公社群聊Q&A整理：2017.04.06 18 ~ 2017.05.05 10 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-8-28 03:15:16

本帖由 @wangyj 整理

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2017.04.06 18:48:13
Q:
[图片] http://sobereva.com/221 这里的更好的电子能量为什么不是基于较低等级level优化好的构型直接算个单点，而是还要再优化？
[图片]
A:
博文那里地方没写清楚，改了
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2017.04.06 19:07:02
Q:
[图片]
刚看到，原来可以算转移积分啦
A:
Lee 其实这个功能在几年前就有了，但是只能计算分子间重叠积分，转移积分没法直接算。转移积分的直接计算其实从13年就打算写出来，代码半成品在multiwfn里都有了，但一直拖到现在也没找到时间弄完。
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2017.04.07 08:52:23
Q:
Sob老师，初级量子化学培训班第二轮什么时候开始呢，这么快就没名额了
OA:
马上要开始的第二轮？
http://www.keinsci.com/workshop/2KEQC.html
A:
没有第二轮。下一届是第三届，预计今年年底
另外暑假还有量化基础班，但不适合初级学员
OA:
量化基础班是什么时候
A:
看www.keinsci.com
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
[图片]
OA:
请问量化基础班也是在北京举办么？老师会考虑什么何时来其他城市授课么？
A:
看FAQ
Q:
初级班为什么不多办几次
OA:
因为只有一个Sob
Q:
每年一次，有些少
A:
我的本分是搞科研、探索自然界本质，而不是办培训
OA:
老师，请问，初级班我想再过去听一次，还有名额么？
A:
没了
一个礼拜前就满了
Q:
培训就让更多人明白，初级班课程安排真的很精华
OA:
老师讲义杜绝复印学校内或组内有人去学了小范围传播不禁止吧
Q:
恩，谢谢老师。
因为之前忙着写东西，怕没时间过去。
谢谢老师
OA:
希望把基础培训班放在六月中旬吧要不然都毕业离校了
Q:
老师，那每年差不多都是这么时候吧。下次得不停刷网页，一有消息就得马上报名
A:
每次培训一个月前就在官网上和计算化学公社论坛上有预告
时间不一定
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2017.04.07 09:07:57
Q:
请问，各位大神，要用CAS(2,2)并用MP2校正，该怎么写输入文件啊？
A:
CAS时候额外写个MP2就完了，这做的是OVB-MP2
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2017.04.07 09:25:01
Q:
请问群主，CFOUR的输出文件可以用于Multiwfn的分析吗？
A:
CFOUR直接产生的.molden文件不够标准，直接载入Multiwfn里分析可能会有一定问题
Q:
molden2aim在哪里可以下载呢？
A:
https://github.com/zorkzou/Molden2AIM
在multiwfn手册里也提到了
A:
可以用molden2aim把它产生的.molden文件转化一下成为标准的.molden文件，然后就可以用Multiwfn分析
----------------------------------------------------
2017.04.07 09:29:59
Q:
Sob老师，您好。我计算荧光光谱的输入文件如下图，您帮看一下是否正确？[图片]
A:
貌似没错
谨慎点的话可以用3-21G试跑一下
Q:
恩，好的，多谢Sob老师
----------------------------------------------------
2017.04.07 09:29:59
Q:
大家好，咨询一下，高斯软件采购时，有“原厂支持”这一个选项。原厂支持都支持哪些呢，有必要买么？听听大家的建议
A:
没必要
买不买支持，发邮件给高斯官方答疑邮箱都照样会回
OA:
Gaussian Help 仿佛没有任何直接审核你有没有版权的机制
A:
就ADF矫情
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2017.04.07 09:48:23
Q:
在搜索过渡态的时候能不能先去掉溶剂算一遍，然后再加上溶剂算？
A:
除非计算资源匮乏，找过渡态的时候直接带着溶剂模型省心，本身也不比气相下多花太多时间
Q:
[图片]但是这里总是显示一致性失败，检查了自旋多重度和电子数目，是没问题的
A:
换更新的g09版本，还不行就上传输入输出文件
跟自旋多重度完全无关
Q:
那这是什么原因？
版本的问题？
A:
无非就是输入文件问题或者程序bug
Q:
老师我上传一下文件，您帮忙看一下是哪种问题
A:
程序bug
Q:
要更新版本吗？
A:
y
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2017.04.07 09:59:38
Q:
最新的IF表和分区什么时候出来
A:
IF表一般都是六月出来
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2017.04.07 10:09:21
Q:
卢老师，有一个问题想请教您一下，我模拟正常条件下SPCE水，在相同条件下，变化时间尺度去模拟，却模拟出来的氢键寿命差异很大，这个是怎么回事呢？而且总是和参考文献有较大差异，参考文献是2.2ps，我模拟出来总是在1.8ps和2.7ps左右.其他像扩散系数，四面体参量等还是和和文献符合的很好。希望卢老师给予指点。
A:
已经和文献相符得不错了
模拟较大体系、模拟较长时间，才能让那些不好收敛的量的统计误差尽可能小
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2017.04.07 10:19:17
Q:
计算了一个自由基分子PTZ的UV-vis谱，其包含3个环状，用了B3LYP/6-31++g**和M062X/6-31++g**,发现符合都不太好，请问如何调整方法和基组？
共23个原子，nstates取了20
[图片]
请问对这类芳香类自由基，TD的方法选择有什么讲究吗？貌似B3LYP比M062X还靠谱一点？
A:
PBE0就可以
Q:
哦，我看到价层激发，激发态是单重态的情况：最好选择是PBE0，误差约在0.1~0.3eV。
这里没有说基组啊？
上边的6-311++G**可以吗？估计TZVP也算不动
A:
别加弥散，根本没必要，糟蹋时间，你这基组耗时比TZVP高多了去了
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2017.04.07 10:35:03
Q:
Sob老师，您好。我对计算荧光光谱输出文件的这部分直接作图是不是就是荧光光谱了？[图片]
A:
是
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2017.04.07 11:30:46
Q:
GROMACS默认的是开启GPU加速吗？在哪里可以看出来是在GPU加速。
A:
GPU加速时运行的时候会有提示
默认不编译GPU版
----------------------------------------------------
2017.04.07 11:49:42
Q:
请问老师，HFB泛函就是Becke88泛函么，看到有文献这么写的，不太确定
A:
不是
那种写法很烂，严重歧义
----------------------------------------------------
2017.04.07 11:50:42
Q:
氧气的两个单占据简并轨道可以成为LUMO么？
A:
不能
Q:
怎么定义比较合适？
A:
SOMO
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2017.04.07 12:23:01
Q:
[图片]这篇似乎还没加入索引
A:
没事
每次都更新索引太麻烦
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2017.04.07 12:25:33
Q:
老师，你好，我请教GROMACS 5.0里面计算端端距的问题：我对一个八肽做了md模拟之后，计算首尾氨基酸残基质心之间的端端距，先用make_ndx做了一个索引组，a 7-16|a 77-86,重命名为dist组，然后用gmx_mpi distance -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -oall -b 150 -e 200 -dt 0.5 -tu ns -pbc -nobackup 计算端端距，得到dist.xvg，这个文件里面得到的Qee在0.1~0.102之间波动，[图片]，请问老师，我这样的计算过程是否正确呢？
A:
我不清楚你的体系细节，你直接在VMD里量一下，如果数值差不多就对
Q:
好的，我疑惑的地方在于建组那里，7-16就是第一个氨基酸 77-86是最后一个氨基酸
，那样建组之后成为一个合并的位置对组这样的做法对不对？因为我试着每一个氨基酸建组然后再做distance计算的时候感觉好像不对，所以就有点疑惑了
A:
统计1号残基和20号残基距离：gmx distance -select 'com of resid 1 plus com of resid 20' -oall -s ../md.tpr -f ../md.xtc
这个肯定没问题。
刚才写了个VMD脚本进行对照，如下所示。得到的结果完全一样。
proc comdist {sel1 sel2} {
set result [open comdist.txt w]
set endfps [molinfo top get numframes]
set range1 [atomselect top $sel1]
set range2 [atomselect top $sel2]
for {set i 0} {$i<$endfps} {incr i 1} {
$range1 frame $i; $range1 update
$range2 frame $i; $range2 update
set com1 [measure center $range1 weight mass]
set com2 [measure center $range2 weight mass]
set disx [expr [lindex $com1 0]-[lindex $com2 0]]
set d
统计1号残基和20号残基距离：gmx distance -select 'com of resid 1 plus com of resid 20' -oall -s ../md.tpr -f ../md.xtc
这个肯定没问题。
刚才写了个VMD脚本进行对照，如下所示。得到的结果完全一样。
proc comdist {sel1 sel2} {
set result [open comdist.txt w]
set endfps [molinfo top get numframes]
set range1 [atomselect top $sel1]
set range2 [atomselect top $sel2]
for {set i 0} {$i<$endfps} {incr i 1} {
$range1 frame $i; $range1 update
$range2 frame $i; $range2 update
set com1 [measure center $range1 weight mass]
set com2 [measure center $range2 weight mass]
set disx [expr [lindex $com1 0]-[lindex $com2 0]]
set disy [expr [lindex $com1 1]-[lindex $com2 1]]
set disz [expr [lindex $com1 2]-[lindex $com2 2]]
set dist [expr sqrt($disx**2+$disy**2+$disz**2)]
puts $result "$i $dist"
}
close $result
}
isy [expr [lindex $com1 1]-[lindex $com2 1]]
set disz [expr [lindex $com1 2]-[lindex $com2 2]]
set dist [expr sqrt($disx**2+$disy**2+$disz**2)]
puts $result "$i $dist"
}
close $result
}
----------------------------------------------------
2017.04.07 14:21:44
Q:
请问老师，计算团簇的二阶差分能量发现有一个-24多，其他的都基本是正负2以内，是不是说明我的这个结构有问题呀
A:
优化不充分
----------------------------------------------------
2017.04.07 14:37:44
Q:
弱弱地问一下，密度差英文怎么写，有文献吗……
A:
density difference
----------------------------------------------------
2017.04.07 14:39:18
Q:
各位老师前辈，请教一下ECD计算结果不理想，审稿人质疑，如何改善？
化合物8，构象少，但计算结果不理想
化合物11，柔性结构，构象超过100个，计算结果也不理想[TDDFT B3LYP/6-31G(d)]。
[图片]
A:
就用CAM-B3LYP呗
太多了，往群共享里随便传了个
Q:
换了CAM-B3LYP，化合物8计算结果还是不理想
A:
考虑其它因素，特别是构象和构象平均
而且换了也不行，就老老实实交代，审稿人也不好继续刁难
Q:
用的是sybyl2.1随机构象搜索
A:
自由能计算级别对构象分布比例影响甚巨
不要指望那些程序直接给出的能量和分布比例能有什么用处
OA:
直接给出的都是电子能量吧，有时和自由能差别很大
A:
关键是sybyl那些都是基于力场的，太low，顶多帮助确定量化计算的候选范围
OA:
不过对100个conformer算freq 求自由能估计要算一阵子了
A:
不需要那么多，一般也就几个，至多十几个足够
只需要考虑比例>5%的
OA:
我怎么感觉用分子力场跑出来的100个conformer很多都是虚标的啊
A:
有100个极小点很正常
贡献不可忽略的不多
OA:
但是用QC计算不可能有100个极小值吧？
A:
正是因为不同构象ECD差异大，才体现出构象平均的重要性
可能啊
OA:
有没有可能力场跑出来两个十分接近的极小值点，用量化再优化，发现都优化到同一个极小值点上去了
A:
有可能
----------------------------------------------------
2017.04.07 15:18:09
Q:
孙淮老师组的？
A:
孙淮搞力场的
----------------------------------------------------
2017.04.07 15:54:10
Q:
Error termination via Lnk1e in /apps/gaussian/g09/l913.exe at Thu Apr 6 15:37:09 2017
哪位大侠知道这个错误是什么？搜索了半天也没查出。
A:
字号不要超过12
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.07 16:10:52
Q:
老师，说是max. cycle,那我加大循环次数就可以了？是吗？能加多大呢？
A:
并没说加大就能解决，而是先分清楚情况
Q:
[图片]
就是这十多种都有可能是吗？
OA:
哪儿有十多种
搞个不痛不痒的泛函就能发篇文章。。。这套路。。。
A:
而且不管泛函怎么样，搞出来就有人引用，只不过多少的问题
有些泛函很烂（如M06-HF、PBE0-1/3），但就是HF成份恰好是人们某些情况需要的，结果也有人用
OA:
嗯嗯
把这个套路弄好了之后，可以水不少文章
这是个好买卖~
A:
但是过审稿人这关不容易
OA:
嗯嗯
A:
如果只是发在CTC这种档次的，也没人关注
OA:
毕业用还是挺实惠的
A:
毕业最实惠的是benchmark
OA:
这是jcp上面的一篇
还是要有点物理思想，纯粹拟合拼凑感觉一点意思都没有。
我感觉benchmark文章都是套路啊
JCTC里很多benchmark。。
自古深情留不住，唯有套路得人心
堆工作量
benchmark 引的人还多。。
果然实惠
A:
物理思想好的实用性差
实用性好的物理思想差
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2017.04.07 16:31:08
Q:
请问一下那个gaussian选择24线程计算速度比12线程的能快1.5倍不？
A:
参考http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4841
OA:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=581
Q:
好的谢啦
[图片][图片]出现这种提示是不是因为收敛失败导致呢？
OA:
自洽场收敛失败
Q:
[图片]
根据这个设置来提高收敛可行不？
OA:
just try
Q:
好的
A:
那不叫提高收敛
博文里强调了，对于弥散函数极多的时候那样才见效
仔细阅读博文，完整阅读博文，不要断章取义
Q:
[图片]我用的是这个基组来算激发态的
A:
除非里德堡激发态，或者EOM-CCSD之类，否则用这么多弥散函数毫无用处
OA:
多大的体系？这个基组可不小
巧了，刚发的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5513
Q:
40多个原子
A:
TDDFT用这个纯属瞎耽误工夫
OA:
里德堡激发的可能性不大了，6-311G*感觉就足够了
A:
还自找难收敛
撑死了def2-TZVP足矣
----------------------------------------------------
2017.04.07 17:12:07
Q:
老师，分子间双质子转移的过渡态有几个虚频
A:
可以是一个，比如乙酸二聚体的两个质子同时转移
----------------------------------------------------
2017.04.07 17:24:47
Q:
请问一个问题，如果由于体系比较大，基组用的比较小6-31G（d）,涉及到复合物的相互作用，做BSSE校正还有意义吗？
A:
有
不做则算出来的作用能根本没法用
正是因为太小才更需要做
Q:
谢谢sob老师，另外，据说有些方法自带了BSSE校正，请问包括哪些方法呢?
