认为是毫无道理的。此外聚合物松弛的标准EQ21工作流也没体现在你的perl script里。

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yuzc 发表于 2026-3-10 15:39
shear的原理在于空间切片+动量交换，这里不涉及键的事情。
所以我这里有几种可能供你参考：
1. 你不小心 ...

首先谢谢老师能在百忙之中答复学生，万分感激
1、确实没点击了calculate bonds
2、交联度都在80以上，建立两层界面做吸附的时候一开始没采用加真空层的构象时，确实出现了断键，加了以后再去构建两层界面时就没再出现聚合物原子断键了， 所以我理所应当想着建立三层用这个模型应该也没断键吧，结果确实如上出现了断键、
3、build建模以后(也是出现断键聚合物)，想试试我把这个模型拿去forcite进行限制性剪切了，如上图，但是目前是失败了，可以指正一下吗？您的意思是把未交联的分子都删除吗？
最后，做NPT是因为要平衡交联以后的密度，您说的聚合物松弛的标准EQ21工作流是什么意思呢？学生比较愚钝，刚接触MS不久，因为之前一直在做GROMACS
4、再次感谢老师

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yuzc 发表于 2026-3-10 15:39
shear的原理在于空间切片+动量交换，这里不涉及键的事情。
所以我这里有几种可能供你参考：
1. 你不小心 ...