amber模拟后，分析PSA和SASA，一般计算谁的，配体、蛋白骨架、复合物？

Rick000000 · 发表于 Post on yesterday 10:04

本帖最后由 Rick000000 于 2026-5-19 11:16 编辑

各位老师好，amber模拟后，计算PSA和SASA，一般计算谁的，依据是啥，如果能提供参考的资料，感激不尽。

目的是药物设计，判断结合牢靠不牢靠，配体接触水的面积大不大，开放状态大不大。

18217265596 · 发表于 Post on yesterday 12:45

依据是你的研究目的。

student0618 · 发表于 Post on yesterday 13:03

先了解什么是SASA？了解后就可以知道这目的要算什么了。

Rick000000 · 发表于 Post on yesterday 13:56

student0618 发表于 2026-5-19 13:03
先了解什么是SASA？了解后就可以知道这目的要算什么了。

前辈，能否展开讲讲，比如列举一些关于计算不同的SASA的目的，我感觉我看了概念，还是比较糊涂。

sobereva · 发表于 Post on yesterday 22:12

结合牢靠程度靠结合自由能体现
SASA中配体贡献的部分就是配体接触水的面积

Rick000000 · 发表于 Post on yesterday 22:52

sobereva 发表于 2026-5-19 22:12
结合牢靠程度靠结合自由能体现
SASA中配体贡献的部分就是配体接触水的面积

社长大大，我做的是蛋白-天然产物复合物的 AMBER 分子动力学模拟，后续想用 SASA辅助判断配体在结合口袋中的稳定性和疏水埋藏程度。我的理解是，如果目的是判断配体是否更稳定地埋入口袋，重点应分析配体 SASA 或配体在复合物中暴露于溶剂的 SASA，而不是简单计算整个 protein 或 complex 的 SASA。请问这种理解是否合理？
如果想进一步区分“蛋白整体构象是否展开”和“配体是否被口袋包埋”，是否应该分别计算 protein SASA、ligand SASA 以及 binding-site residues 的 SASA？另外，PSA 是否更适合只针对配体计算，而不是蛋白或整个复合物？

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