研究小分子跨膜，Gromacs加墙体（WALL）模拟报错求助

Rororozoroni · 发表于 Post on 3 day ago

我研究的内容是小分子跨膜，所以我想利用pbc=xy来设置在Z方向上不周期防止小分子通过边界跨越膜，通过附件中nvt.mdp的设置，在Z方向上添加了碳原子墙（C来源于小分子的atomtype）实现添加墙体，但是不管本地运行还是服务器运行都没能跑通，本地运行的log文件与服务器运行的log文件也在附件内，Gromacs所用版本为2020.6，本地运行显示如图，nvt模拟确实运行了一段时间，跑了一定的步数，但是突然就停止了，没有gromacs运行结束的结束语也没有报错，log里也没有相关信息，只有服务器日志有报错显示，但是不知道如何解决，请各位大佬帮忙看看，是不是我哪里配置错了，top、mdp和log文件已上传，但是gro的构型文件太大不够传

KazusaT · 发表于 Post on 3 day ago

去掉墙，看能不能正常跑

sobereva · 发表于 Post on 前天 01:29

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的gro等文本型文件前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、节约下载耗时。别不压缩就试图直接上传，论坛规则故意让这种行为无法成功。更何况还有叫网盘的东西

按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8的逻辑排查。显然遇到问题应当先简化体系，诸如想到先去掉wall尝试是否能跑成功判断和wall是否有关。以及增加轨迹输出频率后，检查崩溃后轨迹的最后一帧的结构看是否能看出什么

Rororozoroni · 发表于 Post on 前天 08:19

KazusaT 发表于 2026-5-29 22:45
去掉墙，看能不能正常跑

去掉WALL，设置PBC=xyz可以跑通，我确认问题和wall有关

牧生 · 发表于 Post on 前天 08:58

Rororozoroni 发表于 2026-5-30 08:19
去掉WALL，设置PBC=xyz可以跑通，我确认问题和wall有关

你把Z轴再延长一点，让wall距离盒子内物质远一些。

Rororozoroni · 发表于 Post on 前天 13:14

牧生发表于 2026-5-30 08:58
你把Z轴再延长一点，让wall距离盒子内物质远一些。

好的，我尝试一下

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 前天 13:34

楼上说得对，很可能是墙重叠了实际原子。
我也遇到过这种问题。我是用XY周期性，Z方向依次是：Z=0 墙，晶格模型，吸附的小分子，真空区10埃，Z=max 墙。晶格和最下面的墙需要隔开1埃，packmol建模时候坐标就要设定留点距离（晶格不能太接近盒子底部）。因为墙是mdp top后加的，gro里没有实体原子坐标，很容易晶格建模时候忘记留点空隙。第二，真空区也要足量。

Rororozoroni · 发表于 Post on 5 hour ago

牧生发表于 2026-5-30 08:58
你把Z轴再延长一点，让wall距离盒子内物质远一些。

我延长之后模拟的最后一帧是这样的，不太对劲，水分子跑出盒子了，然后水分子还进入到了膜内部，正常模拟是不可能进入到内部的，相比正常不加墙的模拟就是这两处区别

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[GROMACS] 研究小分子跨膜，Gromacs加墙体（WALL）模拟报错求助

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