晶体结构和guassian计算结构不符，怎么处理？

liujkbenben · 发表于 Post on 2017-6-28 23:57:00

获得晶体结构，晶体结构中包含两个化合物，以晶体结构为起始构型代入Guassian进行结构优化，优化后的结构中两化合物的位置关系和晶体结构中的不吻合，不知该怎么处理？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-6-29 00:22:16

晶体结构是无限的，挖出来俩环境不一样本来就不应该符合。可理解为晶体结构是固体结构，高斯优化的都是气体或溶液结构。这两种状态的单个分子构象相差很大也不奇怪，在实验与计算上均有很多证据、例子。确认计算没问题的前提下，一方面分析相互作用，考察晶体中的其他分子是如何影响两分子簇合物的结构的；另一方面可用团簇模型模拟晶体结构，比如选取足够多的结构单元，固定外围的、优化里面的，一般可获得接近的结构。

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-29 03:14:36

是Gaussian不是Guassian
显然这是极为正常的，因为没有周围环境的束缚。
如果你就是要保持晶体中的结构，冻结重原子，只优化氢原子。

xiaoma0417 · 发表于 Post on 2017-7-3 15:36:26

如果对晶体构型进行构象搜索，晶体构型不是最小点，而是极小点。这种情况要开始下面的计算，要以晶体结构为准，还是以构象搜索的结果为准呢？

hakuna · 发表于 Post on 2017-7-3 16:13:02

PBC呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-4 01:54:13

xiaoma0417 发表于 2017-7-3 15:36
如果对晶体构型进行构象搜索，晶体构型不是最小点，而是极小点。这种情况要开始下面的计算，要以晶体结构为 ...

要看你下面要考察什么。
如果你要考察实际分子晶体状态时的分子间相互作用，你用的产生分子晶体结构的程序有没法很好确保得到能量最低的晶体构型，那理应舍弃，或者反复多做做试图尽可能找到能量尽量低的晶体构型

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