公社群聊Q&A整理：2017.07.02 20 ~ 2017.07.14 06 Concate已校对

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-7-15 01:17:50

本帖由 @元江1994 整理

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2017.07.02 20:08:04
Q:
[图片]各位老师，这个是命令是固定我的分子构型加构象吗？就是在这个构象的基础上计算NMR 计算过程中不会改变构象
[图片]
A:
你写这个毫无意义
Q:
啊是机器自己产生的老师
A:
删
Q:
好的
giao也删去吧
A:
[图片]
Q:
恩恩好的谢谢老师我也看过老师的关键词累赘不过我没来得及删以为软件自己产生的哈哈
[图片]
老师下面多出来的是在这个构象的基础上在算NMR吧
A:
此时毫无意义
这是opt=modredundant才用得着的设定
Q:
明白了老师
A:
不知道干嘛的信息一律都删掉
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2017.07.02 20:37:42
Q:
各位大神求问一下我想算个ZIF8和CO2的吸附热是不是先优化CO2的结构再优化ZIF8的结构最后再把它俩放一块优化一下得到的总能量前去前俩的能量之和这种方法是对的吗刚开始用高斯不太懂求各位大神指教
A:
是
ZIF8远离吸附位的骨架原子在优化时建议冻结住，否则由于没用周期性计算，优化时边缘部分可能变形
Q:
但是我算出来的能量偏高是因为我用的HF算法吗如果想降低能量 DFT算法的话是不是会好一点
而且优化完之后分子变形了
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
HF算弱相互作用秒被拒
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2017.07.02 20:41:55
Q:
比较homo和lumo的gap的时候，如果开壳体系，是否要看alpha和beta具体哪个的homo高取哪个，lumo也是取低的吗？
A:
alpha和beta分别讨论
如果死活非得只讨论一套轨道，就是你说的
Q:
那可否认为homo里面最高的那个是somo
A:
SOMO是对于RO而言的
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2017.07.02 20:46:20
Q:
老师您好！如果用各种方法都找不到过渡态，要么是不想要的过渡态要么是没有虚频，那么连接这个过渡态的两个中间体自由能差如果大于零就是对应的位垒，如果小于零就没有位垒，这样合理吗？
A:
显然没法这么判断
Q:
老师您好！这种情况是不是没法估算位垒了？
A:
找到过渡态才能计算势垒
找不到过渡态你都没法证明有过渡态，没有过渡态就没有势垒
Q:
老师冒昧的问一下，有两个反应坐标，是不是做个两维的扫描，看看有没有过渡态，这样想对吗？
A:
原理上可以
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2017.07.02 21:14:35
Q:
[图片]
想请教一下，为什么我调用不了nab这个程序
A:
确认目录里有nab命令，然后./nab
此目录加到$PATH里才能直接写命令
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2017.07.02 21:46:09
Q:
Sob老师，什么时候开一个分子动力学模拟的课啊？
A:
看www.keinsci.com的培训预告
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2017.07.02 22:54:50
Q:
# opt=(calcall,tight) b3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity
empiricaldispersion=gd3bj 请教一下各位老师，我现在用这个能够算出结果。但是在这个基础上用 def2tzvp基组算的时候，老是不收敛。有啥好办法吗？都算了好几天还没结果
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
没事甭用tight
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2017.07.03 06:36:51
Q:
[图片]求教文献中关于计算部分的主要描述是否可如下[图片] 我按此计算HOMO LUMO和文献大概有0.1eV的误差请问这种误差是否可接受
A:
# B3LYP/genecp scrf
下面的相同
虽然不影响结果，但看见多余关键词就不舒服
Q:
我是用作者优化后提供的坐标它提供的计算方法为什么还是有误差？
A:
找作者要输出文件
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2017.07.03 07:13:28
Q:
请问下有人会在VMD中将一个小分子物质添加到DNA上？
添加以后用于优化的
A:
VMD里挪动就完了
Q:
怎么挪动？
A:
mouse-move-molecule
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2017.07.03 07:51:21
Q:
老师，我之前用gaussian通过DFT方法计算所研究体系的相互作用，当时查资料得知M06-X和b3lyp不适用，就放弃gaussian转用MD了。
A:
谁说M06-2X不适用？
Q:
应该是M06-2X（有点记不清了，不好意思老师）
A:
别看乱七八糟的，仔细看此文
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
因为我研究的体系是液体环境（不含离子），三类分子之间只发生物理作用，应该是有氢键的
我当时看的就是老师的帖子，也在群里问过老师该问题
A:
我什么时候说过M06-2X算氢键不适用？
Q:
老师，如果我想要调节溶剂和溶质的比例，比如2:1，即体系中含10mlA和10mlB，20ml溶剂C，那么我如何在gaussian中体现
A:
没法体现
Q:
这样的话还可以模拟真实体系吗
A:
你的思路完全没理清楚
量化研究的是微观局部，浓度是宏观统计量，根本不是一个层面的事情
Q:
老师的意思是量化计算可以帮助我更具体的考察分子之间的作用关系？
A:
对
Q:
或者说作用机理
明白了老师
谢谢老师的耐心讲解，老师发给我的资料链接我会好好研究的
老师关于您刚才提到的二聚体模型协同作用，如何判断体系是否存在协同作用？
A:
比较多聚体和二聚体时候结果的差异
Q:
老师，有个弱智的问题，多聚体是指拿5个A和5个B计算？二聚体是指一个A和一个B
A:
看具体情况
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2017.07.03 08:00:58
Q:
我现在要水一篇文章，量化计算方向的。见刊时间最快，投稿容易。影响因子低点也没有关系的SCI期刊，求推荐。
A:
物化学报
Q:
好国外有没有这方向的半月刊或周刊？
请sob人工审核论坛账号
A:
审了
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2017.07.10 17:31:21
Q:
sob 新书今年能出来不？
A:
不能
Q:
sob老师，如果是资金的问题，我们大家可以为你众筹。
A:
不差钱
差时间
Q:
最主要事太多
A:
能提供的帮助就是，当群里有简单问题时，尽量多回复
冰释之川近来帮了很大忙
尤其是那种算吸收、荧光那类问题
Q:
都是博士，还有李大博士
想帮忙，也帮不上啥忙
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2017.07.10 17:32:21
Q:
sob老师，可不可以开一期lammps的培训。gromacs感觉做材料比不过lammps，现在材料模拟越来越热门~
A:
我不会讲我不专长、经验不充分的内容
我对质量要求十分苛刻，和那些三脚猫功夫就开班讲课坑钱的不一样
倘若真开了这个，量化高级班、动力学高级班都要延期
Q:
那就期待高级班~~
A:
我对无机、金属材料类兴趣不是很大
Q:
现在做无机材料和金属材料的太多了
物理这边做这个的多
有个老师说横项材料和容易出成功
出成果很快
A:
gmx和lammps不存在竞争关系，而且总用户上，gmx比lammps还多一些
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2017.07.10 17:33:21
Q:
他们那个组实验数据很多的而且他应该配有专门做实验的
多了就是套路了
总感觉计算需要相应的实验数据做后盾
而且最重要的是他很少投计算化学的期刊多投综合类的
所以刷的比较夸张
A:
搞量化的搞泛函，如同MD里搞力场。B3LYP、M06-2X就如同GROMOS、Amber、OPLS
Q:
最近在了解各种mp2方法和泛函
偶尔看看高精度的方法
A:
现在泛函没得搞了，可以探索下Density cumulant functional theory
Q:
嗯嗯
我也这么觉得
专注于DFT说不定更好
上一期的jcp发了几篇测试泛函的文章
现在专注mp2的变种
比搞个泛函有趣多了
高精度的现在看起来还有这难度
先大体了解，然后在找突破口
老板让每天浏览一下最新的文章，坚持下来的话效果很好
A:
小心后HF搞多了容易秃顶
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2017.07.10 18:00:21
Q:
请教，如何将分子的构型优化为指定的对称性？
A:
先让初始结构有对称性
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2017.07.10 18:03:47
Q:
spin population中，负值代表什么
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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2017.07.10 18:18:12
Q:
请教下sob，我设置多重度为3，用基态计算的方法得到了T1的结构，在此结构的基础上，我想用TD计算T1到S1的垂直激发，那么我是不是应该这样设置：td=(singlet,root=1,nstate=6)，然后分子说明的多重度那里写3？多谢指教
A:
写0 1（如果基态自旋多重度是1的话），并且写TD(50-50)
然后取T1和S1能量差就完了
Q:
我懂您的意思了，那么如果说我在S1垂直激发的基础上优化S1的结构，做S1到T1的荧光的话，这个任务的多重度应该如何设置？
A:
S1到T1不叫荧光，也没有这种可能性，出现的过程是系间窜越
“S1垂直激发的基础上优化S1的结构”根本就没法这么说
----------------------------------------------------
2017.07.10 18:19:23
Q:
[图片]请问一下sob老师，ZPE校正因子可否用于频率校正因子，fundamentals是否就是频率校正因子？如果不是，那这项代表什么校正因子？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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2017.07.10 18:19:43
Q:
老师你好，我想在GROMOS力场下添加一个残基，用高斯软件计算电荷分布，请问选用哪种电荷比较好？
A:
ADCH（用Gaussian+Multiwfn）或RESP（用Gaussian+Antechamber）
单纯只用高斯的话只能用CHELPG，但对于柔性体系不好
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2017.07.10 18:55:20
Q:
老师，扫描柔性势能面的时候计算到一半，出现了断点，还有必要继续扫描下去吗？[图片]
A:
对于柔性扫描这是正常情况
Q:
恩，就是说可以继续扫描下去咯？
我又拿断崖的前后两点开始新的扫描了，老师，这样有意义吗？
A:
干嘛这样做
Q:
因为断崖前后两点结构变化较大
A:
要正确理解突跃的物理意义，这是非常正常的
搞明白柔性扫描的原理自然就懂得
Q:
好哒，那老师直接拿断崖处两点直接找TS会有意义吗？
A:
找最像过渡态的那个
[图片]
Q:
好哒，谢谢老师，你可以解释一下这图吗，有点看不懂
A:
自行琢磨
不懂就先搞懂什么叫限制性优化
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2017.07.10 19:10:53
Q:
大家好，我计算NBO输入[图片]，为啥没有计算NBO呢，没有找到NBO的结果，我的高斯版本是g09D01的
A:
甭和freq混在一起
也甭和opt搞在一起
density=current完全多余
Q:
可是我以前计算可以好像
A:
仔细查看输出文件
Q:
好的，那我把这些去了试试
输出文件是没有计算NBO的
我查好几遍了
用mp2的方法也可以计算nbo吗
A:
可
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2017.07.10 19:13:26
Q:
[图片][图片]想优化就算出产物分子的能量，但高斯提示我有一个语法错误，想请教下老师，我输入文件哪里有语法错误吗
我刚是少输入了弥散函数d，就报错语法错误
[图片]做RIC时出现折返现象是过渡态精度不够，是要尝试calcall.opt=tight重新找更高精度的过渡态吗，再重新算RIC
A:
是
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2017.07.10 19:21:23
A:
山寨培训又来了，居然还来个什么证书
[图片]
三天3000块
Q:
黑
A:
那个网站9成就是坑爹的，帮助一些坑钱培训骗钱用
Q:
这证书有啥用。。
A:
把这证书拿出来简直让人笑话
gmx的班，给这么个证书
Q:
学术角度很鄙视，但是从人事角度，或许真有用
A:
这种证书花钱就能买
Q:
这种证书只要人社局认，就相当于工程师，属于中级职称，人家花钱点就在这里
那个管理公司的网站感觉很山寨
A:
不可能认的
Q:
是啊，这就是卖点
A:
一个名不见经传的山寨公司办的培训，人事局不可能认
Q:
感觉就像刚做网页的人做了个练习网页
这种工程师如果可以，群里面就可以拉出一堆大师啊
我觉得是假的
你们可以百度进去看看
我去过一次某山寨公司的培训
讲的太差了
就是卖证书的，你还真想学什么东西。。。
A:
[图片]
[图片]
Q:
没有人社局认的，都是假的
那种培训不如直接看手册
A:
写了参加后给证书，显得更假了
Q:
培训总的讲点手册没有的东西
骗子太多，傻子不够用，我也当过傻子[emoji]
A:
现在五花八门学术群里盛行“小窗口联系”方式的坑爹培训
坑一个是一个
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2017.07.10 19:45:13
Q:
老师，请问geom=allcheck与geom=check guess=read这一组关键词有什么区别？
A:
手写啊，别用gview
guess=read还读取之前的收敛的波函数
allcheck比guess还多读取电荷和自旋多重度，看手册
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2017.07.10 19:46:48
Q:
社长就差第一性原理开班了→_→
凝聚态
A:
若真开第一性原理，起码是3年后
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2017.07.10 20:22:11
Q:
Castep 和vasp哪个好
A:
类似windows与linux的差别
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2017.07.10 20:49:25
Q:
老师，拿扫描的刚性势能面的最高点找过渡态，计算出的过渡态没有虚频，这是什么原因？[图片]
A:
初猜不合理
Q:
看着和我想要的长的蛮像的呀
刚性扫描很快的，不到一天，360°，每步1°
但有时刚性扫描确实能出结果，跑的IRC也是对的
A:
说这种碰巧的事没意义
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2017.07.10 20:59:46
Q:
请教各位老师一个问题，请问高斯哪个版本可以在GPU上运行，谢谢
A:
G16支持Tesla K40/K80，性能是搞笑的
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2017.07.10 21:01:20
Q:
[图片]老师，请问我这儿这个总的电子密度是灰色的呢？
A:
因为没识别出机子里的高斯
Q:
老师，那有什么解决办法呢？
A:
装完高斯再装gv到相同目录
看末尾的提示
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2017.07.10 21:08:25
Q:
老师，扫描柔性势能面的时候卡到第11步已经好几天了，就是不到下一步，这是为什么啊，有必要把它停了吗？
[图片]
老师，它好像一直在循环，也没有报错
A:
弄清楚是什么在循环，是这个点的限制性优化在循环还是怎么回事
Q:
好的，谢谢老师呢，辛苦啦。
A:
减小优化的步长上限往往也有用
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2017.07.10 21:11:43
Q:
老师请问VASP开发课题组如何联系？他们有网上报价吗？
A:
看官网啊
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2017.07.10 21:16:52
Q:
You need to solve for more vectors in order to follow this state
CISAX will form 12 AO SS matrices at one time.
New state 1 was old state 5
New state 2 was old state 4
New state 4 was old state 6
New state 5 was old state 1
New state 6 was old state 2
Iteration 2 Dimension 24 NMult 24
No map to state 2
New state 3 was old state 2
New state 4 was old state 3
No map to state 5
You need to solve for more vectors in order to follow this state.
Error termination via Lnk1e in /public1/software/gaussian09/g09/l914.exe at Fri Jul 7 15:52:26 2017.
Job cpu time: 0 days 4 hours 25 minutes 50.
