求助：蛋白-配体复合物在进行100ns的模拟后发现到60ns左右配体脱离结合口袋

linhan

我的体系是蛋白A-配体-蛋白B的模型，在进行初步的10ns模拟后较为稳定，于是用gromacs进行100ns的模拟，结果发现60ns左右有一端的配体从结合口袋脱离出来，导致最后蛋白体系就解离了，但是配体的这一段和结合口袋的互作是比较强（biotin和streptavidin），按理来说应该是不会脱离，我不清楚是怎么一回事，我用的力场是AMBER FF99SB，分别做了100ps的nvt和npt，放在cubic水盒子里面。

分子模拟刚刚入门，恳请各位大佬给予指点

sobereva

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

linhan

sobereva 发表于 2024-10-26 00:03
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keins ...

谢谢sob老师，这个帖子在您发之前我已经学习过了，我准备换成amber 14sb力场去跑一下看看是不是力场的问题。因为这个体系别人用amber24中的amber14sb力场跑过，那个结果是0-100ns内配体和结合口袋的结合情况都是良好的，数据分析的rmsd和rmsf也是比较理想的。但我是用的gromacs的amberff99sb跑的。至于您说的“做生物体系的动力学我一般建议让参考温度从0 K开始缓慢线性上升，这样最为稳妥。”我不知道我的mdp文件有没有这样涉及到，但是在60ns后才发生配体跑开的话可能不是因为这个问题？还有您提到的可能是模型不合理甚至生物互作方面的不合理我觉得可能也是可以排除的，因为类似的复合物结构现实合成出来过。

HNUST

linhan 发表于 2024-10-26 14:49
谢谢sob老师，这个帖子在您发之前我已经学习过了，我准备换成amber 14sb力场去跑一下看看是不是力场的问 ...

99sb-ildn好像有点过时了。我有一个配体跑了 三次结合很稳定，结果突发奇想换个14sb直接跑出去了，用desmond也显示不稳定，震惊

linhan

HNUST 发表于 2024-10-26 21:02
99sb-ildn好像有点过时了。我有一个配体跑了 三次结合很稳定，结果突发奇想换个14sb直接跑出去了，用desm ...

是的我也觉得有点过时了，所以用14sb再跑一次，但是你说14sb也会跑出去。因为用amber24的14sb力场跑是似乎是没有问题的，就是不清楚gromacs跑怎么就寄了

Chenaimmd

楼主您好，请问您现在解决了这个问题了吗？我也遇到了类似的问题

GZX594566

我用的也是99sb立场，模拟的蛋白和小分子，是在20ns的时候突然跳出来了。

student0618

GZX594566 发表于 2026-4-2 17:22
我用的也是99sb立场，模拟的蛋白和小分子，是在20ns的时候突然跳出来了。

这明显是pbc的事，先建立蛋白+小分子的组，trjconv -pbc cluster 选新的组作cluster。

仔细看2楼sob老师的帖

pbc也参考以下帖子
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 27122&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

ff99sb很老了，非必要用建议换ff14sb 或ff19sb，否则很可能被审稿人质疑的。