蛋白残基附近水分子可与小分子形成氢键，分子对接是否保留该水分子，会影响对接结果吗

xiaocao37861663

请问，做HIV蛋白酶与小分子配体的分子对接，用Autodock做的时候，需要把水全部删掉，其中50号残基附近有一个水分子，有文献显示其与小分子配体之间有氢键相互作用，那在对接时，需要特殊保留此水分子吗？如果不保留，对接结果有影响吗？另外，在动力学模拟时，Amber自动会加水，是不是，对接不加此水，不会影响动力学模拟结果？谢谢！！

student0618

用autodock可以保留水分子的，就是 pdbqt可能要手动补电荷 (如果用AutoDock 4的话，vina不用补)

动力学AMBER不会自动加水的，是leap时用solvateoct/solvatebox指令加。可以保留部分水分子再加其他水的。

如果已知该水分子有作用的话当然会影响结果，也可以用专门考察水结合的方法例如vina的hydrated docking (https://autodock-vina.readthedoc ... cking_hydrated.html)。

xiaocao37861663

student0618 发表于 2026-4-1 11:06
用autodock可以保留水分子的，就是 pdbqt可能要手动补电荷 (如果用AutoDock 4的话，vina不用补)

动力学A ...

谢谢

Amyluck

student0618 发表于 2026-4-1 11:06
用autodock可以保留水分子的，就是 pdbqt可能要手动补电荷 (如果用AutoDock 4的话，vina不用补)

动力学A ...

你好，这个考察水结合的方法可以用于我这种情况吗，蛋白需要保留与维持稳定性相关的92个结晶水，去除其他水分子，这个可以帮我帅选出来是哪92个水分子吗

student0618

Amyluck 发表于 2026-5-13 14:52
你好，这个考察水结合的方法可以用于我这种情况吗，蛋白需要保留与维持稳定性相关的92个结晶水，去除其他 ...

92这数值是怎么来的？这楼所说的是某个水直接对结合配体有用，不是更大的蛋白。感觉和这目的不同。

一般不知的话可以全保留或只保留离蛋白一定距离的水，再加水盒子。拓朴分子数确认正确后再跑MD让水自己跑走或保留。

真要考察水结合用的有一大堆其它方法，从bioinformatics到分析普通cMD轨迹到特定采样方法都有。先说清考察水来有什么目的再讨论。

Amyluck

感谢您的回复。这92个水分子是从一篇文献上面看到的，但并没有再继续详细描述，只知道是这篇文献保留了92个水分子，就是蛋白质结构的预处理，通过MD考察蛋白质与低共熔溶剂（氯化胆碱-甘油）相互作用情况。

student0618

Amyluck 发表于 2026-5-13 18:21
感谢您的回复。这92个水分子是从一篇文献上面看到的，但并没有再继续详细描述，只知道是这篇文献保留了92个 ...

预处理就很可能直接看距离保留的，用讲究方法选水分子/加特定水分子一般都会引用。

如果有相关问题建议另外开新帖讨论，因为这和一楼不太相关。