A:
普通泛函结合gCP，或者HF-3c、PBEh-3c
Q:
您的博文中还写道要把优化计算和BSSE校正分开来做，是因为BSSE校正需要的计算量比较大吗？
A:
看你用哪种方式考虑BSSE
counterpoise方式考虑会丧失解析梯度，造成优化耗时极高
gCP则是免费的，可以在优化时候用
Q:
我用的是counterpoise
另外，我是否可以在做BSSE校正的时候，把基组加大呢？比如做优化的时候，由于体系大，没用弥散函数，等到做BSSE校正的时候，是否可以加上弥散函数。
不好意思，没能把自己要说的一次性表达清楚。
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.04.07 17:39:18
Q:
大家好，我想问一下计算核磁的gjf文件是优化后fchk转换过来的，还是直接用最开始的gjf文件？谢谢啦！
A:
优化后的
----------------------------------------------------
2017.04.07 17:52:58
Q:
谢谢老师，您的意思是同时转移一个虚频，两个不同步是两个虚频对么
A:
并不排除整个IRC中两个氢依次先后转移的可能
明确分成两步转移，因此有两条IRC，也有可能
----------------------------------------------------
2017.04.07 18:04:08
Q:
请教一下各位，使用G09做完Boys局域化之后，用什么关键词可以保存局域轨道的mulliken电荷？我局域轨道虽然做成了，但是mulliken电荷还是正则轨道的
当然，自己写程序调出局域化之后的P和原始的S一乘就是了···不过我想知道有没有关键词可以实现
A:
不管做不做定域化，得到的mulliken原子电荷还是完全一样的
因为酉变换并不改变密度分布
----------------------------------------------------
2017.04.07 18:08:09
Q:
[图片] 老师请教一下，就是我在VMD里vmd.rc里面添加proc bw {}{color Display Background white}
proc bb {}{color Display Background black}
这两个语句，按说在vmd的输入界面输入bw就是可以变成白色，bb就会成为黑色，可是输入后确实不识别[图片]，求老师指点一下，谢谢老师
A:
没添加对，或者没重启VMD
Q:
[图片]这样添加的
A:
注意空格不能搞错，该有空格的地方必须有，如}后头
----------------------------------------------------
2017.04.07 18:18:22
Q:
老师好，用Multiwfn计算出cube文件用高斯打开是这样的，接下来我该怎么办[图片]
A:
你不设置显示等值面当然不会显示
results-surface/contours
Q:
大博士的意思是，直接看前10个激发态就足够了？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.04.07 18:29:18
Q:
[图片]
老师这个GaussView中的刻度轴怎么改的
A:
直接就显示了啊
Q:
想选个整的
我画的时候不是整数
A:
自己设啊
Q:
不会
A:
不会就不会
Q:
找不到
A:
文本框明摆着在那里
----------------------------------------------------
2017.04.07 18:36:56
Q:
请问用BOMD跑过渡态，用什么关键字能分别得到产物和反应物
A:
BOMD没那种关键词
从TS走到极小点那叫IRC
----------------------------------------------------
2017.04.07 19:03:41
Q:
老师您好，想请教一下做反铁磁计算是用高斯比较好，还是VASP比较好
A:
看体系
Q:
金属配合物
A:
高斯
----------------------------------------------------
2017.04.07 23:03:51
Q:
老师，Gromacs在运行的时候那个vol和imb F是什么意思啊[图片]
A:
imb F是各个核计算受力的计算量不均衡的程度（load imbalance of force），越接近0说明分配得越合理，并行效率损失越少
vol的解释见下
vol gives the smallest volume of a DD cell relative to the average volume. This is a measure of the load density differences in your system.
It does not have to close to 1. If it is very small, it just means that your system would be very load imbalanced when you would run it without load balancing.
The can also be an exclamation mark after the volume. This means that the load balancing was limited by the minimum cell size in one or more dimensions and some cells can not be made smaller,
in the log file you can then find more details.
----------------------------------------------------
2017.04.08 01:24:16
Q:
[图片]
用NBO的氢键Acceptor的LP、向Donor的σ*的E2来表征氢键存在是否合理？
A:
Yuanhe 不应当用NBO讨论氢键，完全是伪科学
----------------------------------------------------
2017.04.08 05:28:08
Q:
大家好，我想请教一个问题，多谢大家。我用SSH提交作业到我们的service电脑上，是用CCSD(T) 优化结构，结果一提交就提示错误error：segmentation violation ，尝试过通过解决gaussian文件夹的权限问题，但是问题依然存在。想请问各位老师有什么高见？
A:
看输出文件有无报错
没特殊必要绝对不要用CCSD(T)优化结构，至多CCSD已足矣。如果非要这样做，记得把被优化的内坐标用变量表示
Q:
谢谢老师。请问怎么把优化的内坐标用变量表示呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.08 10:10:09
Q:
老师，如何计算一个分子的VSEPR，Mulitiwfn可以算么
A:
用Multiwfn做电子密度拉普拉斯函数图，从上面可以体现VSEPR，多看bader的文章
Q:
那高斯能算么
A:
用高斯产生的.fch/.wfn/.wfx放到multwifn里考察
高斯又不是干这个的
Q:
有没有相关的帖子
A:
手册4.4、4.5节一堆绘制平面图、等值面图的例子，绘制电子密度拉普拉斯函数就完了
Q:
好的，谢谢老师
A:
看此文的讨论J. Phys. Chem. 1996, 100, 15398-15415
Q:
审稿人推荐的这两款软件QChem 和 NWChem
A:
瞎胡搞
一丁点直接关系也没有
Q:
计算的三原子分子的非谐力场，审稿人要求把VSEPR展现出来。。。。
A:
Q-Chem又没特色又要钱，NWChem根本都产生不了.wfn、.molden这些主流记录波函数信息的格式，哪分析得了电子密度拉普拉斯函数
Q:
我看看手册谢谢老师
[图片]
老师，为什么要排除原子，总共就三个，想看一下VSEPR的情况
[图片]
老师，这两个图能表示NaCN的VSEPR特性么
N与C的共价键可以通过高的LOL值看出，如何看Na与C还有N是离子键
A:
Na和C或N之间的ELF、LOL没有显示高定域性区域，显然是离子键
VSEPR根本不适合用于当前体系的讨论
Q:
[图片]
老师，审稿人让对HAsO分子进行VSEPR描述一下，我应该如何回复呢
A:
仔细看我给你的bader的文献，绘制电子密度拉普拉斯函数图形来讨论
Q1:
不是很明白，bader的文献是指
A:
给了文献倒是看啊
看此文的讨论J. Phys. Chem. 1996, 100, 15398-15415
Q:
没注意到，不好意思，我以为搜bade的相关文献呢，谢谢您
----------------------------------------------------
2017.04.08 10:10:09
Q:
弱弱的问句
键解离能算出来应该是负值还是正值
还是都有可能
A:
显然正值
随便一搜文献一看不就知道
----------------------------------------------------
2017.04.08 10:22:20
Q:
[图片]有人遇到过这个吗？任务死掉后，再次提交就出现这个
[图片]这是输出文件
A:
甭用scf=qc或xqc
Q:
[图片]这是输入文件
不用scf=qc?
