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[GROMACS] gromacs GPU加速和CUDA版本有关么?

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如题,我在跑一个蛋白-配体体系,之前实验室的服务器有RTX3090,但是一直用的都是CPU跑,没有安装GPU加速版本GROMACS,我昨天重新编译了一下,速度提升非常显著。十几万原子的体系,步长设置为0.01,跑100ns,原本可能要7-10天,现在只需要30多小时。目前GPU实时监控图如下,请问还有提升空间么?是否需要升级CUDA版本呢?服务器CPU是志强8225C,md命令是-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu


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GPU实时监控

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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
性能关键是GROMACS的版本以及GPU利用率,驱动能兼容就行了

步长设置为0.01指代不明,如果是ps,全原子模拟不可能10fs步长
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