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[GROMACS] NVT.gro文件与NVT.trr文件最后一帧不一样

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比较小白,最近在用gromacs跑分子动力学,结果发现NVT.gro文件与NVT.trr文件最后一帧不一样,想问问各位大佬这是为什么,还想请问一下为什么NVT.gro的一些分子会跑出边界

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NVT.gro

NVT.gro

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发表于 Post on yesterday 22:01 | 只看该作者 Only view this author
先用trjconv处理好pbc
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 17 hour ago | 只看该作者 Only view this author
.gro文件默认是按trjconv的-pbc mol方式记录的,轨迹是按-pbc atom方式记录的

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这一页幻灯片:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 11 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-2 04:38
.gro文件默认是按trjconv的-pbc mol方式记录的,轨迹是按-pbc atom方式记录的

参考北京科音分子动力学与 ...

谢谢社长,我大概明白了,gro文件会这样是因为中间的膜的质心跨过了边界,但我不明白的是轨迹文件中的膜似乎没有被截断

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