OA:
qc很慢哦
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
居然还有用HF的
Q:
DFT更好是吧
A:
显然
Q:
谢谢，我去学习一下
A:
被坑的初学者解决SCF不收敛的标准做法：
1 5/13=1
2 maxcyc=几百
3 scf=qc
----------------------------------------------------
2017.04.08 10:29:52
Q:
在进行势能扫描的时候总是失败，提示的是No variables in Z-matrix.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l108.exe at Fri Apr 07 10:29:12 2017.我想换成内坐标的方式再算一下，不知道怎么换成内坐标啊
A:
[图片]
Q:
我能理解成换成B3LYP去扫描试试？
A:
跟理论方法无关，输入文件写得不对
----------------------------------------------------
2017.04.08 10:30:51
Q:
请问在文章中，引用别人文献时，是用第一作者说，AAAA人等，还是用通讯作者说：BBB人等？例如，这样一篇文献要引用：[图片]，是说Glukhovtsev等人？还是说Schleyer等人？Schleyer是通讯作者，谢谢！
A:
随意
----------------------------------------------------
2017.04.08 10:37:36
Q:
请教各位老师，小分子的氢转移的能垒，在M062X/6-311++G(3df,3pd)水平下是11.80 kcal，用CCSD（T)/aug-cc-pVTZ单点矫正后升至27.93 kcal，这么大的能垒变化是方法选择的问题还是正常情况？
A:
先直接比较两个级别的电子能量的能垒，甭牵扯ZPE进去
M06-2X用ma-TZVP比那个丑陋的基组好得多
Q:
多谢Sob老师，不牵扯ZPE的话， CCSD的能垒升高的更多，到30.82 kcal。老师的意思，用M062X/ma-TZVP进行优化再和CCSD(T)/aug-cc-pVTZ单点电子能对比，这样会改观很多。
A:
结构优化都用同样的级别，M062X/6-311G**就足够，比较的是两个级别下的单点
甭用CCSD单点
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2017.04.08 10:41:04
Q:
请问一下6311g++基组与aug-ccpvtz是不是都是含弥散基组呢？他们两者有啥区别呢
OA:
是。前者垃圾，后者硕大。
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
如果chno这些元素的前者是不是精度够了呢
A:
6311g++根本都没写对，写对了是史上最愚蠢的基组
用MP2结合这基组算苯环都是弯的
Q:
那这个基组还能用吗？我看文献一溜烟都是这个基组
A:
用这基组能发出文章的，一定是大菜鸟作者+大菜鸟审稿人
再加上外行编辑
计算一般化学问题，以下哪些组合明显不合理，为什么？
CCSD(T)/cc-pVDZ、B3LYP/def2-TZVP、HF/cc-pVQZ、B2PLYP/6-311G(2df,2p)、MP2/6-31+G、MP4/cc-pVTZ、CCSD/aug-cc-pVDZ、M06-2X/def-TZVP
这题做不对的，以后有极大的风险数据全都白算
题目来自
初级量子化学培训自测题-基组部分
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5426
OA:
不合理的有
CCSD(T)/cc-pVDZ/、HF/cc-pVQZ、B2PLYP/6-311G(2df,2p)
A:
令我失望了
OA:
还没写完呢
MP2/6-31+G
Q:
顺便解释一下啊
OA:
MP4/cc-pVTZ也不甚合理
A:
唉
OA:
轰隆一声，天塌下来了
A:
答案
CCSD(T)/cc-pVDZ
HF/cc-pVQZ
MP2/6-31+G
CCSD/aug-cc-pVDZ
OA:
[图片]
为什么别人指责我我就想笑，大博士一指责我我就想哭？
OA:
因为别人指责你的时候，你是对的，大博士指责你的时候，你是错的
A:
虽然B2PLYP搭配那个并非最划算、最理想，但是并非是“明显”不合理
OA:
仔细想来是我最近又没有重新复习讲义了
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2017.04.08 10:57:56
Q:
请问卢老师，一个有机分子的吸收光谱的最大吸收峰是第二和第三激发态贡献的，那么做发射光谱，该优化第一激发态还是第二激发态？
A:
先优化第一，如果最后发射时的振子强度特别小再考虑优化第二
OA:
先按照卡莎规则，如果明显不合理，则考虑第二第三
Q:
那如果最大吸收峰是第一激发态贡献的，做发射光谱，是不是也可能是类似情况？可能要用到优化第二激发态？
A:
看kasha规则
Q:
这个规则不清楚，我学习下
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
这里都写了
Q:
恩，我学习下，谢谢！
还有个问题，[图片]两态模型里这个E，就是吸收光谱最大吸收峰对应的能量吗
[图片]是这个3.8093吗？
A:
未必
OA:
"A theoretical investigation on doping superalkali for triggering considerable nonlinear optical properties of Si12C12 nanostructure.pdf" 下载
A:
参考群文件里刚传的这篇文章
谈谈计算第一超极化率的双能级公式
http://sobereva.com/361
这里说得非常详细
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2017.04.08 11:00:10
Q:
[图片]老师我在高斯手册里面没有找到CIS（D）计算的例子应该如何修改？
A:
CIS(D,nstates=3)
这年头没人用CIS(D)了，结果多半还不如TDDFT，甚至算比如TiO2的时候结果完全错误
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2017.04.08 11:02:21
Q:
请问老师，计算磁矩的时候Gross orbital populations里没有spin density这一项，这说明什么
A:
考察原子的自旋布居就完了，仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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2017.04.08 11:06:29
Q1:
Sob老师，是不是可以在现有的M062X/6-311++G(3df,3pd)优化的结果基础上，再用M062X/ma-TZVP单点，这二者进行电子能能垒对比？
为什么不用CCSD单点呢老师？做氢转移机理这块用CCSDT单点还挺推的。
A:
搞清楚CCSD、CCSD(T)和CCSDT!
是
OA:
[图片]只想要数值，不想打开界面。应该用那个功能呢
A:
CCSDT结果往往还不如CCSD(T)，结合cc-pVTZ算稍微原子数多一点还都算不动，还得用NWChem、MRCC之类才能算
Q1:
感谢
Q2:
T不用perterbation反而不好了？
A:
往往是这样。CCSDT(Q)一定比CCSD(T)好，但CCSDT不一定比CCSD(T)好
因为T3算符带来的修正，和(Q)带来的修正符号上经常是相反的，数量级还往往接近，所以直接迭代方式考虑T3不一定比微扰方式考虑T3好
Q2:
我感觉算构型的单点能，算的越精确，构型之间的能量差变得越大
学到了
A:
根据我测试，(TQ)也往往不比(T)更好
Q3:
请教sob老师 ccsd这些方法的计算有什么实际应用价值
OA:
从MP2到CBS-QB3再到CCSD(T)外推，能量差越变越大
A:
CCSD(T)金标准啊，CCSDT(Q)则是白金标准
OA:
白金标准
FCI肯定是钻石标准
Q3:
喔喔也就是说这些方法算出的各种特征都是最能接近实验测量值的吗
A:
也不一定，因为很多其它因素也会影响和实验的可比性，只能说CCSD(T)这些高精度方法是纯理论上的参考标准，在理论上已经做到尽可能好了
Q3:
好的明白了谢谢老师
Q1:
那感情CCSD(T)单点算的高达30kcal的能垒是更接近实际情况的，而M062X/6-311++G(3df,3pd）算出来的11kcal的低能垒是哄自己玩的
A:
显然信CCSD(T)的
Q3:
反应这块除非是气相反应其他的感觉都只能定性描述
OA:
按理 M06-2X算出来的能垒应该不是很差了。。毕竟 CCSD(T)也就算算小体系
A:
差那么多应该是其它因素所致
差几kcal/mol还算正常
Q1:
是的呀老师们，所以两种方法的能垒从16变到30感觉很奇怪，可能是什么因素导致的呢
OA:
我上次用双杂化算中性构型之间能量差4-5kcal,外推到CCSD(T)，能量差变为11-14kcal
而用较小的CCSD基组，能量差在1-2kcal之间
也不知道是什么原因，仔细核对数据没有算错，审稿人直接说可以了
基组能带来10 kcal的误差，正常。基组的问题一向很大，我觉得还没引起足够的重视
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2017.04.08 11:16:03
Q:
如果对于离子液体只是构型优化和输出gesp b3lyp/6-311++g(d,p)，是否合适，很多sci 都用这个基组，很苦恼
A:
合适
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2017.04.08 11:27:58
Q:
我最近也在做离子液体，可惜6-311++g**根本算不起
A:
氢的弥散毫无用处
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2017.04.08 11:31:00
Q:
[图片]请问一下老师，这个报错原因是什么？
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.04.08 11:31:01
Q:
老师在你的指教下，用了6-31g(d,p)计算CH3COOH完全没问题；但用6-31g+(d)计算CH3COO- 还是有一个-20的虚频。此时，应加关键词消虚频还是增加弥散或其它改关键词？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
虚频是虚频，弥散是弥散，没直接关系
Q:
谢谢老师还是用消除虚频的方法. 那么之前用6-31g(d)计算CH3COOH出现虚频的原因跟没加极化函数无关？
A:
不要把虚频和基组扯到一起，没有任何直接关系
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2017.04.08 11:33:20
Q:
[图片][图片]
这两个版本哪个好一点？
A:
显然新的好
----------------------------------------------------
2017.04.08 12:09:02
Q:
大家好，我想优化一个季铵盐分子，[图片]在优化的时候溴离子要加上吗，
A:
加
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2017.04.08 12:25:44
Q:
老师，最近NVIDIA发布了Titan Xp，跟GTX 1080Ti比起来哪个用于MD的GPU加速性价比更高啊
A:
1080Ti
----------------------------------------------------
2017.04.08 15:43:30
Q:
[图片]这个微小的差异是什么原因呢，
A:
你grep提出来的那个是高斯根据最大丰度的同位素（即默认的同位素设定）的质量来算的。而Multiwfn给出来的是根据丰度平均的元素质量算的
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2017.04.08 16:53:17
Q:
sob老师好！
用GAUSS09计算s0-s1的振动分辨的电子光谱时出错，提示初始态有2个虚频，用了clearimfreq也不行，不知用什么方法消除这2个虚频！非常感谢谢
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.04.08 17:04:06
Q:
各位大神，弱相互作用能的数值，一般在什么范围内是合理的？
A:
几kJ/mol到一百多kJ/mol都有可能，而且和体系大小关系很大，很大面积的pi-pi堆积达到好几百kJ/mol（化学键程度）都有
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2017.04.08 17:38:58
Q:
Multiwfn能求中性有机分子的沸点。能求熔点吗
A:
你可以搜搜有没有相应的预测公式，有的话而且里面的量能用Multiwfn算就行，虽然我没看到过
----------------------------------------------------
2017.04.08 18:40:57
A:
新文章
使用DORI函数同时考察共价和非共价相互作用
http://sobereva.com/367
----------------------------------------------------
2017.04.08 18:44:38
Q:
谢谢回复。
这两种分子质量差异很小，一般可以忽略。但是明确指定同位素的计算，还是用高斯的数好一些，是吗
A:
没前提下显然没法这么说
高中化学里，算分子质量都是按丰度平均的质量来算的
----------------------------------------------------
2017.04.08 18:49:47
Q:
各位老师，请问这个错误是怎么回事？[图片]，下面是我输入的关键词[图片]。谢谢老师
A:
opt甭写两次
Q:
老师，我的还是这个错误，我是用qst2方法搜寻过渡态，这是我的关键词[图片]，错误提示是[图片]。求老师指导
OA:
少用QST2方法吧
Q:
那用什么方法呀？
谢谢老师，我之前用ts初猜找过渡态，找到的过渡态的振动方向不是我想要的振动方向，所以我想着结合qst2方法进行再寻找，，，，
OA:
那也只是化学直觉不好，千万别以为机器比你聪明
除非你的机器是阿尔法狗
Q:
恩恩，好的老师，我继续初猜
老师，我是找T1和3MC态之间的过渡态。好像不是一个化学反应。
OA:
你加入了对称性破缺作为初猜，不一样是必然的
Q:
研究失活路径的老师
OA:
有非吸收发射过程存在，存在系间窜跃
man 我个人觉得没有问题，你可以等等大博士的回答
应该有势能面的交叉
RTFM
man 一定要优化
Q:
什么意思啊老师
老师，我刚刚用qst3又搜寻了一下过渡态，得到跟ts相同的结构，但振动方向不是我想要的
OA:
体系大吗？
就是modredundant，仔细看关于冻结的声明。还不懂在论坛Gaussian FAQ最后有柔性扫描的例子
确定过程的设计、计算级别是合理的，如果确定合理，就是不断根据化学直觉或已知的过渡态结构尝试不同初猜，无他。实在不行就柔性扫描
OA:
我感觉可能是多参考特征比较强
Q:
含金属原子33个
老师尝试不同的初猜是不断细微的变换结构对吗？
我初猜采取的是将T1态的结构，拉大配体与金属之间的距离，这样做合理嘛？老师
OA:
不能，按S的格式写
A:
不要以为化学反应才有过渡态，只要变化路径上有一阶鞍点的都有过渡态
3MC只是T1态的某个结构区域的特殊称呼，如果3MC区域里有极小点，先把3MC对应的极小点找到，再参考T1极小点，直接凭直觉猜二者之间的TS初始结构
----------------------------------------------------
2017.04.08 20:16:04
Q:
各位老师好，想请问一下，做单点能计算，正常输出，但是没有输出能量，用gaussview打开出现[图片]这样提示是怎么回事，以下是我的输入输出文件[图片]
OA:
man 不理会
Q:
老师，我做的反铁磁性的金属配合物，第一步用guess=mix优化，后面再做稳定性检测输出的能量没有任何变化是正常的么
OA:
man 反铁磁做什么对称性破缺？
Q:
稳定性检测，就是高斯那个范例
基本按这个做的，Modeling Antiferromagnetic Coupling in Gaussian 09
但是第一步加了guess=mix
OA:
man 波函数检测正常结束就可以了
Q:
但是能量一点都没有变，范例上有明显降低
[图片]这个是范例的数据
OA:
与教程上的设置都一致？
Q:
除了第一步加了guess=mix，其它设置一模一样
恩恩，那我做出来的都正常输出，能量没有变化，是做的有问题么
老师您说，想看反铁磁能量低还是三重态的能量低，第一步需不需要优化，我试着第一步做单点的话，能量还是有变化的
恩恩，我也这么想，谢谢老师
A:
man 官网那个明显把流程搞复杂了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
比较哪个态能量低，应当对各个态先分别优化再比单点
----------------------------------------------------
2017.04.08 23:28:43
Q:
老师，请教一个关于反铁磁耦合多金属体系的对称性破损dft问题，该如何回复审稿人意见？谢谢！低自旋态下自旋污染好像很严重，计算结果无效吗？
"A very important point refers to the methodology employed in this investigation. The authors have used a modified B3LYP DFT functional, which is a monoreferential based methods. The low spin electronic states are described by a combination of configurations and the B3LYP wave functions is not eigenfunction of S<2>. The broken symmetry approach employed in this work can palliate in some way this drawback but not systematically and, in this case, this could be critical. ?The authors do no mention which is the projection of values S<2> in any case. ?I would appreciate a comment on this point with special indication of which can of errors the use of these methods can lead."
