请教各位老师，用pdb2gmx做top文件，如何能不改变原子序号

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请教一下各位老师，我做好了柔性二面角，但是pdb2gmx做的top文件与pdb文件的原子序号不一样，这样没法做tpr文件计算MM能量。以及如何在log文件中将所有结构提取到一个pdb文件中。

student0618

最简单的就是写个python/tcl脚本排序，现在这些简单任务直接问LLM就完了。就连现在GOOGLE search的ai overview搜寻结果给的简单 tcl/python 脚本很多时也足够直接用了(不一定，但个人试过不少次google ai overview的vmd脚本直接复制就能跑)。
是什么的log文件？ GROMACS的log 没结构的。