2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 195 Int= 0 D2E= 0 Chk= 15 Scr= 2
TD计算出现的错误,不知是怎么回事@Sobereva
由3变成6了，还是错误
A:
如果是老版本，用最新版本
Q:
高斯版本？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.07.10 21:25:58
Q:
只能说支持GPU加速，g16支持在K40,K80等计算卡加速。请问调用GPU需要什么参数
A:
看官网
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2017.07.10 22:29:49
Q:
sob老师，我在用gromacs模拟的做一个长时间模拟的时候。rmsd在后半段有一个突然的增高，然后突然下降。这个是什么原因导致的？
A:
对照轨迹判断
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2017.07.10 22:49:43
Q:
[图片]老师，这是用的基组和方法是M06-L/aug-cc-pvdz，在算Gamess时没有M06L的能量，而且数据太大，请问老师是什么原因
A:
设定不合理，或者有的步骤没正常完成（没收敛等）
----------------------------------------------------
2017.07.10 23:04:01
Q:
请问下，用gauss优化以后得到的mol2文件，导入到amber中，需要注意什么？
为什么我导入的时候出现这样的问题？
[图片]
A:
用pdb格式
loadmol2有点bug
----------------------------------------------------
2017.07.10 23:10:07
Q:
sob老师，我按您说的计算[图片]还是没有看见有NBO的结果
OA:
正常结束了
Q:
[图片]
是这个有问题吗
我又按松鼠的改了一下还是不行
还是和之前一样
还是没有，难道真是我这高斯问题？
OA:
我觉得应该是这里出问题了[图片]
A:
换个高斯
Q:
是版本的问题还是没有安装NBO模块呀？
A:
都没问题
你的高斯可执行文件有问题
----------------------------------------------------
2017.07.10 23:10:07
Q:
请问下像 HOMO LUMO能级差在多少eV才有荧光或者磷光有没有个经验值还是必须得根据实验现象来证明？
换算过来就是在360nm~800nm这个区间吗
求教知道HOMO LUMO 怎么算发射能？
A:
没法算
----------------------------------------------------
2017.07.10 23:19:46
Q:
[图片]老师好，键偶极矩是否指的是这个？
A:
这是原子偶极矩
Q:
那键偶极矩呢？
A:
对ELF盆分析，你当前是对电子密度盆做的分析，上头已经明确提示这显示的是原子的结果
----------------------------------------------------
2017.07.10 23:43:58
Q:
老师，您好我想请教一下，我在做过渡态优化时，用的是#p opt=(calcfc,ts) b3lyp/6-31g*但是出现以下错误（error 999[图片]，请问如何解决[图片]
A:
opt里写noeigen
----------------------------------------------------
2017.07.11 01:02:37
Q:
请教大家：写文章时如何做出漂亮的结构图（包含关键键的键长之类的一些信息）？
A:
ps
gview6也可以直接把键长标在图上
----------------------------------------------------
2017.07.11 01:04:49
Q:
请教各位老师，在进行频率分析时，如何分析每一个化学键的频率？
我用gview查看之后，发现每一个频率对应的都不是单纯的一个化学键的振动
可是我看文献中，和我计算的体系是一样的，他都可以对化学键进行分析，而我查看之后，结果是混乱的
[图片]
A:
考察力常数就完了
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
----------------------------------------------------
2017.07.11 01:07:36
Q:
http://sobereva.com/190您这篇博文里的矩形盒子模型，直接复制是这样，[图片]复制文本是这样[图片]，尝试过把blue改为0，我觉得我可能哪一步操作有误，请社长指导一下。
[图片]另，这个CYL程序的链接打不开，有可能是我网络的原因
A:
能打开
http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html
[图片]
Q:
[图片]
没有360也给提示
A:
这你也信？
Q:
不是，是打不开
[图片]
A:
关掉垃圾安全程序，还不行就是你的网的事
----------------------------------------------------
2017.07.11 02:26:41
Q:
老师，请问一下ANO2这种基组和cc-pVnZ基组区别大吗？
A:
大
----------------------------------------------------
2017.07.11 03:31:04
Q:
安装gromacs 5.1.4 使用出现以下报错，顺利结束，但是使用指令报错，请问是什么原因？
Illegal instruction (core dumped)
A:
可能编译gmx时用的指令集与实际不符，比如CPU不支持AVX还开了AVX优化选项
Q:
那是不是把 -DGMX_SIMD=AVX_256 取消？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.11 03:51:55
Q:
老师们好，我问下，我用multiwfn来看分子的极化率，输入的文件已经是激发态计算的输出文件了，但是为什么还是直接就退出了
是要输入计算结果的log文件还是哪一个啊[图片]
A:
输出文件，显然要么out要么log
为什么突然退出，参考手册的说明和博文的例子
突然退出要么输入文件不合理要么操作有误
----------------------------------------------------
2017.07.11 03:51:55
Q:
linux系统下生产的out文件，可以用Windows下的multiwfn打开吗看红外光谱
A:
可
----------------------------------------------------
2017.07.11 04:38:05
Q:
请问一下怎么从已有的文献中获得光谱图
原来的文献已经有了，我想把它做出来作为对比
A:
可以考虑用getdata把图转化成数据
----------------------------------------------------
2017.07.11 04:50:05
Q:
各位老师好，想请教一下我在算IRC时输出文件显示This type of calculation cannot be archived.用GV打开时会提示unresolvable inconsistency between charge and multiplicity and orbital occupacies. Orbital data will be igored，但是我所需要的点都有了，会不会有什么影响，如果有的话该怎样解决？我的输入文件的语句是# irc=(calcfc,reverse,phase=(8,9),stepsize=5,maxpoint=150) b3lyp/6-31g(d,p)
A:
不用管
----------------------------------------------------
2017.07.11 05:09:15
Q:
请问一下老师，摩尔吸收系数和振子强度之间的关系是什么啊？
A:
这里写了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2017.07.11 05:13:41
Q:
请问Nvidia显卡10系列和9系列是否都支持Dx12.1？
A:
10xx支持
Q:
谢谢sob！最低端的1030是否也支持？我在京东查到一些产品不支持。另外9xx是否有支持12.1的？
[图片]
[图片]
A:
jd上的数据根本不靠谱，明显支持DX12
Q:
不清楚，有人招标，把标准写成支持DX12.1，不知道供货商会供什么样的货
A:
感觉是硬件外行写的
起码写个显存带宽或者流处理器数目下限，还能把档次限定住
一测不就知道
Q:
嗯，现在可能不知道供货商会按照多么低的标准供货了
估计就是1030了
9
9xx系列有符合的吗
A:
无
----------------------------------------------------
2017.07.11 07:14:59
Q:
各位老师好，请问做casscf的优化计算，老是出现l9999的错误，有什么方法可以解决吗？能量在0.5ev范围内震荡，已尝试降低收敛标准均无效果。谢谢
[图片]
A:
还是常规做法
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.07.11 17:29:48
Q:
[图片]
请问下，dmol3不可以计算二维周期性体系？这是为什么？
这样的话，表面吸附什么的也不可以计算？
A:
加真空层呗
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2017.07.11 17:30:05
Q:
老师请问我在气相条件下搜索得到某过渡态接着用此过渡态作为初猜添加关键词scrf=(solvent=diethylether,smd)再搜索溶剂条件下的过渡态为什么得不到正确的过渡态？此过渡态为自由基偶联反应应该很容易才对
A:
calcall，步长上限减小到10，还不行很可能就是没有
Q:
谢谢老师，我再把calcfc改成calcall试试
我现在的关键词如下没有什么问题吧？
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,maxstep=1,tight) int=ultrafine freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=diethylether,smd)
empiricaldispersion=gd3bj
老师，请问自由基偶联在溶剂态下没有过渡态，正常吗？气相时有，若自由基加成路径也有过渡态。
A:
empiricaldispersion=gd3bj、tight、int=ultrafine没必要
maxstep=1太小
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2017.07.11 17:51:53
Q:
请问，在cmd模式下运行multiwfn，如何退出来？
A:
ctrl+c
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2017.07.11 17:58:01
Q:
大家好，用Multiwfn的topology 分析电子密度ρ(r)时，若是需要分析激发态的电子密度是不是要用激发态的wfn文件？
A:
是
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2017.07.11 18:25:56
Q:
请问高斯半经验方法PM6-D3H4之类的输入关键词是如何写的，使用标准参数
A:
高斯不支持
可以用PM6D3
Q:
