gromacs中获取原子坐标的命令

lujun · 发表于 Post on 2017-9-26 15:30:01

各位gromacs大神，
大家好！有没有谁知道gromacs中如何获取原子的坐标的命令？我在手册上没有找到。
谢谢大家！

ruanyang · 发表于 Post on 2017-9-26 20:12:49

gromacs中如何获取原子的坐标?问题不是很理解，你是需要在轨迹中提取坐标信息吗？
如果是的话：gmx trjconv 可以转换成 .pdb和.gro格式，直接使用文本编辑器打开

lujun · 发表于 Post on 2017-9-27 11:01:51

ruanyang 发表于 2017-9-26 20:12
gromacs中如何获取原子的坐标?问题不是很理解，你是需要在轨迹中提取坐标信息吗？
如果是的话：gmx trjcon ...

谢谢您！我开始表达错了，我想问的是，如何得到一个分子质心的坐标。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-27 12:00:36

用VMD最灵活省事
先用atomselect命令选择指定的区域，假设叫atomselect0，然后运行
measure center atomselect0 weight mass

lujun · 发表于 Post on 2017-9-27 17:09:43

sobereva 发表于 2017-9-27 12:00
用VMD最灵活省事
先用atomselect命令选择指定的区域，假设叫atomselect0，然后运行
measure center atoms ...

gromacs不行么，因为我这个是gromacs的分析脚本，不想再用VMD了

diaok · 发表于 Post on 2017-9-28 16:28:33

lujun 发表于 2017-9-27 17:09
gromacs不行么，因为我这个是gromacs的分析脚本，不想再用VMD了

seq 0 1999 | g_traj -f AA/trajpbc.xtc -s AA/topol.tpr -oxt cg.gro -n mapping.ndx -com -ng 2000 -b 100000
可以用这种粗粒化映射的方法取出来
seq 0 1999 是取2000个
-com就表示计算的是质心
mapping里面一个质心放一组

supersix · 发表于 Post on 2021-9-23 12:21:08

先定义好索引，然后 gmx traj -f -s -com -n -ox

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[GROMACS] gromacs中获取原子坐标的命令

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