蛋白氨基酸残基序号和Fastq序号对不上时该如何处理

cquptlu

请教：在使用PDB数据库中的蛋白pdb文件时，发现pdb文件里的氨基酸残基序号和fastq序号对不上，该如何处理？是否需要对PDB文件进行重新编号？对后续用该PDB结构进行分子对接和分子动力学模拟是否有影响？PDB结构中缺失的是无序loop区，不在我分析的结构域附近，例如：Q13507 · TRPC3_HUMAN的pdb序号和sequnce不是正确的对应关系

student0618

编号对实际模拟没影响，就是分析/描述作用时要说明是哪个残基对得上、读者找得到就行。

缺失的跑MD前用e.g. pdbfixer补回去。