使用Polyhedra时原子间出现胡乱连接

PLwang

各位大佬，我想要使用VMD绘制钙钛矿晶体结构，使用Polyhedra表现钙钛矿的八面体结构，做出类似于图2的效果。我在VMD中设置了Polyhedra。但VMD在判断多面体时，不仅仅判断了I和I的钙钛矿八面体，还会额外判断I和其他离子的多面体。我尝试selection写 name I，让polyhedra仅对I元素生效，但依旧没解决这个问题。各位大佬有什么小妙招吗

注：图像中的蓝色小球为I元素，橙红色小球为FA阳离子（C H N）。我希望蓝色小球彼此链接形成八面体。但是蓝色的I和橙红色的H也会形成polyhedra

student0618

tcl脚本画
或者直接换VESTA

PLwang

student0618 发表于 2026-3-17 17:20
tcl脚本画
或者直接换VESTA

谢谢您的回复。后面我找到了另外一种办法。使用两个独立的PDB文件，一个仅包含Pb和I原子，另外一个包含FA阳离子。分别导入VMD中，对第一个PDB文件使用polyhedra，建立钙钛矿八面体，第二个使用CPK+动力学Bond，建立FA阳离子。效果不错。
如果其他人（也许会有人翻到这个帖子吧）也在尝试画这个钙钛矿结构。我会推荐的参数是，

polyhedra all colorid=23 Glass2

PLwang

PLwang 发表于 2026-3-17 23:13
谢谢您的回复。后面我找到了另外一种办法。使用两个独立的PDB文件，一个仅包含Pb和I原子，另外一个包含FA ...

另外，再补一句题外话。VMD 2.0真好用，我好喜欢这个新的UI。如果你还在用1.9.3，建议上官网更新一下2.0版本。