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 6.7772, after 21.2605
A:
审稿人瞎捣乱。又是那种对自旋污染超级敏感的人。
DFT根本不需要考虑自旋污染，而且没有自旋污染根本就没法计算对称破缺态
多找点用对称破缺DFT计算反铁磁性的文章堵回去
----------------------------------------------------
2017.04.08 23:32:24
Q:
[图片]
为什么NBO里面还有HOMO，LUMO？
NBO不是都是弄回原子轨道了？
A:
程序按照轨道能量排序，按照占据数判断HOMO、LUMO
若你的输入文件里不是MO显然就不用管它了
----------------------------------------------------
2017.04.09 00:42:02
Q:
老师，您好。我发现Amber的使用流程好复杂啊。
有没有通俗一点的理解啊。
A:
所有学术性的动力学程序都这样，不要跟高斯这种量化程序比使用复杂度
----------------------------------------------------
2017.04.09 08:29:32
Q:
非常感谢您。再请教一个问题，我算反应的自由能垒时加入了smd溶剂化效应，可是我并没有单独计算反应物和过渡态的溶剂化能。而是直接在高水平的单点能计算时加入了smd，然后加入低水平计算的热力学校正的thermal correction to Gibbs free energy,分别得到反应物和过渡态的溶剂效应下的自由能，然后做差。这样可以吗？以下是审稿意见:
1) it is not clear how solvent correction was computed. Difference between data in vacuo and in solvent with the small basis set? Data in solvent plus thermodynamic corrections? Please accurately describe
谢谢您，还有相关辩驳的资料吗
OA:
[图片]
http://sobereva.com/327
Q:
这个页面提示无效哦
A:
完全有效
----------------------------------------------------
2017.04.09 08:42:02
Q:
谢谢老师！老师再问一句，第一步用博文中的guess=mix分别对单重态和三重态优化，再按官网上的第二步开始往下算单点，算出来的结果都正常结束，但是每个态每步对应的能量都没有变化，这是正常的么。是应该再换用博文中的guess=cards做么。
A:
三重态干嘛用guess=mix，并无意义
Q:
老师,能否请教一下为什么三重态不能用guess=mix
A:
不是不能用，而是根本没必要
Q:
老师的意思是可以去掉这个关键词算是么
A:
显然
----------------------------------------------------
2017.04.09 08:52:07
Q:
老师，我要固定键角进行扫描，（A 4 1 5 110.0 F），（A 4 1 5 100.0 S 1 10.0）还是？
A:
不会写就在gview的冗余内坐标编辑器里编辑，看着提示总不至于有错
----------------------------------------------------
2017.04.09 09:59:15
Q:
#p opt b3lyp/genecp
坐标
Er 0
UGBS
****
2-51 0
6-31G(d)
****
Er 0
UGBS
请教一下这个的正确写法应该是什么样的？这个错了。
[图片]谢谢
A:
UGBS根本就不是赝势基组
Q:
那老师这个UGBS该怎么设置？我不知道查什么资料来看，网页上没找到例子
A:
干嘛要用UGBS？
Q:
文献上用的这个，我照着学一下的
A:
甭盲目效仿。用UGBS算Eu居然还不用相对论哈密顿，结果烂得一塌糊涂，还不如用SDD赝势好
即便用了诸如DKH2哈密顿，在高斯里也没有解析梯度，优化慢得要死
Q:
嗯嗯，好的老师，我学一下SDD的用法。
多谢了
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2017.04.09 10:03:18
Q:
各位老师，高斯算完了的scrath文件能删除吗
占据的空间好多
A:
能
----------------------------------------------------
2017.04.29 20:45:26
Q:
老师，我上次看通知说暑假基础班可能七月上旬，还可能征求意见改时间吗？我们有个老师也想去，但七月上旬还要改卷。
A:
时间改不了
----------------------------------------------------
2017.04.30 00:37:18
Q:
[图片]
盗版网站死灰复燃
A:
很早之前就死灰复燃了，正是因此我才给论坛里的所有图都自动打上水印
----------------------------------------------------
2017.04.30 22:13:39
Q:
[分享] 五一出行，全国流量免费限量领取！
A:
不要在群里发和学术无关的东西
----------------------------------------------------
2017.05.01 08:49:13
A:
新入群的人一定要看群文件里的群规
本群严厉打击字号超过12的行为，会被记违规，累计次数较多会被踢出
OA:
严厉打击。。。
A:
大字号真是屡禁不止
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2017.05.01 08:49:58
Q:
请问一下，如果要优化二聚体的结构，那是不是应该画俩个分子结构，但我不知道这俩个分子结构应该画成平行的还是垂直的？还有距离有要求么
A:
都试试
简单体系自己摆几种就完了，复杂体系二聚体构型搜索用molclus
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
Q:
的，谢谢
是用这个软件直接生成的？
A:
看完再问
Q:
好的，
----------------------------------------------------
2017.05.01 08:58:22
Q:
大家用的计算软件都有什么呢
请问有没有用vasp和nanodcal的？
A:
看群规，不要问有没有XXX
----------------------------------------------------
2017.05.01 09:01:18
A:
最近几天liyuanhe给群内答疑辛苦了
----------------------------------------------------
2017.05.01 10:00:23
Q:
咨询一个问题，就是假如我用GAFF力场来计算。需要自己通过高斯计算原子电荷吗？如果计算了原子电荷，替代itp文件中的atomtype中的电荷[图片]还是moleculetype中的电荷[图片]？还是压根不需要替换？谢谢指点
A:
要求不高时就用antechamber直接产生的AM1-BCC电荷
要求高时自己算电荷，替换charge这一列
Q:
偶，明白了，谢谢sob老师指点。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.05.01 10:14:44
Q:
[图片]sober我想再次确认一下这里的NAO对应的轨道到底是NBO轨道还是分子轨道呢
A:
行是NAO，列是MO
跟NBO轨道毫无关系
Q:
那我用这个分析homo/lumo及其附近轨道所对应的原子轨道成分可以得吧
A:
占据轨道可以，对空轨道NAO方法分析不很理想
Q:
空轨道的话请问有什么比较好的方法么
A:
Hirshfeld
Becke
----------------------------------------------------
2017.05.01 10:17:42
Q:
什么样的文章上，什么样的author才可以用这样的图呢？
A:
某人的blog
示意鞍点
----------------------------------------------------
2017.05.01 10:24:25
Q:
各位问个技术问题我有两个势能面交叉在一起了有没有什么方法把他们分开
[图片]
A:
把其中一个的数值统一加上指定值进行平移
----------------------------------------------------
2017.05.01 10:33:08
Q:
Compliance程序计算键强度，g09的输入文件必须是内坐标吗
A:
没这个要求
----------------------------------------------------
2017.05.01 10:35:31
Q:
Sob老师，您好。优化带有一个氢质子的化合物，弥散函数是否必须加呢？
A:
不
这里没提的情况一律不要加
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
----------------------------------------------------
2017.05.01 11:11:13
Q:
请问老师，扫描势能面出现以下两个错误是什么原因造成的？
1 #p opt=modredundant td=(singlets,nstates=6,root=1) rcam-b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
You need to solve for more vectors in order to follow this state.
2 #p opt=modredundant td=(singlets,nstates=6,root=1) rcam-b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
galloc: could not allocate memory.