# pm6d3 opt no nosymm 这样?
多了个no
A:
y
Q:
如果是3,4百个原子的polymer，结构可以用pm6d3么
A:
可
Q:
这个和 dft/(camb3lyp or wb97xd)/6-311+G**的差距有多大？
A:
跟CAM-B3LYP毫无可比性，此泛函根本没法描述色散作用
差距多大没法说，必须定义清楚细节
Q:
也就是可能平面优化成扭转结构
[图片]一篇review里讲b3lyp/6-31G(d)就可以，而且重复单元可以到30个。。。
A:
当然可以，几百个原子只要机子够好DFT完全算得动
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2017.07.11 19:28:14
Q:
[图片]优化着就突然中断了，不动了
A:
上传输出文件
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2017.07.11 19:40:42
Q:
各位老师们好，我最近一直在尝试用multiwfn来解析polar的输出，但是进行到最后一步总是就退出了。我先输入文件，然后选200 7 4 ，就会退出，到底是哪里出问题了？我尝试过博文《使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率》，就能够成功，但是仿照《使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、第一超极化率的输出》老是直接退出，下面是我的输入文件和输出文件
A:
CIS怎么算polar
[图片]
CIS是算激发态的
Q:
没有极化函数。。
A:
[图片]
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2017.07.11 19:43:47
Q:
那我用dft基态的方式来算的话，是不是就能用multiwfn看到结果了
A:
y
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2017.07.11 19:53:19
Q:
请问Multiwfn是不是不能把MS的输出文件作为输入文件？如果不能，怎么才能实现这个目的？
A:
没法实现
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2017.07.11 19:56:42
Q:
请教老师，我在GROMACS里面创建一个rhombic dodecahedrons盒子，命令如下：
gmx_mpi editconf -f h-ACTR.gro -o h-ACTR_box.gro -bt dodecahedron -box 12 -angles 60 60 90
屏幕输出是
[图片]
感觉盒子是创建成功了，为什么我用VMD的pbc box只是看见了一个三斜盒子，而不是截角八面体的盒子呢？谢谢老师
A:
记录轨迹的时候当三斜记录，只不过程序运算的时候当截角八面体处理PBC
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2017.07.11 22:15:26
Q:
分子的静电势算出来做什么，求教一下，固体表面静电势用来求得功函数
A:
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
讨论反应位点、相互作用方式、预测物性等方面极为有用
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2017.07.11 22:44:53
Q:
[图片]计算irc时出现这种错误，是结构优化时的解决方法一样吗？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.07.11 22:57:08
Q:
我在虚拟机下利用gaussian计算，机子是双路E5-2650，也就是2*8core，我在输入文件中写的也是16核，但是现在他只用了单路8核16线程，请问需要怎么修改呢？
A:
虚拟机设成16核，算的时候%nproc=16就完了，不用管其它的
Q:
虚拟机不设置2*8，而是设置1*16吗
A:
无所谓
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2017.07.11 23:02:36
Q:
VMD中设置图像为透明时用的GlassBubble，为什么我在materials找不到这个选项了呢
A:
用最新版本
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2017.07.11 23:48:54
Q:
[图片]opt+freq找酯化反应过渡态，结果优化后结果最后一帧只有一个虚频，再拿这帧做IRC结果如上，反应物往右跑了，产物往左边跑了，可以说明找对过渡态了吗
21帧，第一帧是产物，第21帧是反应物
A:
对
Q:
那老师我是不是可以直接从IRC中读取反应物能量，过渡态能量，产物能量计算出能垒，还要将反应物产物进行优化算能量吗
A:
必须优化
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2017.07.12 00:23:03
Q:
杂化泛函里HF%与轨道能有很强依赖性。不过算算轨道能一般用 B3LYP, B3PW91差不多了。另外，HF% 越高，算出来的H-L gap 越大
A:
轨道能量并非可观测量，没法定义结果精确与否。通常用B3PW91或B3LYP即可
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2017.07.12 01:23:05
Q:
请问哪些软件可以用ccsd(t)-f12方法？vasp可以吗
优化单点
搜过渡态之类
A:
ORCA、molpro、turbomole
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2017.07.12 05:28:00
Q:
[图片]高斯做出来的IR光谱峰是这样的，实验测出来的红外光谱可是倒峰，这没关系吗
A:
设置Y轴范围，把上限和下限颠倒过来，步长也设成负值就完了
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2017.07.12 06:07:47
Q:
各位老师大家好，请问H2O2在高斯优化完以后二面角直接变成了180度，调了各种结构最后还是180度，这与实验值不符，有什么解决方法吗？非常感谢
A:
初始结构别设180度，优化完了绝对不会变成180度
Q:
老师您好，我设置的H2O2初始结构二面角为93度，优化后成了176.06度，接近180了
优化后的这个结构应该是不对的吧
A:
显然不对
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2017.07.12 07:22:58
Q:
使用amber的xleap添加溶剂盒子的时候用的语句：solvateoct com tip3pbox 12.0总是说错误，请问是什么原因？
[图片]
[图片]
可是我想不到哪错了[表情]
A:
当前不存在tip3pbox的unit
list可以查看当前有哪些unit
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2017.07.12 17:32:30
Q:
老师，我这是分子不同构型用相同方法opt freq分别得到E(RB3LYP) = -915.685334527 E(RB3LYP) = -915.685334379，用跟高级别算单点能得到的是E(RB3LYP) = -915.722939362 E(RB3LYP) = -915.722940251 ，这种情况我该选择哪种作为最优构型呢
QA:
吉氏函数
Q:
学生愚钝，能再提点一下吗？
是吉布斯函数吗
Q:
老师，是在相同溶剂下计算自由能吗？溶剂中自由能越大越稳定吗？
那最终是自由能小的那个是最优构型吗？
A:
能量几乎相同，没法说哪种最优，起码当期啊计算级别判断不出
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2017.07.12 17:45:45
Q:
各位老师计算NMR的时候出现这类错误怎么办啊？
[图片]
好的谢谢我先研究一下还没怎么看明白
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.07.12 18:38:21
Q:
请教各位老师，我现在是4个分子，算3个水分子和有机物的氢键，现在算BSSE。结果有好几个BSSE energy 和Counterpoise corrected energy ，怎么去选择和区分啊。我想要和水氢键结合能
好的谢谢
A:
