三乙胺盐酸盐晶体用什么力场比较好？

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-7 10:15:55

用gromacs跑三乙胺盐酸盐晶体（cif文件见附件）在丙酮溶剂中的状态，现在用的opls力场，在真空中就跑散了，请问各位大神有什么比较适合的力场或者方法可以完成该模拟吗？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-7 11:35:57

OPLS-AA已有的参数完全能正常描述三乙胺盐酸盐晶单个分子，如果你是模拟晶体跑散，那是其它原因所致

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-7 12:15:21

sobereva 发表于 2019-5-7 11:35
OPLS-AA已有的参数完全能正常描述三乙胺盐酸盐晶单个分子，如果你是模拟晶体跑散，那是其它原因所致

具体过程为：1.将cif导入material studio MakP1——supercell4*4*4另存为pdb，删除里面的connect部分，用CM5电荷替代itp中除Cl离子部分，制作盒子

2.用gromacs在真空中跑em、nvt、npt、md结果如下

请问sob老师，是哪里有问题呐，望指教，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-8 09:49:53

涉及到很多细节问题。比如你得保证结构文件的原子顺序必须和拓扑文件里相符。然而M$这么搞出来的结构文件里，首先原子顺序可能都不是每个分子都一样

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-8 10:03:29

sobereva 发表于 2019-5-8 09:49
涉及到很多细节问题。比如你得保证结构文件的原子顺序必须和拓扑文件里相符。然而M$这么搞出来的结构文件里 ...

ms导出后原子顺序调整好了，不然md会报错

tomwong4253 · 发表于 Post on 2019-5-8 14:03:07

你的盒子太大了，改小一点。如果晶体里没有别的东西，把所有东西都先固定住，跑个npt使劲把盒子挤紧。然后再nvt去模拟晶体试试

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-9 09:05:06

tomwong4253 发表于 2019-5-8 14:03
你的盒子太大了，改小一点。如果晶体里没有别的东西，把所有东西都先固定住，跑个npt使劲把盒子挤紧。然后 ...

现在是先模拟晶体看看，成功了需要添加溶剂。
建过和晶体一样大的盒子跑过，还是em、nvt、npt、md，也是跑散了的

初始盒子

跑完md后

tomwong4253 · 发表于 Post on 2019-5-9 09:44:19

个人认为，凝聚态下离子键需要特殊的方法描述，你这各个分子之间几乎还是靠静电相互作用在彼此维持，况且分子间的距离又足够分子发生活动。这是跑散的原因。

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-9 10:17:14

tomwong4253 发表于 2019-5-9 09:44
个人认为，凝聚态下离子键需要特殊的方法描述，你这各个分子之间几乎还是靠静电相互作用在彼此维持，况且分 ...

请问有什么方法处理吗？

tomwong4253 · 发表于 Post on 2019-5-9 20:56:38

万年流星发表于 2019-5-9 10:17
请问有什么方法处理吗？

查查文献如何模拟固态，猜想应该将离子键作为一种特殊的化学键，每个分子之间彼此用看得见摸得着的化学键连接起来，化学键的参数按照离子键的强度。这样整体的结构才能具有晶体该有的“刚”性。
像你这样只是简单摞在一起，还远不能称作“离子键”，一给温度和压力当然就会塌陷。

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-9 21:29:11

tomwong4253 发表于 2019-5-9 20:56
查查文献如何模拟固态，猜想应该将离子键作为一种特殊的化学键，每个分子之间彼此用看得见摸得着的化学键 ...

好的，我查查，非常感谢

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