求助：用Gromacs做多肽穿过POPC膜时，出现伞形势能不断增加问题该怎么解决

coisiniiiiiii · 发表于 Post on 2026-3-28 08:41:53

本帖最后由 coisiniiiiiii 于 2026-3-28 08:43 编辑

请教各位老师。我在计算多肽穿膜过程的所需要的能量来衡量穿膜的难易程度。先进行SMD拉伸，拉伸轨迹中提取出120个文件进行采样。发现得到的伞形势是不断增加的，与图1的伞形势能不相符。
想请问各位老师，这个问题应该如何解决？感谢各位老师！

pal · 发表于 Post on 2026-3-28 09:16:09

应该先检查一下smd的轨迹是否合理

coisiniiiiiii · 发表于 Post on 2026-3-28 10:19:10

pal 发表于 2026-3-28 09:16
应该先检查一下smd的轨迹是否合理

您好，SMD轨迹如下。感谢

Acee · 发表于 Post on 2026-3-28 11:58:13

1. 我这图牵引的乙醇分子, 这个分子是非常小的, 并且本身就可以被动扩散进去细胞膜. 他的跨膜PMF曲线当然和你的多肽的跨膜PMF曲线不相似.
2. 针对多肽这种的分子, 你应该和其他做多肽跨膜的论文进行比较.
3. 强烈建议用colvars做增强采样, 然后用WHAM程序计算PMF!

coisiniiiiiii · 发表于 Post on 2026-3-28 12:36:28

Acee 发表于 2026-3-28 11:58
1. 我这图牵引的乙醇分子, 这个分子是非常小的, 并且本身就可以被动扩散进去细胞膜. 他的跨膜PMF曲线当然和 ...

感谢解答，我现在去试试

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