取最后输出的complexation energy就完了，这就是BSSE校正后的相互作用能
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2017.07.12 18:49:45
Q:
请教下老师，我算出肉桂酸和苯甲醇在气相中的反应正相能垒80kcal/mol,体系加上H原子35个原子，这算正常吗
A:
看不出什么异常
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2017.07.12 18:49:48
Q:
请教老师
分子A已在B3LYP/6-31G水平下基态优化，要想得到激发态S1的激发态偶极矩，应该怎么做呢？
1. #p opt B3LYP/6-31+G td density=rhoci 水平下优化激发态S1结构，由输出文件末尾得到
2. #p B3LYP/6-31+G td density=rhoci 水平下算激发态，由输出文件末尾得到
A:
加了极化再说，否则一定不合理
Q:
哦，对……忘了写极化
实际上基态是写的
A:
知道极化函数的重要性的人，永远不会忘了写极化函数
笔误都绝对不会
Q:
恩，老师说得对
A:
B3LYP/6-31G* opt
B3LYP/6-31G* TD
就完了
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2017.07.12 18:53:39
Q:
能不能通过一个分子的计算结果判断分子中那个键容易断裂呢
A:
考察键能、键级、键力常数等估计，看
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
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2017.07.12 18:56:05
Q:
老师，density=rhoci这个不加吗？您博文提到td默认末尾输出的多极矩是基态的
A:
写density，没特殊要求甭写density=rhoci
Q:
哦，谢谢老师。想问为啥求激发态偶极矩要用
B3LYP/6-31G* TD
而不是 opt B3LYP/6-31G* TD 呢，
是因为偶极矩只跟正负电荷中心有关，结构变化对正负电荷中心没什么影响么？
A:
你又不优化激发态
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2017.07.12 19:03:07
Q:
老师，我想问下，opt=noeigentest不进行Hessian矩阵的本征值检测，这关键字在什么条件下用
A:
opt=TS找过渡态时候总要用
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2017.07.12 19:08:12
Q:
请问老师：优化完的log文件显示团簇点群是c1点群而打开gv显示的是d4h高级的点群应该怎么看待这两个的不同？哪一个更可信？谢谢@Sobereva
A:
如果gv里默认判断标准就能判断出d4h，说明当前结构极为接近d4h，可以当成d4h，只不过高斯判断标准太严才没判断出来
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2017.07.12 19:15:50
Q:
SMD方法拟合时的数据集里似乎没有含过度金属的物质，所以使用SMD模型时过渡金属用什么（赝势）基组最好是不是没有定论？
A:
是
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2017.07.12 19:37:33
Q:
哪位老师有最新版的Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods
第几版的比较好
A:
这里说了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2017.07.12 19:42:43
Q:
用Multiwfn绘制散点图（包含两个分子）[图片]，只得到大于0的散点图，是我计算有什么错误吗？
A:
settings.ini改过没？
启动Multiwfn后依次输入的命令列一下
Q:
我的settings.ini里的默认值是0
A:
哪个默认值？
RDG_maxrho默认值不可能是0
Q:
文件里有三个RDG_maxrho,都需要改吗？
A:
怎么可能有三个？
有三个早就冲突了
就用默认的，根本什么也别改
Q:
[图片]
我的打开后就是0.0
A:
分明这里就一个RDG_maxrho
分明默认值是0.05，你给改成0了
Q:
做散点图的时候不是要改成0.0,吗
A:
我那篇博文你没读完整？
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
[图片]
[图片]
[图片]
Q:
每次做完要改回原来的默认值吗
A:
你改它干嘛
默认就是0.05，就是应该用的
一开头就说了，这是启发式文章
Q:
[图片]博文里说要改为0.0
A:
没看见第四节一开始就让你给改回默认值？
为了讲解计算机，别人把电脑部件先一个个拆开，给你说每个部件都是干嘛的，让你了解原理。难道每次用电脑的时候还先拆一边电脑？
Q:
[图片]因为我看到这个步骤上写着打开wfn后先把multiwfn.exe目录下的Settings.ini里的RDG_maxrho设为0.0
A:
所以我一开始就用红字标明了，不要断章取义！
Q:
嗯嗯，我仔细看完博文再做，谢谢sob老师
A:
本来正要再给文章加一句，发现之前就都已经明确强调了
[图片]
看来还得红字、加粗才行
OA:
还得加大字号
A:
[图片]
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2017.07.12 20:23:28
Q:
大家好，用gromacs做一个蛋白的动力学模拟，去完周期边界条件后发现蛋白是断的，如图，求解[图片]
[视频]
A:
去掉PBC后的gro文件发上来看看
[图片]
把两个xtc都改成gro
Q:
Sobereva老师，去掉pbc也要产生gro文件吗？我是安教程上trjconv -s .tpr -f .xtc -o new.xtc -pbc -tu的，所以这个过程没有新的gro，用的是md的gro和去pbc的xtc
A:
载入VMD的gro也得是按我图中的方式先去掉PBC后的
VMD按照一开始载入的gro来判断成键关系
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2017.07.12 21:23:07
Q:
老师您好！请问如何在高斯的激发态能级计算完后，分析出其中某个激发态的（n, π*）和（π，π*）的各自比例呢？
A:
先判断MO对应的类型，然后计算对应两类跃迁的组态的比例
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2017.07.12 23:19:47
Q:
请问下用amber算SASA，出现[图片]
terminate called after throwing an instance of 'std::length_error'
what(): vector::_M_fill_insert
我是直接写in文件mosurf surf.out
是不是哪里有错误啊
A:
用VMD算得了
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2017.07.12 23:26:51
Q:
老师，在进行构型优化时，9999died了，请问有什么解决方法吗？
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.07.13 00:02:08
Q:
老师，垂直吸收发射能的计算需要跟单点能统一算法么
A:
不需要
Q:
如果审稿人问起怎么回复他
A:
碰见那么弱智的审稿人的几率不多，问起再说
Q:
还真被打回来了，我想在文章中引几篇文献，省的再被找麻烦，老师推荐一下
就是算了一下质子转移 m06-2x优化结构，pbe0计算垂直吸收发射，然后m06-2x找了一下过度态
这种算法会不会存在问题
A:
不可能因为基态优化、单点用M06-2X而激发态计算用了PBE0这一点就被拒，若为此被拒，你直接找编辑投诉去
Q:
老师，我激发态也是用的M06-2x，只有垂直吸收激发能单独用PBE0算了一下
只有垂直吸收发射能单独用PBE0算的
激发态过渡态的寻找及其能量还是用的M06-2X
A:
给出不明确理由，或者换泛函的意义不是特别大，就不要换泛函
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2017.07.13 00:14:33
Q:
[图片]
老师请问过渡金属配合物的自旋怎么计算,右边那个配合物,Co2+具有3d7的电子结构,是按照每个钴一个单电子算?还是需要考虑晶体场高低自旋计算?
