如何解决或为什么：降低去平动参数nstcomm导致LINCS报错

yue888cow

以下是我们nvt.mdp中的去平动及LINCS设置
“comm_mode = Linear
comm_grps = cage
nstcomm = 10
nstcalcenergy = 10
nstenergy = 10000
nstlog = 10000
nstxout_compressed = 10000
nstvout = 10000
continuation = yes
constraint_algorithm = lincs
constraints = h-bonds
lincs_iter = 1
lincs_order = 4”
我们的体系是”液体-水合物-液体“型，理论上水合物不应该发生较大的移动，因此我们降低了nstcomm，如此一来质心的速度和位置都比较稳定，效果很好；不过当时忘记统一nvt、npt和md这三者的nstcomm，最早在上述三者中分别应用100、100、10的模拟顺利完成了；后续意识到应该统一为一致，改为10、10、10，则会在nvt过程就报错，报错内容如下：
“step 0
Step 42, time 0.084 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000350, max 0.009721 (between atoms 8827 and 8826)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   8826   8825   33.1    0.0959   0.0959      0.0957

Step 46, time 0.092 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000391, max 0.008813 (between atoms 8915 and 8913)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   8895   8893   31.3    0.0960   0.0958      0.0957”
这里报错的原子属于水合物部分的水分子，我们在初始构型搭建了3X3X3的SI晶体，考虑到水合物会在模拟前期分解，我们通过xyz范围选中了最中心位置的大约一个晶胞大小区域内的完整水分子作为cage组，期望能用该部分作为核心引导固定整个水合物区域。

尝试过将constraints = h-bonds改为none，但是itp中自带约束，导致后续仍然会调用LINCS，依旧会出现上述报错。
请问为什么nstcomm的降低会引起这种报错？后续应该如何解决？

sobereva

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查和尝试

nstcomm没必要非得完全统一。 非要统一的话可以先尝试减小步长

绝对不要在本论坛中讨论计算化学问题的时候提及任何AI的回答，纯属添乱，认真看置顶的社员必读贴。我已把你帖子里相关文字去除，以后注意

并且不要用“nvt、npt和md”这种不当描述，注意看下文“不要迷惑性地描述分子动力学研究过程”部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）