A:
1 加大nstates或减少步长上限。如果不是最新版本先用最新版本再试
2 mem给得太大
Q:
谢谢老师！
关于这些参数的设置，我不太清楚相关的要求，是根据自己的内存设置的吗？还是根据任务？有没有具体介绍这类的帖子。一般计算我都设置%mem=200MW，%nprocshared=2，还请老师指正。
A:
如果是服务器，实际空余物理内存量减去2GB
如果有大内存，给200MW显然太小
----------------------------------------------------
2017.05.01 13:27:59
Q:
sob老师，请教个问题。我用gromacs时候想用oplsaa力场，所以用TPPMKTOP生成一个含100左右原子的分子的itp文件，发现电荷相加高达7.3，和中性的0相差好远，里面还有不识别的原子类型，于是我把产生的itp中原子类型和TPPMKTOP扩展库里对照，也很多找不到，或者不是想要的原子类型，有些用相近的替换了，并修改个别的电荷，有个别的在ffnonbonded.itp根据文献添加了sigma和epsilon，比如azd_n1 3.25000e-01 7.11756e-01。但是一运行还是提示不少错误。类似错误几十处，ERROR 3 [file 9_oplsaa_test.itp, line 256]:
No default Bond types ERROR 24 [file 9_oplsaa_test.itp, line 359]: No default Angle types；ERROR 130 [file 9_oplsaa_test.itp, line 756]: No default Proper Dih. types。您的培训班对这里讲的比较少，我也不知道怎么处理，请问想生成oplsaa的拓扑文件，有没有什么好的方法或者教程啊，正确的步骤是什么？谢谢您
参数都是哪些参数需要补充啊， stage 软件有链接吗？
A:
最好就是根本甭用OPLSAA，也甭用TPPMKTOP，否则很多原子类型往往没法正确指认，给的原子电荷也不合理
gromacs培训里讲了很多怎么用acpype产生GAFF的参数的过程
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2017.05.01 14:31:49
Q:
老师您好，我想用casscf计算单重态和三重态之间的自旋轨道耦合，写的关键词casscf(6,6,root=2,slaterdet,spinorbit)，0 1，输出文件如下：[图片]这是不是表示得到的组态仍然全是单重态？应该怎么修改关键词？谢谢老师。
A:
messi 否。此时是基于行列式做的CASSCF，所以这些表示的是行列式，而不是组态函数，所以11ba和11ab是不同的。这些行列式即可以组合成单重态也可以组合成三重态组态函数。
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2017.05.01 15:49:23
Q:
能量在某个点附近随质权坐标的变化呈二次函数关系吧。。。一般是描述体系极小点结构附近的特征的？
A:
破坏环里面的键显然要把环进行扭转，扭转显然会导致额外的能量变化，必然要扣除，否则就被计入键能里了
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2017.05.01 16:39:06
Q:
请问大家如何消除MP2方法计算自旋多重度为2的体系导致的自旋污染？百度了之后了解到有的人说iop(5/14=2)
这个关键词不管用，所以请教下大家，是否有别的方法呢？
A:
输出文件里E(PMP2)后的能量直接就是自旋投影后的结果，用这个
不要用百度搜任何与学术有关的东西
文字不要用彩色，字号不得超过12，看群文件里群规
Q:
谢谢，那如果用的是B2PLYP方法呢，自旋污染如何消除？
能量信息有[图片]
A:
根本甭管自旋污染
直接取双杂化泛函的能量，即MP2后面的
OA:
话说这个自旋污染这个话题为何这么敏感。
Q:
但是能量计算出来后明显不对的
A:
那是你计算方式有问题
Q:
因为对比了不同方法计算的能量，使用b2plyp后，S2值就很大，有的甚至为1.7
A:
初学者对自旋污染一知半解，就言必曰自旋污染，和初学者对BSSE的态度一样
OA:
它对结果影响很大吗
A:
大又如何
你真正要算的又不是<S2>
Q:
加之计算的相对能量奇怪的很，所以怀疑对能量有影响
OA:
嗯嗯
A:
DFT根本就没有自旋污染这一说
尝试自行修改原子类型的指认试图解决
Q:
关键是B2PLYP理论有一部分是MP2方法和DFT组合计算的结果
A:
这又如何？
于是B2PLYP就成了波函数方法？
Q:
那就又回到这个话题啦，计算的相对能量奇怪的很，所以怀疑对能量有影响
A:
用其它泛函啊
B2PLYP本来就是双杂化泛函里最烂的，甚至有时还不如M06-2X
Q:
试了很多，我再看看哈，谢谢您
A:
非要让自旋污染背这锅，起码比较一下UMP2和PMP2能量再说
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2017.05.01 16:54:06
Q:
请教各位老师，irc后显示的反应路径能够严格模拟实际反应的路径吗
A:
不能，IRC描绘的只是最理想情况
Q:
老师，那在研究化学反应时，对irc中的路径进行最优化后发现和初猜有出入，但ts的振动模式较为理想，最后应该相信初猜还是irc
A:
什么初猜
走IRC根本就没有“初猜”这一说
结构初猜是对于几何优化而言的
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2017.05.01 17:38:21
Q:
sob老师，我算的体系是酞菁类的，18π电子的平面结构，我尝试用了GAFF力场，但是真空下的模拟，大平面结构扭曲的很厉害，破坏了平面结构，和gaussian的结构相差很大，是不是就是GAFF力场不适合这个体系？
A:
尝试自行修改原子类型的指认试图解决
Q:
所以我才改用了oplsaa的力场，你说的修改原子类型还是指的这个力场吧
A:
改antechamber对GAFF原子类型的指认
Q:
好的sob老师，那我试试看，谢谢您！就是感觉文献用的是gromos96、compass、oplsaa等力场，没见过用GAFF的，有点不放心，不知道适合不，那我按您说的试试看。
A:
gromos原理上就根本没法直接用于这种体系
oplsaa不会比GAFF有任何优势，除非后者原子类型没指认对
这种非典型有机分子体系，不要指望直接产生拓扑文件的程序总能识别合适原子类型
OA:
是不是中间金属配体的问题？
纯有机物gaff一般还好
Q:
我没加金属呢
嗯，gromos它是联合原子力场。
如果再加上配体金属的话，金属用什么力场呢？
A:
没有现成的，先到文献里搜，搜不到再自己搞参数
OA:
不是平面主要是没有这个大共轭的参数吧
苯环之类的才容易识别出来
A:
所以得人工检查一下原子类型指认合理性，不合理时自行改用芳环上的原子类型再试
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2017.05.01 17:43:41
Q:
molclus完整版是不是得经过购买才可可以获得该软件？
A:
是
Q:
我的一个结构就64个原子，免费版不行啊
A:
不都写得很明确了
OA:
就买一个呗？
Q:
满满的都是套路啊
A:
什么套路？
OA:
收费……
Q:
是啊
OA:
那就自己写一个
免费的午餐吃多了？
A:
CASTEP一个卖十几万不嫌贵，molclus一个卖不到一百块钱，还套路？
都是被惯坏的
OA:
+1
复旦刘志攀也有一个构象搜索软件，但是仅限内部使用
我记得98块钱吧
A:
96
几乎只是象征性而已
OA:
98元还能享受在线中文答疑，这简直就是用白菜价格享受高斯中文答疑邮箱式的服务
Q:
购买不需要买代码吧？
OA:
有编译好的版本
为什么每次看到龙这个字的时候总是想到duang
98r感觉还是蛮良心的
A:
和免费根本就没区别
OA:
100块都不肯花！
98元就是不到一周的伙食费
Q:
在哪买啊，找不到平台啊
可怜的我们一个月就100助研费
OA:
站在你面前的就是开发者，还不发邮件给他
我们还一分钱都没有呢
A:
连个chemcraft都1000RMB以上
OA:
我们没听过助研费
每年我都是自费参加科音培训，不为了别的，就是为了学好，离开我现在的这个地方
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
OA:
NBO不买的话，用了大于3.0版本的分析发文章会被追杀么
如果你使用的功能3.0能够胜任的话，就没问题
A:
用了大于3.1可能被开发者找麻烦，发邮件警告之类
OA:
哎，就怕这个啊
Q:
看来高斯是个好东西，
OA:
你可以看看banned by gaussian 页面，高斯才不是好东西呢
你也可以看看高斯的黑名单，高斯其实是个小心眼
Q:
所以3.1之后的nbo分析没有发文章能用的免费途径了是吧？
A:
对
OA:
在大博士看来，NBO优点甚少
A:
NPA我还是看得上的
OA:
我说的是甚少，不是没有
能替代了最好啊，特别商业化的都买不起了。良心软件老板不花钱我还能自费下
A:
NBO的售价已经算良心了
跟ADF之类黑心的比就是个零头
OA:
NBO多少钱啊
换过来多少软妹币呢
ADF我不想提
A:
看主页
OA:
此前给老板搭建课题组网站，因为使用了模版网站要收费，但是老板就死活不肯掏，最后搭建好的网站也挂了
最便宜的400块一年,网站模板
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2017.05.01 18:20:45
Q:
打扰了老师，我算的激发态out文件正常结束，没有chk文件，不知道什么原因？谢谢老师
A:
要么没设%chk，要么没找对位置
Q:
谢谢老师
[图片]
老师，设chk了，在服务器里没有找到chk文件，算了两遍了
还是没有chk
A:
没找对地方
Q:
嗯嗯，老师还需要去哪里找
[图片]
No2的
谢谢大家帮忙
[表情]
没有找到硝基，我再找找
谢谢大家
不知道为什么硝基的没有chk文件
[图片]麻烦老师问一下为什么转不了fchk
OA:
算过渡态啊
A:
[图片]
阅读理解
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2017.05.01 19:27:18
Q:
做RDG图时，选项2生成的txt，每列代表什么意思。
A:
仔细看屏幕提示
Q:
[图片]
A:
仔细看屏幕提示
Q:
用来做图，只要2列应该就够了
A:
屏幕提示都明确说了该用哪两列
Q:
抱歉
我看到了
[图片]
再问下操作，这个txt文件100MB，怎么粘贴到origin的表格里。
origin可以打开，但是无法复制粘贴，100MB，太大了[图片]
A:
没有正确导入。
后缀是.txt的文件，直接拖到origin窗口里，应当每一列直接被读入成为一列
如果没有自动导入成为列，在file-import里设置导入
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2017.05.01 20:04:34
Q:
请教各位老师，在进行gaussian运算时，虚频消不掉怎么办？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2017.05.01 20:18:44
Q:
请教大家在计算中给某个元素加个电子该如何实现，重新自定义基组吗？
A:
没法实现
除非你用CDFT
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271
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2017.05.01 21:33:37
A:
不要一个问题连续反复问，不是任何问题在群里都有人会
反复贴图会严重刷屏，影响讨论秩序
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2017.05.01 21:36:25
Q:
老师，您好，感谢您之前的解答，我特别想请教表面活性剂（壬酸）在有紫外光存在的界面时，据有关报道说青色原子处会掉一个氢生成碳自由基，我如何用量子化学计算去验证这一点，壬酸结构如图！十分感谢~~
A:
得先看相关文章，构思出可能的掉氢的机理，把细节想好了，再去验证。
光从这个现象上还很难说应该怎么算
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2017.05.02 06:30:57
Q:
话说def2-SVPD要做gCP校正的话应该怎么做？
ORCA里好像没有SVPD对应的gCP关键词
可以用SVP的来替代吗？
A:
不可
SVPD本身就有弥散函数，优化时完全用不着gCP
Q:
谢
SVPD
仍然可以直接用def2/J或者/JK加速吗？
还是需要AutoAux
A:
显然不能直接用
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2017.05.02 07:20:40
Q:
静电势作图，这里的MO表示什么？[图片]
A:
静电势图和这个无关
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2017.05.02 08:51:41
Q:
CFOUR 1.2version是收费吗？为什么网站不能下载？
A:
小众程序直接问开发者才是最有效率的
CFOUR从来没收过费
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2017.05.02 09:06:36
Q:
老师，有个问题请教一下，使用高斯软件对于一个含有15-30个原子的只含有C、H、O的体系，在M06-2X/def2-svp级别上搜索过渡态，然后在M06-2X/def2-tzvp级别上计算单点能，请问这种级别是否合理。
A:
合理
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2017.05.02 09:24:03
Q:
[图片]
老师，计算三重态的时候，出现了这种情况，有尝试用int=ultrafine,或者换个小机组计算，但还是一直重复，希望老师指点一下
[图片]
A:
用0 3甭用TDDFT优化T1
Q:
如果想看一下磷光呢，没试过
A:
博文里不都写了
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2017.05.02 09:51:26
Q:
请教各位老师 Multiwfn有那些功能可以描述电子离域性质？谢谢
A:
这里提到很多
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
ICSS、多中心键级、ELF-pi、AdNDP等等一大票方法
Q:
我想描述丁烯地电子离域性质请问哪个方法最好而且可以可视化？
说错了
1,3-Butadiene
A:
ELF-pi
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2017.05.02 10:00:14
Q:
用Multiwfn预测蒸发焓、升华焓预测，所用基组和方法可以与计算该分子气态标准生成焓不一致吧
A:
可以
预测方法的原文里用什么级别，计算时候就应当用什么级别
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2017.05.02 11:20:55
Q:
sob老师，请问分子轨道在nbo轨道上展开后(用nbomo关键词)，所有nbo轨道的展开系数的平方和是不是为1？某个特定的nbo系数的平方就是在mo轨道中的贡献百分比？谢谢
A:
为1，因为NBO是正交归一的轨道
是
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2017.05.02 11:43:39
Q:
老师，我用找一个大分子（77个原子229个电子）的过渡态，用B3LYP/6-31G*找出来了，又把这个log文档保存成gjf然后用M062X/def2svp来找就找不出来了，先是振荡然后跑成了产物，请问老师我该怎么处理呢？
A:
减小步长上限再试
Q:
老师，步长我是设成几比较合适呢？
A:
5
Q:
M062X/def2svp opt=(ts,calcfc,maxstep=5,notrust,noeigen) freq关键词这样写行不行？
A:
可
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2017.05.02 13:38:44
Q:
老师，请问计算氢转移反应使用def2-svp基组是否也可以。
A:
可
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2017.05.02 13:56:26
Q:
请问各位老师，离子型溶剂的介电常数能否通过计算得出呢？
A:
动力学模拟能算
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2017.05.02 15:01:27
Q:
服务器几个人一起用，计算速度很慢，用自己的计算机算就比较快，但听说对计算机损耗比较大，是吗？
A:
没这回事。显然看具体怎么用，合理分配资源就完了。如果16个核，三个人每人用10个核，显然速度慢，造成严重资源争抢。
此说法不实。不用坏的更快的情况，唯一可能性就是电解液电容（如今用得越来越少）的电解液干枯，但除非是用来收藏的硬件，否则这点也不用考虑。
计算机没有损耗这一说，除了硬盘的寿命显著短于其它计算机硬件。但只要不是长期大量读写硬盘，也不用担心这个。
OA:
计算机就是用的，不用坏的更快。
理论上是这样，不过注意散热和定期清灰就没问题。而且电脑就是拿来跑的，毕竟过个三五年就又该淘汰了。。
A:
如今硬件发展缓慢，必要的更新换代周期已经明显长于三五年。
OA:
老师，如果节点是16核，交了三个任务都指认16核，三个任务会自动平分，这样对电脑没有影响吧
大博士，昨天的那款微星是i7七代，感觉能和至强差不多
A:
这会比你依次跑三个任务，一个跑完一个再跑花的总时间更长。三个同时运行显然造成资源争抢，如同48个车同时过16个车道
志强是一大系列，不说型号就没有可比性
OA:
恩恩明白了
至强V3
A:
依然没有可比性
OA:
主频当然差了很多
i7-7700？
A:
不清楚型号就看我总结的硬件资料库http://sobereva.com/datasheet.rar，XEON所有型号里面有全面汇总
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2017.05.02 16:35:02
Q:
[图片]
还是不懂啊，就一个单电子，为啥两种都有呢？
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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2017.05.02 16:57:35
Q:
老师，我从数据库中查到O2的键长为121pm。我在M06-2X/6-31G**级别上优化O2，得到键长为118pm；而在B3LYP/6-31G**级别上优化O2，得到键长为121pm。一般来说M06-2X的计算结果优于B3LYP，但这是什么原因造成的？（O2的自旋多重度选为3）
A:
基组太小，可能导致误差抵消，不足以说明理论方法本身的好坏
Q:
老师，我也使用def2-tzvp进行了计算，也还是得到类似的结果。其中M06-2X计算得到的是118.816pm。
A:
M062X长处是算有机体系，对这种无机体系比B3LYP没有优势
另外，长处也不是几何优化，而是算能量
Q:
老师，我算一个有机体系与O2之间的相互作用，使用M06-2X是否有优势？
A:
有的可能性较大
Q:
老师，这是我使用M06-2X优化得到的结果。明明氧气与结构之间没有很强相互作用，但氧气的键长明显偏离数据库中的121pm。
老师，之前我使用B3LYP计算没发现这个问题。老师，我是否应该还用B3LYP进行几何优化？
A:
偏离就偏离，不代表对于你要研究的实际问题能差出多大
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2017.05.02 16:59:19
Q:
老师你好，请教个问题，materials studio多核并行的计算效率如何，它在windows、linux系统下运行计算速度有没有差异？这方面对gaussian有一些了解，materials studio不太清楚
A:
并行效率和MS具体哪个模块有直接关系
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2017.05.02 17:12:56
Q:
社长，对于卤素碱金属的化合物，那些泛函表现优异呢..