配位过程中脱去了
A:
各种可能的自旋多重度都算算选能量最低的
Q:
[图片]
收到,谢谢老师,因为算的时候收敛失败,我在想会不会是电子组态写错的原因,刚刚开始接触计算,给您添麻烦了
A:
自旋多重度设的不对应基态，有可能造成收敛较困难，但不是造成不收敛的必然因素
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2017.07.13 00:38:25
Q:
老师你好，我现在在求过渡态，发现能量震荡的太过于厉害，用了gdiis,int=ultrafine都不可以，请问还有什么办法吗[图片]
A:
减小步长上限，calcall，这里都说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2017.07.13 00:56:14
Q:
麻烦问一下： singly occupiedmolecular orbital (SOMO)在高斯中怎么显示出来
A:
做RO计算，把fch载入Multiwfn，进入功能0，文本界面直接就告诉你SOMO是几号，点击相应轨道编号就能看到轨道等值面
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2017.07.13 01:13:14
Q:
老师您好，我的体系里有两个氮原子现在我在想一个可能的复合物结构，其中一个氮原子会向重金属配位。要先猜测一下哪个氮原子会配位，我应该看Mulliken charges还是看Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms? 现在他俩的结果是相反的
我先预先猜一个啊
那应该怎么办呢
A:
计算简缩福井函数来估计往往是更好的做法
就算看原子电荷，也别看with hydrogens summed into heavy atoms的
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2017.07.13 01:18:11
Q:
麻烦问一下：[BMIM]Cl分别与甲醇，DMC这两种物质的结合能大小分别为E（[BMIMCl]+methanol)=-430.08kJ/mol,E([BMIM]Cl+DMC)=-401.35kJ/mol,都经过BSSE校正，基组B3LYP/6-311++(d,p),但是在做RDG散点图的时候第二种物质的spike比第一种更负,作用力强弱和结合能对不上，该怎么理解呢
上传的是两种复合物的RDG散点图和等值面图
OA：
对颜色能对上啊
400+kJ/mol的“弱”相互作用？
A:
甭管spike，明显[BMIM]Cl与甲醇的RDG图上能看见等值面更大一些，而且更偏蓝一些，因此作用更强
Q:
谢谢sob老师，那写文章的时候RDG散点图还放到文章里吗
A:
散点图可以放到SI里
不放也没关系
Q:
好的，多谢
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2017.07.13 01:18:11
Q:
请问6-31G+是一个什么基组？没找到详细的介绍
OA:
没这个基组
我只听说过6-31+G
Q:
[图片]看错了
OA:
是一个被初学者写错了的基组
还是不加极化的基组
[图片]群聊记录里竟然有很多人错写为6-31G+
但是在genecp里，非金属原子用这个基组，可以正常跑
漏G的不占少数
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
确认格式无误
了解些基本常识
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
诶确实可以正常跑
是b3lyp/6-311++g(d,p)
[图片]
写6-31G+实际上用的是垃圾6-31G
A:
没报错，这也算个bug了
居然一天内看到两次6-31+G
Q:
不用赝势会报错，用赝势不报错，很奇怪
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
确认格式无误
Q:
我就没用赝势
OA:
1群不应该再看到类似6-31+G的基组才对啊
[图片]高斯好多该报错不报错
IOp(5/13=1)减少很多就很欣慰了[图片]
A:
这不是1群最近开始放入很多新人么
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2017.07.13 01:59:10
Q:
还好有yuanhe的 FAQ，很多问题能够直接解决。不过FAQ是不是前言里提一下基组和IOp(5/13=1)的问题好一点呢
话说回来，FAQ置顶也是很少有人看
似乎很没存在感
之前不是计划写一个新人索引，类似给个新人读完哪些博文再提问[图片]但是没动工
在这“快餐式”的环境，伦家更喜欢直接被“喂”的方式
喜欢视频教学
有的一句话就能说完的问题也发配去看FAQ，是想减少其再问FAQ里的其他问题[图片]
视频可能不如看文字快
从提问者角度出发，才不管其它FAQ里的issue
少一个是一个
A:
如果初学者们别在问自己问题的时候才看群里消息，而是一直关注群里的讨论来试图学习，那就谢天谢地了
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2017.07.13 01:59:10
Q:
各位大神，咨询下下哈。。VMD TKConsole处理一批数据，自己写的脚本，不知是不是因为计算量问题，source写的脚本之后，VMD就死掉了，这个有木有办法解决呢？LINUX和WINDOWS都试过哈。。或者说什么平台可以替代VMD TKConsole呢？
A:
运算量大的tcl脚本需要很长时间处理，你最好在脚本里写入一些命令便于监控运行到哪了
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2017.07.13 02:17:38
Q:
请问一下，这个是我计算出来的[EMIM]Br，[OMIM]BF4分别和DMC分子复合物的RDG图，结合能前者为-385.24，后者为-367.15，但是RDG等值面图不好判断，希望sob老师给些判断的建议
A:
RDG主要适合定性考察，定量上的差异不要总是过度从RDG图上解释，解释不清楚，甚至可能成了胡诌
Q:
那作用力的强弱主要看结合能吗
A:
还有其它讨论手段，博文里写了，结合能是最决定性的
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2017.07.13 02:34:09
Q:
多谢sob老师，您还记得是哪篇博文呢
嗯，多谢
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2017.07.13 03:29:14
Q:
老师好，我这里有个结构[ZnCl4]4-优化了不下十遍了，总是优化不成，总是l9999报错，我现在把我的输入文件和输出文件上传，麻烦老师给我看看问题可能出在哪里吧，拜托各位了。
OA:
[图片]优化了10遍还只知道l9999不知道打开结构看看
看看你给了个什么初猜。。。
Q:
[图片]
OA:
眼神不好都找不着在哪儿[图片]
Q:
中心的锌被还原后是零价态了，优化后氯离子就跑了这么远然后还看不清，我也差点找不到了，很无语，然后我也参考sob老师的那个博文新手报错注意事项调节过参数，还是不行我感觉我真的没办法了。请大家帮帮我吧。
A:
上传输出文件
Q:
sob老师，输出文件我上传了，您看看吧。
可是这是反应末态，我要优化好看能量然后计算体系得失电子后的电子重组能啊。
我弄这个结构那么多遍，我感觉我快崩溃了，谢谢各位老师。
A:
很容易就优化完了
你输入文件里Zn-Cl键长设80埃是想干嘛
OA:
估计想搞成孤立片段
之前我见过有人算“没有相互作用的片段”能量之和，就是把他们设成相距1000埃再优化。。
我问他为啥这么干。。他说这样就没有相互作用了，可以算键能了
A:
闭壳层作用还好，如果是开壳层作用，又不知道用对称破缺，那搞笑了
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2017.07.13 03:55:09
Q:
社长，orca中有个对称破缺优化，可以直接优化分子到对称破缺态么？
A:
没试过，但肯定顶多只是大多数情况管用，比如可能就是相当于U结合guess=mix的效果，但对于很多反铁磁性耦合体系，不用片段初猜根本优化不到基态
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2017.07.13 04:00:52
Q:
请问有没有看过评述一系列方法的综述，如M06L,WB97XD等等。。一时找不到
A:
分别看Truhlar的JCP的DFT综述和head-gordon在mol phys上的DFT综述
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2017.07.13 04:16:45
Q:
请教老师，使用BPW91方法结合D3BJ矫正，计算报错，是什么意思？[图片]
A:
没此泛函的D3参数
换泛函
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2017.07.13 04:27:19
Q:
我想从我计算完的log文件或者chk文件里得到我这个体系当中某一个金属离子的电负性。看百度百科的介绍，好像行不通呢。[图片]
哦~,谢谢啊。那么请问对于我体系里面的一个亚Cu离子，只说亚Cu离子，他现在NBO电荷是 0.37 ,在我加入别的物质后，他的NBO电荷变成 0.44。
那么现在这个亚Cu离子的电负性发生了什么变化呢？是不是电负性变大了？（没有氧化现象）
A:
没法说电负性怎么变
那叫NPA电荷
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2017.07.13 05:00:18
Q:
能不能请教您一下：对于120个原子的P-M定域化，我用台式机算，双核的win7系统，感觉40分钟没怎么变，能不能设定Multiwfn的核数和内存，该怎么设置，设多少？
[图片]sob老师您好！这一行用不用改成2？
A:
有几个物理核心就改成几。120个原子耗时太多，所以才没进展
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2017.07.13 05:14:28
Q:
老师，有个可能很民科的问题想请教一下。对于加热使反应发生，由于加热只是使分子平动和转动动能增加，可否理解为动能足够高时，电子云更易接触，进而使反应发生？
抱歉，我理解有误。分子热运动动能应该也包括振动动能。请各位老师指导一下，这种说法有道理？
我的一个同学问了我这个问题，我不知道该如何回答。他想从分子层面理解加热使化学反应发生这一现象
谢谢老师回复。
但老师，我有一个问题。分子不是要达到一定的能量越过势垒才能发生化学反应吗？贯穿势垒是指？
A:
没有什么贯穿势垒。隧道效应对反应速率的影响是透射系数
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2017.07.13 16:01:03
Q:
我想用pbe,如果写pbe1pbe是杂化泛函嘛？
OA:
是
Q:
那我想用纯pbe泛函，该怎么写呢
OA:
pbepbe
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2017.07.13 16:01:03
Davidson failed to converge within maximum sub-space dimensions.
