求助：构象搜索的能量范围多少比较合适？

gezq · 发表于 Post on 前天 17:42

各位老师，我想做一个聚合物的构象搜索，用的模型是5个聚合单元，我想找几种更符合实际情况的构象，请问一下，这个能量范围在多少比较合适？我看GMMX中默认是0~3.5 kcal/mol（这似乎对应的是小分子？），那么我的聚合物模型，是否可以将能量范围扩大到5*3.5=17.5 kcal/mol？

wzkchem5 · 发表于 Post on 前天 18:33

不是这样等比例换算的。如果你只想挑几个代表性的构象，不需要穷举所有低能构象，跑MD比做构象搜索更高效；如果确实要穷举低于某个能量的所有构象，那么随着体系增大，提高能量范围虽然对于搜索的全面性有一定帮助，但也会带来计算量的指数增长，所以即使要提高能量范围，也不应该简单地和体系大小成正比，而是更慢一些

gezq · 发表于 Post on 前天 19:09

wzkchem5 发表于 2026-5-5 18:33
不是这样等比例换算的。如果你只想挑几个代表性的构象，不需要穷举所有低能构象，跑MD比做构象搜索更高效； ...

好的，谢谢王老师解惑

ArchieMiao · 发表于 Post on 5 hour ago

具体多少与你的问题和体系有关系，低能构象很多时候不是活性构象，这很常见。但是也不能比最低能构象高太多，至多7~8kcal/mol就不得了了

gezq · 发表于 Post on 2 hour ago

ArchieMiao 发表于 2026-5-7 08:52
具体多少与你的问题和体系有关系，低能构象很多时候不是活性构象，这很常见。但是也不能比最低能构象高太多 ...

好的，谢谢指点

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