求助：这样的夹角，怎么在VMD里计算

夏夜晚风 · 发表于 Post on 2015-1-19 09:59:58

各位大神，我想计算动力学轨迹中这样一个角度：自定义的一个由A、B、C 3个原子构成的平面的法向量与另外两个原子（D、A原子）连线之间形成的夹角。请问VMD里可以实现吗？如果可以，是否需要编写脚本？轨迹是amber轨迹。具体如图所示：

这个问题困扰了我好久，请各位大神不吝赐教！谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-1-19 12:52:47

通过编写脚本来算

你用4个原子的坐标来求这个夹角就是了

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-19 17:19:11

必须通过脚本
看这个帖子中的方法2
http://sobereva.com/178
其中的脚本veccross "$vec1x $vec1y $vec1z" "$vec2x $vec2y $vec2z"这一句计算AB（矢量1）与AC（矢量2）叉乘的命令得到的就是ABC的法向量，然后你再根据a·b=|a||b|cosθ获得夹角θ即可。

夏夜晚风 · 发表于 Post on 2015-1-19 23:11:12

sobereva 发表于 2015-1-19 17:19
必须通过脚本
看这个帖子中的方法2
http://sobereva.com/178

完全明白！多谢sob！

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