如何通过计算模拟来实现小分子渗透细胞膜速率的计算

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-30 15:15:57

各位老师，诚请各位指导，最近想做小分子有机物穿透膜的速率计算，
但这个问题我查过很多文献都没有找到对应的文章，所以想请问各位有什么方法和软件可以实现这个目的，或者指出一条路我从头开始学习
谢谢各位了！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-30 15:34:10

这玩意明显是跑MD来解决的

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-30 15:49:25

喵星大佬发表于 2021-12-30 15:34
这玩意明显是跑MD来解决的

MD我可以模拟细胞膜、小分子等，但是关于如何计算穿透速率是一点想法都没有

sylar · 发表于 Post on 2021-12-30 16:00:33

速率没什么思路，用SMD倒是能得到穿膜自由能垒

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-30 16:31:01

伞形采样，得到PMF，根据势垒估测速度

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-30 20:36:55

sylar 发表于 2021-12-30 16:00
速率没什么思路，用SMD倒是能得到穿膜自由能垒

谢谢答复~我会去了解的

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-30 20:38:14

喵星大佬发表于 2021-12-30 16:31
伞形采样，得到PMF，根据势垒估测速度

这句话不就是浓缩的精华，虽然每个字都认识，谢谢，我去好好了解一下

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-30 20:39:37

喵星大佬发表于 2021-12-30 16:31
伞形采样，得到PMF，根据势垒估测速度

大佬要是手头有些类似的文章可以分享一下，感激涕零~

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-31 04:26:44

看此文了解一维PMF
https://doi.org/10.33011/livecoms.1.2.11073

之后根据过渡态理论通过自由能垒估计速率常数
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310（http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html）

ene · 发表于 Post on 2021-12-31 17:08:59

一般来讲对于这种扩散控制的过程TST方法是完全失效的。失效的原因有很多，最简单的来说，这样的过程的recrossing可能是非常严重的，导致TST的前提完全没法成立。类似这种扩散控制的过程的速率是很难从理论上准确计算的，如果一定要算的话，可能需要用Kramers方程来做。或者计算资源足够的话也可以考虑path sampling之类的方法。

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-31 21:37:56

sobereva 发表于 2021-12-31 04:26
看此文了解一维PMF
https://doi.org/10.33011/livecoms.1.2.11073

呜呜谢谢sob~~~

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-31 21:39:17

ene 发表于 2021-12-31 17:08
一般来讲对于这种扩散控制的过程TST方法是完全失效的。失效的原因有很多，最简单的来说，这样的过程的recro ...

好收到！谢谢您~

Kamala · 发表于 Post on 2022-1-4 14:40:52

ene 发表于 2021-12-31 17:08
一般来讲对于这种扩散控制的过程TST方法是完全失效的。失效的原因有很多，最简单的来说，这样的过程的recro ...

用Kramers方程计算，是指还是先把自由能算出来，然后用这个方程计算吗？我查了以下这个方程，不知道有没有查错，搜出来的更多的是关于光谱、算折射率的

Kamala · 发表于 Post on 2022-1-4 15:31:43

sobereva 发表于 2021-12-31 04:26
看此文了解一维PMF
https://doi.org/10.33011/livecoms.1.2.11073

sob 计算膜穿透速率，用单分子的计算公式就可以了是吗

ene · 发表于 Post on 2022-1-4 16:30:21

Kamala 发表于 2022-1-4 14:40
用Kramers方程计算，是指还是先把自由能算出来，然后用这个方程计算吗？我查了以下这个方程，不知道有没 ...

参考 10.1021/jacs.6b10744 和它的SI

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