A:
没有相关测试，不需要特殊来考虑
Q:
嗯..谢谢..
O2键长我怎么记得1.26
是
A:
就应当是前面他说的那个值，NIST上可以查到
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2017.05.02 17:28:54
Q:
老师，您好，请问我是否可以加上density 关键词算激发态物质的原子自旋布局！十分感谢
A:
加了density也没用，TDDFT等没法给出激发态自旋布居
Q:
好滴，谢谢老师，也就是激发态没法用任何方法算自旋布局是么？
A:
除非是delta_SCF方法
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2017.05.02 17:48:43
Q:
sob老师您好，体绘制中V3相关程序中的PVM2RAW是不是在转换16位的PVM时，信息有损失。
A:
很多年不用了，忘了
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2017.05.02 17:48:43
Q:
请问怎么把对水分子的限制性文件放在posre_water.itp，然后在topol.top文件里面包含posre_water.itp？
我仿照蛋白的posre_protein.itp做了一个，然后在topol.top文件里面包含posre_water.itp，但是不成功。
A:
放的位置必须正确，必须紧接着水的itp文件把它include进去
Q:
明白，晚上试一试
加离子生成tpr时候报错,请问什么原因:
Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 6
Last line read:
' 1 1 no 1.0 1.0'
A:
itp文件格式不合理
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2017.05.02 18:45:17
Q:
请问各位老师，我做一个多肽链蛋白的模拟，初始的pdb文件里面有每条肽链的结尾标示ter,然后我运行pdb2gmx命令，无论是否有-ter选项，运行出来的pdb文件里肽链结尾标示ter都没有了，导致我后边的运行总是出现悬空键的错误，请问我哪里的问题？谢谢解答。
A:
-ter选项本来就不影响如何判断成为一个链，或者产生的pdb里有有无ter分隔，这只是选择如何处理末端残基。
具体情况具体分析，缺原子的补原子，或者尝试其它力场
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2017.05.02 22:22:23
Q:
请问我用tddft方法的关键词为opt=(TS,modRedundant,noeigen)找到的激发态过渡态，如果跑irc应该怎么设置关键词呢？是不是也不能用calcfc来算？
A:
除非g16，否则无法calcfc。g09虽然不基于Hessian也能跑IRC，但是成功几率不高
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2017.05.02 22:29:42
Q:
请问linux 版本的vmd如何才能保存出dpi高的图片呢，render的时候根本改不了dpi啊
A:
产生tachyon输入文件，自行调用tachyon渲染器渲染，通过参数设定分辨率
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2017.05.02 22:56:33
Q:
当osc strength 等于0的时候，是不是表示这个跃迁是禁阻的？
请问什么是dark state 和bright state呢？
A:
振子强度很小，实验上难以观测到的就是暗态，可观测到的就是亮态
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2017.05.02 23:31:50
Q:
[图片]社长，这个问题不大吧
molden文件呢
orca可以吗？
我用molden打开也是这个
A:
ORCA的molden文件不规矩，有了g角动量时系数有问题。用molden2aim转换成标准的再用Multiwfn读入
Q:
看multiwfn手册
含g角动量时，即便转换，也并不合理
A:
一定是你使用方式不对。用这个例子：
! HF cc-pvqz
* xyz 0 1
C 0. 0. -0.09962
O 0. 0. -1.20782
*
直接载入multiwfn，密度全空间积分值是13.9864494860。经过最新版molden2aim转换，积分值是14.0000000012，非常完美
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2017.05.03 07:30:03
Q:
谢谢sob老师～那我算出过渡态后，想看势垒是不是只能通过柔性扫描的方式？
A:
和极小点求差啊
此时扫描毫无用处
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2017.05.03 07:41:46
Q:
老师，审稿意见里“The authors need to analyze the energy transition while the stacking takes place based on pi-pi bonding.”请问，这个Energy transition 是指什么，是算HOMO，LUMO电子转移那些吗？
A:
也许
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2017.05.03 10:19:36
Q:
各位老师好，我现在想计算s0到t1的电场偶极矩信息，结果报错了，希望能得到老师们的指点。本人菜鸟一枚，体系含有重金属。[图片] [图片]
A:
除非你要获得拟合静电势电荷，否则甭写一大堆乱七八糟的
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2017.05.03 10:34:17
Q:
各位老师好，问一个关于赝势基组的问题，在sob老师的博文（http://sobereva.com/60）中提到可以从stuttgart的官网上拷贝定义，我从官网上查找了这个定义，[图片]
但是跟老师的博文里面不太一样，没有g-ul potential的标识，请问是怎么理解？
A:
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
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2017.05.03 11:24:27
Q:
请问下Forcite这个模块都可以做些什么？请前辈指点
A:
看自带的help
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2017.05.03 11:29:39
Q:
老师们，请问[图片]这个判断方法参考哪些文献丫。键临界点的密度和拉普拉斯值与NBO电荷分析结果不一致丫。
键的性质BCP点和NBO不一致丫
那BCP点的判断方法有没有可供参考的文献丫
A:
那个是我培训班里的图，没有直接对应哪一篇文献，那是我的经验总结。你先明确具体用哪个指标来判断，再说对应哪篇来判断
不要太信NBO
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2017.05.03 14:50:24
Q:
嗯，基础比较薄弱，恶补恶补ing
这又是什么暗号？
请问高手们，这样\\加注释可以不可以？
# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(smd) pop=full \\注释
多谢了，我多写些注释免得以后忘记
OA:
没做过
你可以试试
Q:
请问要怎么在wfn输出文件中改电荷和自旋多重度？
[图片]
那这是什么意思呢...又要改，又不要重新优化？
Multiwfn 手册第233页
3.3.9版
我发现我现在处于一种什么字都认识但却不知道你们到底在说什么意思的状态。
李博士麻烦你点拨一下呗
比如，我中性分子这样算好了，然后应该怎么做
# opt freq b3lyp/def2tzvp scrf=(smd)
怎么算单点？就改下电荷自旋再跑一次?
OA:
显然使得
Q:
那关键词里还有opt，岂不是又优化一次？
OA:
单点
不是优化
Q:
我还是翻资料去了，谢谢你们哈，是我水平太低
OA:
优化完中性体系，然后取优化后的结构计算不同电荷和自旋多重度下的单点
Q:
关键词是一样的吗？
OA:
没有opt
你可以写sp，也可以不写，什么都不写gaussian默认计算的就是单点能
Q:
就删掉OPT 再算一次就好是吧
多谢，多谢，我试着描述一次您看下对不对哈
中性分子-优化-得到out文件-GV打开OUT文件后再次生成gjf文件-只算freq,不加opt,这就是单点计算
是这样吗？
OA:
计算福井函数不用算freq吧
Q:
#sp b3lyp/def2tzvp scrf=(smd)
那就直接这样的kword
对不对
OA:
sp写不写都一样
可以
对了你不是要输出wfn文件么
写上out=wfn呗
Q:
多谢
OA:
如果我还是加了opt
会有什么影响吗
Q:
好的，这个我在帖子里看到了怎么输出 wfn，谢谢你哈
OA:
会优化到另外一个多重度的基态么
我想是这样
Q:
#sp b3lyp/def2tzvp scrf=(smd) out=wfn
OA:
文件末尾再写上wfn的生成路径就可以了
要是做化合物—1.wfn 方法是一样的吗？
Q:
好好，谢谢哈，果然是老牌985的同学。
OA:
自旋度用不用改？
要改啊，有单电子多重度肯定变了啊
改成什么啊？
Q:
6-311g(d,p)
6-311g(2df,p)
请问是不是下面计算精度优于上面？还是应该根据不同情况有针对的选择？
OA:
会输出。公式Sob的博文里搜Shermo
Q:
[图片]有没有前辈对这个有研究，我根据这句话去找了 Section 4.5.4, 但是在4.5.4里真没有找到Hirshfeld charges怎么算。
这句话在说明书246页
OA:
这种问题把人关在屋里，屋里只有一台电脑，电脑上只有Multiwfn手册，找到才能出来，估计不出20分钟就能找到了。
A:
写得多清楚，怎么会找不到
[图片]
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2017.05.03 17:00:02
Q:
请教一下各位老师，自旋污染修正后的值如下，这样的结果合适吗[图片]
A:
基本没有污染
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2017.05.03 18:39:27
Q:
老师，过渡态与产物之间的D3校正能量差 -21千卡，纯色散力缺失，会有这么大么？
具体在帖子里
http://bbs.keinsci.com/thread-5742-1-1.html
A:
24小时内不宜同时在两处问
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2017.05.03 18:50:13
Q:
老师，我用qst2法找过渡态的时候，log文件里报错了，这是什么原因？[图片]
A:
甭用QST2就完了
QST2难用得很，还容易出错
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2017.05.03 19:03:02
Q1:
还是刚才那个计算丙酮振动分辨电子光谱的问题。。激发态优化和频率计算完成后，在进行进行基态的优化和频率计算时，也出现了 NtrErr Called from FileIO.的报错，查看后认为是FileIO operation on non-existent file.的原因。但是Chk文件本身应该没什么问题，可以正常打开，路径和权限也没问题（在Scratch文件夹）。想问应该如何解决。谢谢了。
A:
写明绝对路径
Q1:
[图片]这是输入文件。
OA:
Maxwell 不要有空格
A:
有空格是极坏的习惯
OA:
有空格一定是本科计算概论编程课没撞够墙的
清华规定本科第一年不能用电脑，北大应该规定理科本科第一年只能用Linux
A:
第一年不许用手机还差不多
OA:
第一年只准看纸质书
哈哈，不用手机估计就有意思了
A:
计算机系的不给用电脑
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2017.05.03 19:06:50
Q:
请问molpro rhf不收敛怎么解决
[图片]
A:
调整收敛限、调整初猜、读取其它级别的收敛波函数、调整步数上限等等
参照此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
在molpro手册里找对应的选项
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2017.05.03 19:12:58
Q:
请问这个自旋投影程序在哪可以找到？
可以用到dft的自旋污染消除吗？
A:
这就是Gaussian的输出信息
是培训班里讲怎么读高斯单点输出的幻灯片的一部分
Q:
高斯里面自带自旋投影吗？
A:
DFT不用管自旋污染，非要去折腾这个，看此文里的式子J. Phys. Chem. A 2010, 114, 7191–7197
计算UMP2的时候直接就给你PMP2能量了
是否有自旋污染跟是否考虑相对论根本没直接关系
Q:
那么Ub3lyp会给pb3lyp能量吗？
A:
不给
Q:
是没算吗？为什么不同呢
是不是意味着自旋污染对于mp2有考虑的价值，而dft没有？
A:
因为HF/DFT自旋投影需要额外的计算量，程序自然不直接给出。
详细的去看Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)末尾，有讨论自旋污染的
Q:
谢谢sob老师。那如果想看看dft加自旋投影的能量，怎么实现？
A:
DFT不用管自旋污染，非要去折腾这个，看此文里的式子J. Phys. Chem. A 2010, 114, 7191–7197
Q:
文章中提到nwchem,adf,quild软件，那如果用gaussian算的能量用什么程序能加入自旋投影？
A:
手算啊
公式多简单
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2017.05.03 19:30:50
Q:
问个很弱智的问题啊（要不就是我一直错了十几年）
RMSE怎么计算。。。
比如，我有10个实验值，10个理论预测值，考察这个理论模型的RMSE，应该是[图片]吧？
A:
是
Q:
那，为啥有好多文献里报道的RMSE我都算着跟作者的不一样啊？
比如这个：[图片]
B3LYP光看也发现误差很大，我excel算得收益这个：
[图片]
比如excel表里，他报道的b3lyp 3.8，跟我算的9.85，这差别也太大了啊。。。所以是为什么啊
所以我可不可以认为那些算得及其不一样的根本就是作者用错公式了？
因为问了个生物的同学，他竟然说他们整个实验室计算rmse都是用excel里的STDEV.P（预测误差列数据）
