计算Fe3+和乙二醇配位结合能，请问初始构型和结果是否合理

xzz111

各位老师好，学生想计算Fe3+和乙二醇的配位情况，这是我的输入文件，经过chem3D跑过最小能量
Fe-EG3

3 6
C                 -1.67620000    1.98580000   -0.49170000
C                 -1.22730000    1.64580000   -1.89860000
H                 -1.52740000    3.06060000   -0.24680000
H                 -2.73470000    1.70120000   -0.29890000
H                 -2.06790000    1.33940000   -2.55950000
H                 -0.66050000    2.47950000   -2.37020000
O                 -0.28600000    0.50040000   -1.77910000
H                  0.25570000    1.05270000   -1.11920000
O                 -0.81520000    1.19590000    0.43280000
H                 -0.71050000    1.69910000    1.33090000
Fe                -0.21780000   -0.42080000   -0.19560000
C                 -2.14990000   -2.10850000    0.49720000
H                 -3.25090000   -2.25520000    0.56910000
H                 -1.67500000   -3.06060000    0.17460000
C                 -1.58090000   -1.58700000    1.79480000
H                 -1.50000000   -2.39100000    2.55950000
H                 -2.17290000   -0.73870000    2.20470000
O                 -1.89050000   -1.09390000   -0.54910000
H                 -1.21440000   -1.45340000   -1.20660000
O                 -0.21950000   -1.08640000    1.51200000
H                  0.22930000   -1.29890000    2.42610000
C                  1.85860000   -2.25500000   -0.42330000
H                  2.37760000   -2.91740000   -1.15070000
H                  1.68900000   -2.81130000    0.52450000
C                  2.59880000   -0.95370000   -0.21340000
H                  3.25090000   -0.69380000   -1.07730000
H                  3.18760000   -0.93290000    0.72980000
O                  0.52980000   -1.90190000   -0.98410000
H                  0.45160000   -2.67230000   -1.67700000
O                  1.54200000    0.09060000   -0.14060000
H                  1.30290000   -0.14340000   -1.10190000

C H O 0
6-31g(d,p)
****
Fe 0
SDD
****

Fe 0
SDD
****


但是结构频率优化后却变成了这个样子，请问初始构型和结果是否合理，补充一下：当时没经过chem3D跑最小能量的时候初始构型H是连接在氧上的，后面优化完H也是跑的很远，铁氧键也全部断裂。

李唯一

你这输入文件最后多加了4个****

xzz111

李唯一 发表于 2026-3-23 14:13
你这输入文件最后多加了4个****

谢谢 这个对结果会有影响吗，

wzkchem5

用xtb预优化，最次也得用高斯的PM6预优化。chem3d预优化对于过渡金属配合物非常不靠谱。
具体而言，Fe-O(H)R结构里，O要么是平面三角构型，要么是突出程度不大的三角锥。你的结构里有的氧的周边原子结构太扭曲了

xzz111

谢谢老师，我用PM6预优化后，O-Fe键全部断裂了，这种正常吗

xzz111

wzkchem5 发表于 2026-3-23 15:27
用xtb预优化，最次也得用高斯的PM6预优化。chem3d预优化对于过渡金属配合物非常不靠谱。
具体而言，Fe-O(H ...

您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

阮文升-河内国大

xzz111 发表于 2026-3-23 17:31
您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

要是距离没有明显异常就不用管。原因见：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

Stardust0831

xzz111 发表于 2026-3-23 17:31
您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

当前结构没问题。不必纠结你在gview里看到的所谓的成键，这个键显示与否不会影响DFT计算本身。

xzz111

阮文升-河内国大 发表于 2026-3-23 18:53
要是距离没有明显异常就不用管。原因见：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

谢谢

xzz111

Stardust0831 发表于 2026-3-24 03:07
当前结构没问题。不必纠结你在gview里看到的所谓的成键，这个键显示与否不会影响DFT计算本身。

好的 谢谢

sxx123

您好，我想问一下，如果用ORCA优化上述体系，opt TPSSh def2/J D4 def2-TZVP这样设置可以嘛