为什么通过PBS作业管理系统提交的cp2k-2026.1作业存在CPU各干各的情况？

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我在Ubuntu 18.04.6系统上安装了cp2k-2026.1程序，安装过程参考了Sob老师的网页（sobereva.com/586），也自动安装上了OpenMPI程序；
然后我使用PBS作业管理系统进行cp2k作业的投递，使用了12个物理核，PBS脚本见附件；
输入文件下载自CP2K官网（howto:static_calculation [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]，见附件）；
该作业可以进行计算，但是我发现主输出文件（.out）中12个物理核在做相同的事情，并重复输出数据（见附件//图片）。

请问，问题出在了什么地方，以及怎么解决呢？谢谢！


补充：
在投递作业时，不source setvars.sh会报错（见附件）。

Uus/pMeC6H4-/キ

1. ## export cp2k-2026.1 path
   
2. source /software/cp2k/cp2k-2026.1/tools/toolchain/install/setup
   
3. export PATH=$PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/bin
   
4. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/lib
   
5. 
   
6. ## export intel MKL path
   
7. source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

复制代码

/opt/intel/oneapi/setvars.sh里面是不是除了MKL以外还有Intel OneAPI里编译器、MPI等相关的设置，在安装工具链及编译CP2K本体之前有没有source这个setvars.sh？

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-26 23:17
/opt/intel/oneapi/setvars.sh里面是不是除了MKL以外还有Intel OneAPI里编译器、MPI等相关的设置，在安装工 ...

系统上很久以前安装的Intel MKL，会有Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler & Intel C++ Compiler Classic等的安装，在setvars.sh中没有搜索到“MPI”字段。
在安装工具链及编译CP2K本体之前并没有source这个setvars.sh，只是在投递作业时提示“找不到intel MKL”的报错，然后在PBS脚本中才加入的这个source语句，就不再出现“找不到intel MKL的报错”了。

Uus/pMeC6H4-/キ

13799725819 发表于 2026-4-26 23:29
安装Intel MKL时，有Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler & Intel C++ Compiler Classic等的安装。
在安装 ...

哪个程序在什么地方报错找不到Intel MKL，可以贴出具体的提示信息吗？按理说一开始就没有设置$MKLROOT环境变量的话toolchain不会去找MKL库。如果服务器没有提供module之类的专业环境管理工具，你也不完全清楚怎么样只让Intel MKL生效而不连带着启动Intel编译器、MPI，而且toolchain编译时就是用的如GNU编译器+OpenMPI等其他环境的话，完全没有用MKL安装工具链和CP2K的必要，不应该在提交作业脚本source这个setvars.sh。

我说的“有没有source”不止包括手动在命令行输入这个source指令，也包括~/.bashrc（用户）或/etc/profile（全局）等一登录系统就默认执行的命令。并且留心服务器可能有用户登录节点和作业计算节点的区别。

编辑：如果保存有toolchain的输出信息的话，请检查有没有Finding MKL from system paths的内容，有的话MKLROOT是哪个目录。

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-26 23:17
/opt/intel/oneapi/setvars.sh里面是不是除了MKL以外还有Intel OneAPI里编译器、MPI等相关的设置，在安装工 ...

在source setvars.sh时，会提示
:: initializing oneAPI environment ...
   -bash: BASH_VERSION = 4.4.20(1)-release
   args: Using "$@" for setvars.sh arguments:
:: compiler -- latest
:: debugger -- latest
:: mkl -- latest
:: mpi -- latest
:: tbb -- latest
:: oneAPI environment initialized ::

这会更新MPI优先路径，此时$ mpiexec -V，会显示
Intel(R) MPI Library for Linux* OS, Version 2021.5 Build 20211102 (id: 9279b7d62)
Copyright 2003-2021, Intel Corporation.

我改了一下PBS脚本中的路径配置顺序
## export intel MKL path
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

## export cp2k-2026.1 path
source /software/cp2k/cp2k-2026.1/tools/toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/lib

此时会使用toolchain中新安装的MPI，也就可以进行并行计算了。谢谢！

UW_0728.

把source /opt/intel/oneapi/setvars.sh改为source /opt/intel/oneapi/mkl/latest/env/vars.sh即可，这样就能保证只加载Intel MKL的环境而不加载Intel编译器和Intel MPI的环境了。

顺带一提，关于不同MPI混用的问题，可以期待一下最新的MPI-5.0标准，这里面包括了对ABI的规范，要求遵循该标准的MPI程序能够实现：MPI程序A编译出来的可执行文件能够无障碍地使用MPI程序B来正确并行运行。目前MPICH 5.0.x已经全面采用了MPI-5.0标准，OpenMPI预计会在未来的6.0.x逐步引入这一ABI规范，IntelMPI应该也会在不久跟上。

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UW_0728. 发表于 2026-4-27 20:42
把source /opt/intel/oneapi/setvars.sh改为source /opt/intel/oneapi/mkl/latest/env/vars.sh即可，这样就 ...

测试可行，感谢！
期待MPI程序标准统一化的到来~