A:
直接问作者最快
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2017.05.03 19:37:22
Q:
[图片]社长，这里的第一行指的是整个文件的第一行么
A:
只要出现即可，不需要改一整行
Q:
[图片]这样弄一下可以了么
A:
y
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2017.05.03 19:38:47
Q:
那不考虑旋轨耦合为何会混入高自旋态而引起自旋污染呢
A:
因为波函数不够精确，离full CI理想状态太远，而且所用的方法又不是基于组态函数来构建波函数，因此没法保证得到自旋纯态。
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2017.05.03 19:40:27
Q:
就想研究键的性质已经成键了的键的性质算了键级和AIM主要想用这两个分析
谢谢老师
不是弱相互作用想看看存在不存在电荷转移键,我又来了
[图片]
电子密度和拉普拉斯值符合典型的离子键
但是能量密度小于0又接近于零
A:
画个ELF填色图就完了
ELF多直观
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
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2017.05.03 19:53:31
Q:
老师，我想问下色散和弥散的英语有啥区别吗
色散、弥散
它俩英语是啥阿
A:
dispersion, diffuse
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2017.05.03 20:08:28
Q:
请问一下老师，一个二聚体变成一个单体，这个能垒是怎样比较
A:
一般没有能垒
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2017.05.03 20:33:01
Q:
请教sob老师 aug-pVTZ-cc 基组可以描述I原子吗有没有相当级别的赝势基组
aug-cc-pVTZ
A:
用aug-cc-pVTZ-PP
Q:
好的谢谢了
A:
aug-cc-pVTZ只有前四周期（K没有）
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2017.05.03 20:33:31
Q:
求助：过渡态计算中L9999的话应该加什么关键词合适？
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.05.03 20:34:24
Q:
Sob老师，Multiwfn里面的例子(H2O.gjf)分子坐标后面没有数字，高斯计算几何优化需要那些数么？
A:
把文件发上来，我不知道你说的是哪个
OA:
他应该说的是geom=connectivity对应的那串数字
A:
若有geom=connectivity就必须留着后面那串
对量化计算毫无用处
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2017.05.03 20:45:04
Q:
[图片]老师，这算是pi氢键么？是pi氢键比较弱所以才显示棕黄色的么？
A:
结构优化过了？
Q:
O-H。。。Pi
优化了
A:
如果没优化，必须先用合适的级别优化，否则RDG图没意义
Q:
m062x/6-31G**
A:
起码用6-311G**优化，最好6-311+G**
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2017.05.03 21:05:42
Q:
请教一下各位老师，这里的Zk*是怎么得来的，如果所研究的体系没有相关文献[图片]
A:
有效核电荷是拟合得来的，以此只需要考虑单电子SOC就可以等效也把不好算的双电子SOC效应体现出来
详细的可以参看比如
[图片]
J. Phys. Chem. A 1998, 102, 10430-10435
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2017.05.03 21:06:57
Q:
[图片]请教一下这种AIM分析图是通过VMD画出来的吗
OA:
应该是用AIM2000画出来的。
Q:
哦哦好像是
A:
用Multiwfn绘制这种图速度快得多，功能强大得多，还免费，看
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
AIM2000现在用得越来越少了
已经被Multiwfn取代了
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2017.05.03 21:56:08
Q:
ADF软件大约多少钱？我先写申请。
A:
ADF的基组选择余地太小
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2017.05.03 22:22:02
Q:
把fock的本征值epsilon这个（实验不可测得的）数叫成轨道“能量”的原因是Koopman定理么？
A:
不是。本身Fock算符就是单电子哈密顿算符，所以本征值自然而然就是能量
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2017.05.03 22:34:28
Q:
请教老师一个问题，如果单点计算用了 scf=conver=6, 出来的fch文件用来做波函数分析，结果可靠吗？
A:
可靠。=6的质量已经足够了
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2017.05.04 09:27:34
Q:
老师，可以从Multiwfn程序里计算出疏水作用吗？
你用的什么软件呀？
A:
“疏水作用”这个说法太含糊，得明确具体考查方式，比如算LogP还是什么。
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2017.05.04 10:03:47
Q:
怎么回事？　orca_2aim 　qm 　命令，将将qm.gbw转换为.wfn波函数文件
报错
[file orca_2aim/orca_2aim.cpp, line 101]: Error: ECPs not supported by ORCA_2AIM
A:
甭用orca的wfn文件，毛病极多，很多波函数分析程序都不认。如果给Multiwfn处理，用.molden文件作为输入
Q:
orca_2mkl qm -molden
这个也是报错
[图片]
A:
说明你的gbw文件有问题，或者不是同一个版本产生的
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2017.05.04 10:32:54
Q:
大家好，有没有遇到过这种情况: 用gennbo 运行.47文件时，程序没有反应。请问这可能是什么原因？
程序运行有些.47文件时可以运行，但是有些就一点反应都没有，请问这是怎么回事啊？
A:
程序bug，或者.47对应的体系太大或者任务很耗时，需要很长计算时间
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2017.05.04 10:47:10
Q:
请问，做全原子时怎么在两条多肽对应位置上的半胱氨酸加二硫键呢？
A:
如果你用gmx的pdb2gmx，只要两个硫距离合适，自动就会加上二硫键
如果是amber，可以在leap里直接通过命令让两个硫之间成键
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2017.05.04 10:50:08
Q:
我做QSAR，请问，先用Guassian将分子结构优化后，如何将电子信息描述符提取出来？
A:
不要拼错高斯
看你具体算什么描述符，有的默认输出，有的用特殊关键词能输出，有的需要借助Multiwfn等程序才能得到。
OA:
瓜斯
A:
常见误拼
Guassian
Gaussion
Gausson
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2017.05.04 10:54:16
Q:
请问，我现在计算的体系是45个原子，电脑是win32系统，用Multiwfn_3.3.9版本时老闪退，该怎么办
A:
命令没输对
或者输入文件有毛病
什么程序产生的？
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2017.05.04 10:56:13
Q:
[图片]
请问一下，VMD渲染输出的图形上有锯齿，怎么能输出清晰一点的图片？
A:
手册里强调了
[图片]
有锯齿!=不清晰
驱动面板里开启抗锯齿设定，或者用tachyon渲染
Q:
谢谢老师
果然，much better. 老师真厉害
还是有一点点...还能改进吗？
[图片]
A:
抗锯齿开到最高
或者渲染成大尺寸图像，再到ps里缩成想要的尺寸
Q:
用的是[图片]渲染方式
渲染成大尺寸图像，这一步怎么做？
我找了resolution，找不着
A:
[图片]
Q:
很好奇啊，老师，你是这么如此快速的定位到对应的PPT,文献的位置了。感觉你是秒回复
A:
因为幻灯片全是我做的，当然印象深
办培训班时也反复要用到
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2017.05.04 11:14:57
Q:
请问各位老师，在VMD中载入xyz文件，为什么可视化窗口什么也看不到？[图片]
A:
可能文件格式有问题
Q:
嗯，谢谢sob老师，是文件的问题，已经可以打开，但是发现随着文件的载入，分子变得很远，最后几乎看不到了，这样的问题怎么解决呢？[图片]
A:
对轨迹做个align，消除平动再看
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2017.05.04 11:17:44
Q:
[图片]
老师，MECP到这一步再怎么进行
[图片]按这个么
A:
8成是输入文件有问题
也可以检查高斯输出文件帮助确定
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2017.05.04 11:28:15
Q1:
有些人啊，真是TM的能装B，对陌生人的问题回答那么细致。对自己师弟师妹的问题管都不管，TMD估计是嫌弃自己师弟师妹问的问题太弱智了。
Q2:
有些人啊，真是TM的没态度，对陌生人回答感恩戴德字字是金。对自己师兄(组内还不是直属)讲一个小时不以为意，TMD估计是嫌弃自己师兄的时间和经验太不值钱了。(非本人，不针对，勿对号入座)
A:
+1
Q3:
+1
A:
恨不得义务给他/她包办毕业的文章
OA:
呵呵
Q1:
和我说的事情没关系吧
Q2:
没有，我都不知道你指的什么事
只是蹭着句式吐槽一下
Q1:
我只是发表下感慨
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2017.05.04 12:52:12
Q:
老师，原子数超过180的大分子结构优化总是很难收敛，公社博文中帮助优化收敛的几种常用方法都试过，除非直接opt=loose，不然效果都不明显，请问有针对大分子几何优化更通用的方法么？
A:
gdiis
Q:
谢谢老师，回头我再去试试
老师，我还想请教一点问题，请问能从轨道图看出轨道是否简并么？
A:
是否简并看的是轨道能量是否一致
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2017.05.04 13:25:08
Q:
CFOUR 计算的时候是先计算hessian 在进行CCSD(T)的计算，优化的时候也是用HF的hessian吗？
A:
CCSD(T)优化显然不可能用HF的Hessian，否则得到的根本不是CCSD(T)的极小点
----------------------------------------------------
2017.05.04 13:27:45
Q:
大家好，我是刚接触高斯的小白，想问一个问题，就是我在做一个分子优化到另外一个分子，是画在一个窗口优化还是画在两个窗口优化呢？[图片]
A:
完全意义不明。做QST2找过渡态才涉及同时用两帧的结构，几何优化只需提供一个结构
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2017.05.04 13:30:20
Q:
老师，请教一个问题，作电子密度差图用的是multiwfn里的custom operation功能，怎么把差减后的值再除以2？
-10 Return to main menu
1 Electron density
2 Gradient norm of electron density
3 Laplacian of electron density
4 Value of orbital wavefunction
5 Electron spin density
6 Hamiltonian kinetic energy density K(r)
7 Lagrangian kinetic energy density G(r)
8 Electrostatic potential from nuclear charges
9 Electron Localization Function (ELF)
10 Localized orbital locator (LOL)
11 Local information entropy
12 Total electrostatic potential (ESP)
13 Reduced density gradient (RDG)
14 Reduced density gradient (RDG) with promolecular approximation
15 Sign(lambda2)*rho
16 Sign(lambda2)*rho with promolecular approximation
17 Correlation hole for alpha, ref. point: 0.00000 0.00000 0.00000
18 Average local ionization energy
就这么些选项，没有乘以系数的选项
你知道我这个问题怎么操作吗
OA:
我手头没电脑，只知道能做到，忘了具体在哪里了
Q:
[图片]
我正在算这里，开头都很顺利，到了/2这步懵逼了。
OA:
dual是相对的，除不除2对分析结果有影响嘛
Q:
话是这么说，但真的不除2，就发文章真的好吗？
OA:
把你标注的的等值面值除以二不就完了
A:
后处理界面有选项对格点数据进行操作，其中可以除以2
----------------------------------------------------
2017.05.04 13:43:05
Q:
我请教一个简单的操作问题啊
我之前在linux算的文件 opt=calcall freq rb3lyp/6-311++g(d,p) 算了好长时间
