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[Multiwfn使用咨询] ICSS研究芳香性的问题

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老师,请问我在绘制ICSS的过程中,生成的.gif会在文件夹中吗?这里生成了但是文件夹里没有,也不能生成.out文件,希望得到老师的解答。

VWNL1YSW3CGAFP6%H`8X[6U.png (21.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

VWNL1YSW3CGAFP6%H`8X[6U.png

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发表于 Post on 2017-8-30 16:20:45 | 只看该作者 Only view this author
把手册首页“!!!!!!!!!! ALL USERS MUST READ !!!!!!!!!!”看了,此即说明不理解当前目录在哪儿

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-30 20:16:25 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-8-30 16:20
把手册首页“!!!!!!!!!! ALL USERS MUST READ !!!!!!!!!!”看了,此即说明不理解当前目录在哪儿

老师,生成的.gif文件找到了,但应该怎样调用高斯运行?谢谢老师

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发表于 Post on 2017-8-30 20:18:36 | 只看该作者 Only view this author
落花飘雨679 发表于 2017-8-30 20:16
老师,生成的.gif文件找到了,但应该怎样调用高斯运行?谢谢老师

跑高斯用什么系统

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-30 20:23:33 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-8-30 20:18
跑高斯用什么系统

老师用的是Linux

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发表于 Post on 2017-8-30 20:25:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-8-30 20:26 编辑

如果有队列系统的话用队列系统,如果没有,把这些gjf文件放到一个文件夹里,写一个sh文件,比如run.sh,里面每行是一条正常的命令,如
  1. g09 NICS0001.gjf NICS0001.out
  2. g09 NICS0002.gjf NICS0002.out
  3. 。。。
  4. g09 NICS0017.gjf NICS0017.out
复制代码
可以用excel的公式辅助写这些命令。然后cd到gjf文件所在的目录下,运行". run.sh"(不含引号)就可以了

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发表于 Post on 2017-8-30 20:42:48 | 只看该作者 Only view this author
落花飘雨679 发表于 2017-8-30 20:16
老师,生成的.gif文件找到了,但应该怎样调用高斯运行?谢谢老师

用这里提到的脚本批量执行
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-30 21:08:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-30 20:42
用这里提到的脚本批量执行
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258

谢谢老师,我明白了,老师如果是比较大的体系,十几个苯环,格点间距一般设为多大比较好?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-30 21:11:43 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-8-30 20:25
如果有队列系统的话用队列系统,如果没有,把这些gjf文件放到一个文件夹里,写一个sh文件,比如run.sh, ...

谢谢老师的解答,明白了

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发表于 Post on 2017-8-30 21:13:58 | 只看该作者 Only view this author
落花飘雨679 发表于 2017-8-30 21:08
谢谢老师,我明白了,老师如果是比较大的体系,十几个苯环,格点间距一般设为多大比较好?


跟你的计算能力、计算级别都有关系。计算总耗时和格点数成正比,视情况而定。点数越多图像越平滑但也越耗时。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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