利用NAMD模拟分子的固定方向的运动

Will_h · 发表于 Post on 2017-8-18 05:08:31

求教各位大神！在用NAMD模拟的时候，怎么样才可以让导入进体系的分子集中想某一位置移动，然后在某一区域集中起来运动。也可以理解为一个很小的区域有比较强的引力场，让所有分子都集中到一起运动呢？谢谢大家！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-8-19 12:23:13

用tclforce或者gridforce设定一个场就行了

Will_h · 发表于 Post on 2017-8-20 06:54:16

fhh2626 发表于 2017-8-19 12:23
用tclforce或者gridforce设定一个场就行了

谢谢大神回复！我去了解一下，这个有例子的教程吗？我好像只在用户手册上看到了。

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-8-20 11:41:52

Will_h 发表于 2017-8-20 06:54
谢谢大神回复！我去了解一下，这个有例子的教程吗？我好像只在用户手册上看到了。

官网上有tclforce的tutorial

Will_h · 发表于 Post on 2017-8-21 05:27:08

fhh2626 发表于 2017-8-20 11:41
官网上有tclforce的tutorial

好的，谢谢你！

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-7 00:29:54

fhh2626 发表于 2017-8-20 11:41
官网上有tclforce的tutorial

不好意思打扰了！请问您之前有做过用tclforce或者gridforce设定过场吗？我看tcl的教程里面好像没有相关的例子，谢谢您了！！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-7 18:36:38

Will_h 发表于 2017-9-7 00:29
不好意思打扰了！请问您之前有做过用tclforce或者gridforce设定过场吗？我看tcl的教程里面好像没有相关的 ...

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

里面有个user defined force in NAMD，里面有tclforce和gridforce的详细介绍

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-8 02:11:15

fhh2626 发表于 2017-9-7 18:36
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

里面有个user defined force in NAMD，里面有tclforce和 ...

嗯嗯好的，我已经着手了！感谢大神！

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