现在我想再算一下拉曼光谱，和pop=nbo
我想在之前的文件基础上算（想快一点）
我希望生成的文件里是：opt=calcall freq=raman rb3lyp/6-311++g(d,p) pop=nbo
我该怎么read之前算好的opt=calcall freq rb3lyp/6-311++g(d,p)文件呢？
A:
freq(readfc,raman) rb3lyp/6-311++g(d,p) guess=read ，同时用%chk指向之前的.chk文件
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2017.05.04 14:24:01
Q:
请问如何讲.xyz文件转化为 .gjf文件？
如果手动改的话.xyz文件中坐标有7列，前三列是坐标吗？后四列是什么呢？[图片]
A:
取决于输出的程序的定义，可能是速度之类。只管前三列即坐标就完了
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2017.05.04 14:31:31
Q:
求助：请问高斯算出来的结果怎么画能带结构？
A:
一维的能画，二维、三维的没法直接画@胡哈哈
Q:
请问Sob老师，三维的要怎么才能画？
A:
用CASTEP之类的专门的第一性原理程序
----------------------------------------------------
2017.05.04 14:35:12
Q:
卢老师，问您一个问题，给晶体表面的氧原子手动加氢后，怎么才能使得氢原子的角度方向处于最合适的位置？或者说怎么才能使得表面氧原子羟基化，并且使得结构最优？谢谢。
A:
随便加上去，然后优化就完了
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2017.05.04 14:50:51
Q:
[图片]SM8 没打错吧。。SMD？
A:
有SM8
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2017.05.04 14:56:07
Q:
[图片]输入为pbe1pbe/6-31g(d) td(nstate=60) IOp(3/76=0900001000)，请问老师们这个错误没见到过，是什么原因造成的呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.05.04 15:02:47
Q:
请问老师，一般怎么判断找到的minimum是中间体还是产物，通过能量高低吗吗，但也看到有的文献上有产物比中间体能量还高一点的
A:
产物该是什么样，有点基本的化学直觉就知道
----------------------------------------------------
2017.05.04 15:04:07
Q:
老师，一般高斯计算模拟，没有特别设置的话，默认的是在气相中还是固体？
A:
真空
----------------------------------------------------
2017.05.04 15:26:06
Q:
请教一个关于PSI4的问题，这个软件不支持使用赝势吧？
转行做计算了吧。。。
A:
不支持
----------------------------------------------------
2017.05.04 15:37:13
Q:
这么多年了，连氯胺的生成焓都没有实验数据
做实验的人都干嘛去了
请问一下，谁接触过氯胺类化合物有生成焓数据的
搜了大半天也没找到
[图片]
A:
NIST里搜
----------------------------------------------------
2017.05.04 16:27:16
Q:
老师，请问如果过渡态能量比反应前体还小，是不是就可判断搜索到的不是过渡态结构？没有必要跑IRC？（目前搜到的结构是一个虚频，振动方式正确，两个YES）
A:
不是搜的不是过渡态，而是漏了中间体
----------------------------------------------------
2017.05.04 16:36:43
Q:
电荷转移积分好像Multiwfn能做
A:
还没有完全弄好
----------------------------------------------------
2017.05.04 16:44:51
Q:
自己在PS里标的原子序号和名称，感觉丑的要哭了
[图片]
OA:
真有恒心
真有恒心
Q:
我还有一个70个原子的，我觉得如果要标的话，根本没法像老板解释进度
老板，你看我一个下午画好了一张图
OA:
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
老板说：不错丑出了新高度
A:
用我的脚本把原子标签显示出来，但是不显示分子，直接在ps里和CPK的图一合并就完了，不到半分钟就搞定
Q:
那个这里还有一个 condensed的数字要标到各个原子边上，也求一个自动处理方案哈。各路神仙。
[图片]
[图片]
大概搞成这样
有没有一位机智的智者站出来解救世人
[图片][图片]
老师，真的不一样
A:
如果序号最小的是0，说明是按照index显示的
用serial显示才是从1开始计
Q:
那应该用%1i 这个命令？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.05.04 17:00:54
Q:
老师，forcite与discover有啥
A:
功能很大程度重复，因此后来MS就把discover去掉了
----------------------------------------------------
2017.05.04 18:21:23
Q:
请教一下社长，orca能在casscf或者cas-nevpt2的基础上做NBO分析吗？
用NBO6做分析
A:
前者应该行，后者够呛，没具体试过
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2017.05.04 19:22:01
Q:
老师果然用这个%1命令显示起来就是对的了。再请问一下怎么样屏蔽H原子？
A:
使用命令时写上选择范围，范围用noh
Q:
atmlab noh 3 类似这样？
A:
y
Q:
Dose Work! thx a lot
老师，请问这个命令行能写到vmd.rc文件里，每次启动都自动加载吗？
A:
可
Q:
直接加在最后就可以吗？老师
A:
可
----------------------------------------------------
2017.05.04 20:06:50
Q:
[图片]请问老师这个 DY/DX 表示的是什么值啊？
[图片] 那这幅图中的阵子强度是怎么算出来的啊？恩强度是看Y的
[图片][图片] 第一幅图是我用紫外的实验数据图，第二附图是用gaussian模拟出来，其中两条线就是根据输出的 X Y DY/DX 做得图
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.05.04 20:12:14
Q:
问一个比较low的问题，前线轨道分布和激发态电子云分布能不能一起计算？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.05.04 21:14:01
Q:
Intel 赛扬四核 N3160
CPU主频1.6GHz
－－－这个Ｕ用来做计算怎么样？
A:
完全不能用
主要适合上网本和极度廉价的笔记本
Q:
怎么现在的笔记本都带光驱，这完全没必要呀。
A:
很多都不带了，尤其是轻薄本
----------------------------------------------------
2017.05.04 21:18:21
Q:
请问老师，能量分解得到的结果和高斯算出来的结果相差很大，都有哪些解决方法？
A:
先把单点能对上再说
Q:
我不是很明白您的意思？
您的意思是和高斯的能量变化趋势一致
老师您的意思是对单体做单点计算吗？
A:
两个程序算的单点若尚且对不上，能量分解得到的总相互作用能怎么可能和另一个程序算的对上。
----------------------------------------------------
2017.05.04 21:24:37
Q:
有没有熟练掌握高斯分析有机物的电子密度和键能的啊？
A:
多了去了
新人入群先看群文件里的群规
Q:
我先表明一下我的来意啊，现在我们课题组想做用量子化学分析有机物，主要是分析电子云密度和键能键长这一块的。苦于没人会，所以过来请教大家。
OA:
大博士想说点什么不？
Q:
豆豆是不是会啊？
OA:
豆豆说，你把字体改一下
你们课题组怎么这么弱呀？
Q:
我们课题组不是弱，主要是之前一直没有人做过这方面的
还有一点是目前文章需要修改，需要用到这个软件
OA:
如果你还不改字体的话，估计你就要被踢出去了
做什么任务？
Q:
这个字体应该可以吧？
OA:
先看群规越改越大了你
----------------------------------------------------
2017.05.04 21:50:53
OA:
ORCA也可以做MECP吧
Q:
有没有帖子我学学
A:
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
此文提到Multiwfn能用来如何被用来讨论化学键
另见
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
仔细看输出文件，如果正常结束，并且关键词正确，该输出的都输出了，sobMECP也不会无故报错
搞不明白就先把自带的例子重复一遍，确保操作无误，并且将你自己实际情况和例子文件对比
----------------------------------------------------
2017.05.04 21:50:53
Q:
看到昨天大家在讨论轨道能级的零点是把无穷远处的电子的能量定义为零，即以真空能级作为基准，那么计算的电离能和亲和势也是以真空能级作为基准吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.05.04 22:20:01
Q:
各位老师好，有个问题，各个激发态的表达式例如B2”之类，能用软件看出来怎么写吗？
[图片]
A:
高斯做TDDFT输出信息里直接给出了不可约表示
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2017.05.04 22:22:09
Q:
我在扫描二面角的时候，报错。[图片]
求解决方案~
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.05.04 22:25:03
Q:
老师：您好！请问condense Fukui function，怎样翻译好些？
A:
简缩福井函数
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2017.05.05 09:57:09
Q:
老师好，审稿人要求我用PW6B95-D3 (M06-2X-D3 or B3LYP-D3) 优化，我本身用的是B3LYP，请问老师PW6B95-D3 (M06-2X-D3 or B3LYP-D3) 这些泛函哪一个用时少，我现在时间有点紧张
需要再重新算一遍吗，还是继续算色散校正？
好的，谢谢大神
老师你好，还是色散输入问题，这个输入# ub3lyp/6-31+g(d,p) EmpiricalDispersion=GD3 opt 有什么错误吗
A:
无错
Q:
但是说是输入错误
A:
版本太老
PW6B95在g16里才支持，甭用它
三种泛函耗时半斤八两，B3LYP-D3最便宜
Q:
那我用这个B3LYP-D3可以在G09 运行吗
A:
可
Q:
但这个错误是怎么出来的QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
d,p) EmpiricalDispersion=GD3 opt
我用的是高斯09啊
A:
版本太老
你难道不知道g09还分很多修订版？
仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
这个倒是不太清楚。。。那我就做不了了是吗
A:
仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
因为这是审稿人要求我做的
老师，用DFT-D3可以计算色散修正能，但是本身几何结构优化是不发生变化的是吧
如果再用 PWPB95-D3/def2-QZVP计算单点能，在这种条件下可以实现吗
A:
变化啊，D3校正直接影响势能面
在ORCA下做可以
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2017.05.05 10:10:29
Q:
老师，请问一下，cbs-qb3出现L913后，加了CCSD(maxcyc=100)之后仍然是这个错误，应该怎么解决，B3LYP下没有问题
A:
甭用CBS-QB3，改用同级别Gn系列再试
Q:
用G4试过了，也是同样的错误
A:
自行手算每一步（解释有更多余地调节选项），或者甭用热力学组合方法，或者用NWChem里的ccCA系列方法（在高斯里手算实现也可以）
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2017.05.05 10:28:51
Q:
你可以试一下，算出来中心环NICS为正值。有较多文献中也提到这个问题了。而且nics计算中心是三元环，五元环，七元环的碳氢化合物体系，可能都是失效的。
但实际上coronene体系具有双重pi芳香性的，分为内环和外环两圈。
A:
[图片]
AdNDP的作者滥用AdNDP，得到一个荒诞结论
[图片]
Q:
所以内环是anti-aroma ti c？
A:
反正不是芳香性
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2017.05.05 10:34:32
Q:
各位老师，咨询一下，请问今年7月是有量化计算的初级培训班吗?量化基础比较薄弱，可以参加吗?或者之前要补充什么知识能跟得上课程?
A:
7月是基础班，深度和广度比初级班大得多，零基础上基础班够呛
年底会有第三届初级班，适合零基础、初学者参加
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2017.05.05 10:42:23
Q:
[图片] 老师，从这个图中，能够说明激发类型为LE吗？谢谢老师
A:
整体激发，带轻微的CT
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2017.05.05 10:46:28
Q:
老师 multiwfn里面AIM分析的拉普拉斯值不用x（-4）是不是丫
AIM2000里的要x（-4）
A:
不明白你的意思
Multiwfn里各种实空间函数的定义在手册2.6节有明示
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