用gaussview修改双键后，未调整键长，对制作itp文件是否有影响

2329568177 · 发表于 Post on yesterday 13:46

老师，我在制作非标准氨基酸残基力场时有一个问题：在GaussView中修改双键后，若未同步调整键长，保存为PDB文件再重新打开，双键会变回单键。基于这种情况，后续为该结构制作非标准氨基酸残基力场时，生成的ITP文件是否会将双键误判为单键，从而导致力场参数错误？

student0618 · 发表于 Post on yesterday 13:56

pdb没有保留成键资讯的。

已经有itp就检查 atomtype 及键是否对应正确参数。
用mol2的就检查mol2的原子类型和bond 对应原子部分。

2329568177 · 发表于 Post on yesterday 14:35

student0618 发表于 2026-4-27 13:56
pdb没有保留成键资讯的。

已经有itp就检查 atomtype 及键是否对应正确参数。

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on yesterday 20:27

问得太含糊，不同产生拓扑文件的程序的规则完全不一样
诸如用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）载入mol2文件产生基于GAFF的拓扑文件，只需要连接关系正确，完全不管形式键级是什么样。而sobtop不支持基于pdb文件自动指认GAFF原子类型

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[GROMACS] 用gaussview修改双键后，未调整键长，对制作itp文件是否有影响