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[GROMACS] GMX做mdrun任务时,遇到GPU利用率低的问题怎么解决

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这是我查的GPU利用率, 这是我的任务脚本

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发表于 Post on yesterday 11:09 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 11:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-22 11:09
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片

谢谢老师,可能是体系太小只有差不多8万个原子,GMX用的2026版,5090显卡,-update也打开了

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 11:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-22 11:09
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片

老师,我想再请教个问题,就是我做肽-膜体系,AMBER力场,您推荐TIP3和opc用哪个比较好啊,因为OPC有虚拟位点,GMX不支持GPU加速

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发表于 Post on yesterday 15:13 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-22 11:49
老师,我想再请教个问题,就是我做肽-膜体系,AMBER力场,您推荐TIP3和opc用哪个比较好啊,因为OPC有虚拟 ...

看具体AMBER力场版本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 15:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-22 15:13
看具体AMBER力场版本

膜用lipid21,肽用19SB

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发表于 Post on yesterday 18:31 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-22 15:27
膜用lipid21,肽用19SB

OPC
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 楼主 Author| 发表于 Post on 8 hour ago | 只看该作者 Only view this author

老师,如果用OPC,-update就不能用GPU加速了,Update task can not run on the GPU,Virtual sites are not supported,有这两个报错,只能用cpu加速了吗

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发表于 Post on 7 hour ago | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-23 10:48
老师,如果用OPC,-update就不能用GPU加速了,Update task can not run on the GPU,Virtual sites are n ...

没有“CPU加速”一说,本来CPU就是最基本的运算单元,CPU加速谁?

当前你只能把update部分(这仅仅是全部GPU加速中的一部分,搞清楚GPU都加速了什么过程)放到CPU上去做,会损失GPU利用率
要么用AMBER 14SB结合TIP3P

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