Restart with updated initial guess:
五个原子，算了一个晚上，一直出现这个，请问咋办
我在集群上算的，没显示哪个link，请问怎么看？
Iteration 2 Dimension 118 NMult 1671
New state 5 was old state 6
New state 6 was old state 5
New state 8 was old state 9
New state 9 was old state 8
New state 13 was old state 14
New state 14 was old state 13
New state 16 was old state 17
New state 17 was old state 16
New state 20 was old state 21
New state 21 was old state 20
New state 25 was old state 26
New state 26 was old state 27
New state 27 was old state 25
New state 28 was old state 30
New state 29 was old state 28
New state 30 was old state 29
New state 31 was old stat
e 32
New state 32 was old state 31
New state 37 was old state 38
New state 38 was old state 37
Iteration 3 Dimension 156 NMult 1709
OA:
一直在算着
是的啊
Q:
那应该咋处理呢
每次出现这个，又重新开始继续算了
OA:
程序自动开始进行下一轮啊
Q:
都一宿了一共就五个原子
OA:
把o去掉
b3lyp
Q:
换杂化泛函就都可以了，但我想用纯的泛函
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2017.07.13 16:01:03
可以在这转发一个博士后招聘信息吗？群规允许不？
A:
可，但建议字数不要太多，字号不要太大
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2017.07.13 16:01:03
Q:
sob老师，看您的帖子，为啥激发态的系数会出现负数？这时候计算跃迁贡献也是负数？
[图片]
A:
仔细看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
我正在看这个呀
这个就是在您帖子里截图的
A:
不都说了么
负数求平方之后怎么可能是负值
Q:
啊，对了，糊涂了
另外，我这个算TDDFT，很小的体系，算了好久
老师请问该怎么办呢
A:
davidson迭代难收敛所致，态数少算点
Q:
好的，谢谢老师
老师，Davison收敛困难，只算5个态都收敛不下来，再少就算不到我要的波长，请问该怎么办呢@Sobereva
杂化泛函可以算出来，不过纯泛函就不行了。但杂化泛函和实验值差异30nm，峰形类似，想换成纯泛函，算的激发能低一些
A:
30nm差异很正常
故意去凑实验数据毫无意义，况且纯泛函不适合算激发态这是众所周知的事
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2017.07.13 16:52:48
Q:
请问使用amber的时候，用ambpdb把rst文件转化为pdb 格式的时候，出现了error while loading shared libraries ：libnetcdf.so.7 cannot open shared object file：no such file or directory
请问怎么弄？
A:
自己找来这个动态库文件，加入LD_LIBRARY_PATH环境变量，要么用VMD来转换
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2017.07.13 17:10:50
Q:
麻烦问一下，用ROB3LYP方法解决出现如下错误怎么解决？
[图片]
我想做一个SOMO计算
不是限制性计算
好的，谢谢，我试一下
A:
RO没有二阶解析导数
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2017.07.13 18:06:13
Q:
请教一下大家，就是在vmd里观察轨迹的时候，选中某一个范围的分子，但是这个选中的范围不会随着frame的增加而实事更新，比较麻烦，有什么办法可以解决吗？
A:
atomselect0 frame x
atomselect0 update
即可把atomselect0的内容更新到第x帧
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2017.07.13 18:23:09
Q:
sob老师，在可视化界面没有看见atomselect中选择的范围，我主要是想做个movie，请问有什么办法可以直接在vmd里看到吗？
A:
[图片]
选上这个才能使选区随帧号变化实时更新
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2017.07.13 18:36:42
Q:
各位老师好！打扰一下：想请教：用高斯生产的fchk文件，如果里面是NBO或NLMO，用gview打开那么HOMO右边的值为负，LUMO为正？如果里面是MO，用gview打开那么HOMO右边的值为负，LUMO为负？用Multiwfn算完Pepke-Mezey生产fchk文件，用gview打开那么HOMO右边的值为负，LUMO为负？这里面的结构都一样，为什么会有这样的差别？是NBO模块在捣鬼吗？这些数值是能量吗？
A:
既然是定域化轨道，就没有HOMO、LUMO的概念
轨道相位是无所谓的，可以随意反转，不影响物理意义
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2017.07.13 18:43:03
Q:
[图片]sob老师您好！这个图是NBO轨道或NLMO，但是220轨道的数值是负，而221为正，这是怎么回事？[图片]这个图是Pepke-Mezey轨道，却不一样，220轨道为负，221也为负？
A:
正负你是指能量？
高斯saveNBO、saveNLMO会直接产生相应的轨道能量，而Multiwfn的PM定域化默认不计算轨道能量，此时fch里记录的仍然是原先MO的能量
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2017.07.13 18:43:03
Q:
[图片][图片]请教一下各位，取蛋白质的活性中心，在截断处固定，但是用B3LYP优化，结构就变化很大，看了一篇ACS文献，人家做这些的时候对于文献中描述的“约束条件”不太懂，譬如“黄线”部分，胍盐的自由度固定？请帮解读一下，看不懂？而且我有疑问，固定那么多，对结果没影响吗?用什么方法能解决这些固定问题？ONIOM方法可以吗？
A:
你可以在高斯优化的时候通过修改冗余内坐标设定，冻结某些变量
ONIOM没有特别必要的时候我建议尽量不用
----------------------------------------------------
2017.07.13 18:43:39
Q:
我也不清楚，gview显示的上面的数值是能量还是其他什么的？
A:
就是轨道能量
Q:
谢谢sob老师，能不能再麻烦您一下：用gview打开PM轨道的fchk文件为什么和MO不同？
A:
因为Multiwfn已经把PM轨道写入fch了啊
fch里只能记录一套轨道
记录了定域化轨道则原先的MO就没了
Q:
而能量还是MO能量，是这样吗？
A:
这取决于你是否让Multiwfn产生PM轨道的能量，让它产生就记录PM轨道能量，不让它产生则还是原先的MO能量
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2017.07.13 18:50:21
Q:
Multiwfn中定域轨道能量是否是用Fock矩阵对角元近似表示的，还是有其他算法？
A:
这里介绍了
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
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2017.07.13 18:58:39
Q:
老师，利用冗余内坐标控制冻结，写上关键词：opt=modredundant,有固定键长，有固定二面角和角度；[图片]这个固定，还是没太懂，怎么做呢？
A:
看手册opt关键词
----------------------------------------------------
2017.07.13 19:02:49
Q:
[图片]
请教老师，这种轨道成分分析是怎么做的
multiwfn可以做么？
A:
一看轨道图形直接就能判断
Multiwfn分析也可以
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2017.07.13 19:42:20
Q:
各位老师好，要使用DFT优化400个si原子的构型，恳请各位老师们推荐一些效率高的量化程序，多谢各位老师
A:
ORCA开RI
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2017.07.13 19:43:41
Q:
[图片]请问freq算出振动模式的这种xyz的坐标单位是什么？
A:
没有单位。只是用于表示方向和相对大小
----------------------------------------------------
2017.07.13 20:54:03
Q:
请问高斯优化分子结构如何指定对称性？
A:
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2017.07.13 23:25:02
Q:
[图片]我想通过计算说明一个化合物与次氯酸的反应（如下）首先进行的是亲核反应。除了算静电势，还可以计算些什么呢？跑一下IRC?
