求助使用CP2K计算MXene键常数用于Gromacs模拟

飞翔的胖吉

请教一下困扰我很久的问题。

我想模拟  (   TiCOFe )  组成的MXene的拉伸模拟，但是构建的top文件无法正常描述结构。
  我的模拟流程如下，请大佬们看一下问题出在哪里。

1. MXene初始晶胞文件，使用multiwfn，构建结构优化opt.inp文件。（仅结构优化，非变胞优化）
2. 优化后的.restart文件，扩胞1x2x1后得到121.pdb，并生成振动分析freq.inp文件
3. 使用CP2K运行振动分析后，得到freq.out文件
4. 将freq.out 和 121.pdb 导入sobtop构建top文件。

所有的文件，作为附件上传。
请帮忙看一下是否是哪里的参数设置有问题

sobereva

问题不具体，怎么“无法正常描述结构”都没说清楚
不知道你具体要实际拉伸什么体系，如果是CP2K做DFT算得动的尺度，强烈建议用CP2K直接做，精度比基于谐振势构建的力场强得多得多

飞翔的胖吉

sobereva 发表于 2026-4-26 05:12
问题不具体，怎么“无法正常描述结构”都没说清楚
不知道你具体要实际拉伸什么体系，如果是CP2K做DFT算得 ...

请问社长，您说的使用CP2K直接计算，，在“第一性原理培训教材”中是哪一页的案例讲解？我买了教材自学，没在现场听，还请您提示一下。

sobereva

飞翔的胖吉 发表于 2026-4-26 07:59
请问社长，您说的使用CP2K直接计算，，在“第一性原理培训教材”中是哪一页的案例讲解？我买了教材自学， ...

我不知道你所谓的“第一性原理培训教材”指什么，描述必须非常具体、不能有任何歧义
如果你是指北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）的讲义，把“弹性性质的计算”部分看了，里面有晶胞尺寸的扫描例子，下面这页就是通过CP2K算了能量-体积之间的关系还拟合了状态方程。但在学这部分之前必须先把前面节讲的基础知识都认真学了（最最起码得把“几何结构优化”及之前的部分都学了），绝对不能光看这一部分