在AMBER里运行MD，在heat就开始报错，该如何处理？

xiaocao37861663 · 发表于 Post on yesterday 16:50

本帖最后由 xiaocao37861663 于 2026-4-20 18:19 编辑

我的水盒子是12埃，之前做另外一个体系，只是蛋白突变位点不一样，运行都正常，我把水盒子修改到18埃，还是报错，目前正在用sender跑heat，但还不知道结果怎么样。图2是我heat.in文件，哪里有问题吗？有哪位知道这种情况该如何处理吗？谢谢！

student0618 · 发表于 Post on yesterday 18:17

先看初始结构有没有原子重叠。

再看轨迹是步哪原子出问题，目前轨迹看不出就ntwx设少一点重跑到崩溃看看是哪帧哪原子导致的。

xiaocao37861663 · 发表于 Post on yesterday 19:51

student0618 发表于 2026-4-20 18:17
先看初始结构有没有原子重叠。

再看轨迹是步哪原子出问题，目前轨迹看不出就ntwx设少一点重跑到崩溃看看 ...

谢谢

xiaocao37861663 · 发表于 Post on yesterday 19:52

student0618 发表于 2026-4-20 18:17
先看初始结构有没有原子重叠。

再看轨迹是步哪原子出问题，目前轨迹看不出就ntwx设少一点重跑到崩溃看看 ...

谢谢

KanbeKotori · 发表于 Post on yesterday 20:29

老生常谈了，溶剂化好后用sander/pmemd(.MPI)跑一小会，待体系密度正常点后就可以换到pmemd.cuda

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