A:
跑呗
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2017.07.14 00:05:59
Q:
请问老师一下，我在搜寻过渡态时，一直出现L999错误怎么办？尝试了很多方法也没能解决[图片][图片][图片]
，恳请老师指教@Sobereva
尝试过了。。。还是没收敛
A:
没恰当尝试
博文里包含了所有可能奏效的方法，不存在任何其它解决方法
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2017.07.14 00:10:28
Q:
请教一个问题：一个含有分子间氢键的体系（片段都是中性），两个片段的结合能，稳定化能，和氢键键能能不能认为是相同的？那么稳定化能和结合能是不是相似性更大？
A:
除非只存在氢键，否则没法把结合能和氢键键能划等号
----------------------------------------------------
2017.07.14 00:14:51
Q:
请教一个问题。就是关于光吸收的跃迁类型指认匹配
The spectra
show two bands, a lower-intensity band in the range of
340-410 nm and a higher-intensity band in the 280-
310 nm range. These absorption bands in DADA,
DADP, and DADF spectra are associated with π-π*
transitions. However, the lowest-energy absorption band
in DADK is due to n-π* transition, whereas the higher
energy band is from π-π* transition. All the solution
absorption spectra show clear vibronic structures, indicative
of well-defined rigid chromophores.
[图片]
这是人家文章里面的分析
[图片]我这个不知道需要怎么分析，请各位大牛指点一下迷津吧，不胜感激
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
这个需要我再计算吗
A:
找出相应的峰对应的激发态，按照博文里说的去指认特征
----------------------------------------------------
2017.07.14 00:45:01
Q:
用multiwfn做NTO分析，体系Td对称性，出现了两个NTO对儿，贡献都不小，那应该是都讨论还是只讨论最大的呢？[图片]
A:
都讨论
或者用electron-hole分析，就没这问题了
----------------------------------------------------
2017.07.14 00:57:59
Q:
[图片]老师，我昨天用同样的步骤都能计算，今天却出现了这个错误。
OA:
90是什么鬼
Q:
我设置的文件名
OA:
上传你“用同样步骤都能计算”的输入和输出文件
Q:
什么意思？
昨天都能算
OA:
你用同样的步骤算了一些东西，说能算，上传任何一个这样的输入和输出文件
除为了练习或测试、HF/3-21G算出来的东西没意义
我不信你用这样的步骤能算
Q:
这是昨天算出来的一个log文件
[图片]
OA:
哪有“90”？
[图片]
Q:
这个名字我是随机设置的
这哪儿是“一样的步骤”
命令行按手册写，不要乱写
Q:
意思文件名字不能使用90？
OA:
意思是文件名字不能写在计算路径的段落里
要按手册写在相应的段落
A:
怎么连文件名和关键词都搞不清楚
Q:
以前没用过啊，卢老师
A:
什么用过没用过
Q:
guassview
A:
关键词自己写，用什么gv
----------------------------------------------------
2017.07.14 01:31:35
Q:
Gaussian计算的优先权为什么这么高
把其他的计算资源都抢完了
A:
并没有特殊的高优先级，你可以自行修改其任务的nice降低其优先级
----------------------------------------------------
2017.07.14 01:35:35
Q:
sober老师麻烦问一下 out文件结尾出现 Fatal Problem: The smallest alpha delta epsilon is -0.81078791D-01 是什么原因？网上有人说这个不影响结果但是无法正常的生成fchk文件@Sobereva
chk文件可以生成@bomsaude
A:
任务能正常结束就不用管
----------------------------------------------------
2017.07.14 03:21:32
Q:
群里又开始有人发骗钱邮件了
貌似又开班了
什么班
[图片]
真简洁，地点，北京
真假
au是那个国家。。
哪个
他咋不说在天安门广场呢
岛国
哦哦
三无产品，智商是硬伤
话说，查了一下
天河二号在广东，北京怎么使用？
天河二号哈尔滨也能用
那还好
远程
你好萌
Internet
“软件已装好”
保证回来一大堆装不好软件的
以前在学校有小规模超算
有些软件用起来简单，装起来难啊
现在在公司都是直接去超算中心
算出差，还有补贴，嘎嘎
A:
发到QQ邮箱里的？
Q:
是啊
7月5号
A:
大家凡是qq邮箱收到这种培训通知，一律不要相信，全都是骗子
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://sobereva.com/339
正规培训至少会有正经的通知网页
所有qq群里发布的“小窗口联系”的培训几乎也都是骗子
Q:
我那天也收到了，但是不知道是不是咱们群里发的，所以就没来这儿说。
[图片]7月4日。
A:
如果能查明是哪个潜伏在本群的骗子发的，欢迎向我举报
----------------------------------------------------
2017.07.14 04:11:05
Q:
请问electron-hole分析，是hole向electron跃迁嘛
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.14 05:11:44
Q:
我想获得稀土元素原子的f轨道。我得到的最外层的七个轨道和物理上说的不一样：fz3 居然有三个。
[图片]这是我的输入文件
我想请问为什么，得到的最外层的七个轨道不是：[图片]这样的
A:
使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
http://sobereva.com/152
----------------------------------------------------
2017.07.14 05:57:31
Q:
[图片]请问老师，这个如何修改关键词吗，还是只重命名就行了[图片]
A:
改keywords
Q:
是把hf改成UFF吗 ,其它不变？
A:
# UFF
----------------------------------------------------
2017.07.14 06:06:13
Q:
那个5天6000的castep培训是否是真的能学到较深入的知识？价格我看有些贵
请教各位老师麻烦了
A:
科音的培训6天才1650元，你琢磨琢磨
Q:
太贵了吧 5天6000
5天6000不算贵，你是没见过更贵的。
有没有学第一性原理的小伙伴，一起交流一下呀
5天你觉得能学到啥？就一个软件操作培训，还非得花钱，上谷歌搜搜就都出来了
A:
CASTEP本来就算半傻瓜程序，还自带详细的help和tutorial
----------------------------------------------------
2017.07.14 06:45:53
Q:
Sob 高级班具体涉及哪些软件？我想准备下/呲牙
A:
待定。ORCA一定是有的
Q:
好的，明白了
orca,molpro,gamess等应该会涉及吧
A:
ORCA越来越强，很多molpro的强项用ORCA都可以代替，而且又是免费的，所以很多要讲的主题，我倾向于用ORCA来代替molpro
会
Q:
mrci还是molpro强一点吧
A:
目前来说是
Q:
估计通杀？
A:
用molpro做MRCI算双原子分子势能曲线是灌水一大套路
----------------------------------------------------
2017.07.14 06:46:40
Q:
[图片]
[图片]
各位老师晚上好，这个地方我稍微有点不理解，是说压力这里填0和1都是对应1atm，温度填0和298.15都是对应298.15K对吗？
A:
对
Q:
谢谢老师~
[图片]那请问老师这句是什么意思呢？
我选no会怎么样呢？选yes就是使用最高丰度的同位素质量吧？比如H就是1
A:
没特殊情况就选Y
是
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2017.07.02 20 ~ 2017.07.14 06 Concate已校对

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