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第一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！
2017年1月22日
北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)于2017年1月18日至20日在北京成功举办了“第一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”，本培训由北京科音自然科学研究中心主任卢天博士讲授。培训吸引了全国各地来自各高校和科研院所的研究生和教师共88人参加。本次培训在报名开始前就已获得了极高的关注度，在正式报名通知发布的第一天就已经报满而提前截止报名。
本培训既适合分子动力学初学者，使他们回去立刻能上手开展研究，也适合有一定经验的分子动力学研究者查缺补漏、获得更多模拟技巧、掌握更多类型体系的模拟。三天的培训安排得十分紧凑，内容极为丰富，所用幻灯片超过1200页。培训既讲授基本的模拟理论和GROMACS程序，还讲解VMD、Packmol以及一些自编程序和脚本的使用，并针对各种类型的模拟给出大量例子。培训课间和每日培训结束后卢老师还耐心详细地解答了学员们在听课中产生的各种疑问以及平时研究当中遇到的各种问题，在培训开始前以及培训结束后还在培训的专用QQ群中给学员们解答问题。本次培训获得了学员们的普遍肯定与好评（参后感如http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4956）。
由于不同类型体系模拟的要点和流程差异较大，本培训把常见的模拟体系几乎全都囊括其中并分别进行了讲解和演示。包括均相体系的模拟与性质的计算、多相体系的模拟、气相分子/分子团簇与纳米液滴的模拟、蛋白质的模拟、蛋白质-配体复合物的模拟、核酸的模拟、纳米球/管/板的模拟、生物膜与膜蛋白的模拟、金属的模拟，另外还有两个其它主题：aRDG与空间分布函数方法分析分子间相互作用、分子动力学相关书籍推荐。本培训极为注重理论与实际相结合，内容深入详尽。例如讲解蛋白质的模拟时，会先把蛋白质结构的关键知识讲解一遍，以使得不熟悉分子生物学的学员能搞清楚自己所研究的对象的特征，然后对蛋白质体系的模拟流程和要点（如结构文件的获取与预处理、质子化态的考虑、抗衡离子的设置、pdb2gmx命令的使用及其内部机制等）进行说明，之后对不同情况的蛋白质的模拟依次提供实例（简单普通蛋白、含金属离子的多链的蛋白、含二硫键的蛋白、隐式水模型下的模拟，讲膜模拟时还讲了跨膜蛋白的模拟），并且充分讲解了蛋白质模拟结果可以分析的内容（如RMSD、RMSF及其可视化以及与实验B因子的对比、Ramachandran图、二级结构实时变化的考察、SASA、残基间的接触、氢键和盐桥的分析、多种骨架运动可视化手段、螺旋参数分析等）。
为使得本次培训众多没能报上名的学员获得学习的机会，我们预计在今年3月开办第二届分子动力学与GROMACS培训班，预告会在正式报名开始前至少半个月公布在科音官网。本系列培训以后每年也都会开办，以让更多青年人能顺利踏入分子动力学研究的大门、提高分子动力学研究水平，推动我国计算化学事业的整体进步。
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发表于 Post on 2017-1-22 18:52:24
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发表于 Post on 2017-1-22 22:32:40
