单个UIO-66能量最小化之后，itp参数不好，整个分子缩成一团，如何优化？

mtlin · 发表于 Post on yesterday 22:02

老师们，我现在仅模拟单个UIO分子，如下图1和2所示：

现在遇到的问题是，能量最小化后，原子都缩成一团了，如图3所示：

按照我现在的经验来说，这是itp参数不行，但是现在找到的方法都不行，第一种是根据：sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PACMAN http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 46231&fromuid=53383
(出处: 计算化学公社)
根据算出来的原子电荷结合sobtop得到了相关参数。
第二种是利用网站Autoff, 使用的是UFF4MOF力场得到的相关参数，同样是上面的模拟结果
想请问大家，应该如何优化此UIO-66的相关参数呢？

sobereva · 发表于 Post on 14 hour ago

把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里各种产生周期性体系拓扑文件的例子一个字一个字认真看了，弄清楚怎么让sobtop能正确获得跨盒子的键的信息。倘若拓扑信息里跨盒子的键都不存在，体系成了孤立体系，当然能量极小化时会变形、坍塌

mtlin · 发表于 Post on 12 hour ago

sobereva 发表于 2026-5-3 07:55
把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里各种产生周期性体系拓扑文件的例子一个字一个字认真看 ...

卢老师，已经是按照例10和FAQ 14考虑了周期性了，所以才想不懂为什么还会缩成一团

mtlin · 发表于 Post on 11 hour ago

mtlin 发表于 2026-5-3 09:40
卢老师，已经是按照例10和FAQ 14考虑了周期性了，所以才想不懂为什么还会缩成一团

而如果是同样的方式取得UIO-66板（5 x 5 x 1）的拓扑文件，进行的任何模拟都没有此类问题

sobereva · 发表于 Post on 8 hour ago

mtlin 发表于 2026-5-3 09:40
卢老师，已经是按照例10和FAQ 14考虑了周期性了，所以才想不懂为什么还会缩成一团

根据bond项的含义（弄清楚谐振势的含义、参数、表达式）、gromacs对要计算的bond项的判断（基于与最小镜像）看拓扑文件去自行检查

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[GROMACS] 单个UIO-66能量最小化之后，itp参数不好，整个分子缩成一团，如何优化？