关于dmol3中TS search时出现极相近的两个虚频时如何消除不需要的虚频的问题

夜夜衣

我在用DMOL3进行TS search时出现了两个极为相近的虚频（-659.7，-658.9），然后我用vibrational analysis找到了我需要的振动方式，并将其animation之后得到了一个-659.7.xtd文件，然后我是应该对得到的这个-657.xtd文件进行TS optimization，还是应该对TS.xtd文件进行TS optimization呢？还有，这两种我都试了，软件会提示（需要一个海森矩阵），那么怎么导入海森矩阵呢？望各位前辈指导。

卡开发发

过渡态精修应该用TS optimization做， 而不是TS confirnation，是TS search计算后产生的xsd做，Hessian矩阵是通过产生-659.7.xtd的animation之后就可以了。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-2 12:36
过渡态精修应该用TS optimization做， 而不是TS confirnation，是TS search计算后产生的xsd做，Hessian矩阵 ...

好的谢谢前辈的回答，我是想写optimization来者的，刚刚接触这个，手一抖一下写错了，我已经改过来了。昨天我是对-659.7.xtd进行TS optimization的，但是昨天一直提示要引入矩阵，但是今天我重新将它animation之后，然后惊奇的发现不需要矩阵了，不知道是怎么回事。。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-2 12:36
过渡态精修应该用TS optimization做， 而不是TS confirnation，是TS search计算后产生的xsd做，Hessian矩阵 ...

我再确认下，您的意思是将我需要的振动方式animation后就会产生海森矩阵，然后我再对TS.xsd进行TS optimization之后，那个我不需要的虚频就会呗消除掉吗？

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-9-2 12:42
好的谢谢前辈的回答，我是想写optimization来者的，刚刚接触这个，手一抖一下写错了，我已经改过来了。昨 ...

animation之后程序就会自动去读对应模式的Hessian。原则上会跟踪你选中的模式保留虚频，单如果那两个模式耦合很严重的话，TS optimization也不一定能够完全消除另外一个虚频。这有可能会是LST/QST过程两端反应物或产物结构不合理，或者LST/QST的精度太低没搜索到足够合理的初始过渡态结构，也有可能会是路径不合适（比如并非基元过程），甚至还有可能是精度不足导致的，具体的暂时很难说，等出了问题再看具体情况

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-2 13:13
animation之后程序就会自动去读对应模式的Hessian。原则上会跟踪你选中的模式保留虚频，单如果那两个模式 ...

好的，我先按前辈的试试。

夜夜衣

夜夜衣 发表于 2017-9-2 13:43
好的，我先按前辈的试试。

前辈，我做TS optimization的时候老是报错，找了好久也没找到问题，我上传个文件能不能麻烦你帮我看看 是哪里出了问题。

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-9-5 12:11
前辈，我做TS optimization的时候老是报错，找了好久也没找到问题，我上传个文件能不能麻烦你帮我看看 是 ...

把outmol文件上传上来。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-5 13:04
把outmol文件上传上来。

好的

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-9-5 13:07
好的

没有找到错误的提示，你重新提交任务看看是否出现其他非正常中断。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-5 13:58
没有找到错误的提示，你重新提交任务看看是否出现其他非正常中断。

我是提交到组里的服务器上的，我已经试过几次提交了，都是这种情况，err文件中也没有报错的提示，还有我那两个极为极为相近的虚频其实应该说是一个虚频（类似于一条抛物线被分解成了水平方向和竖直方向的振动方式）， 不是那种一个很大一个很小的情况（比如-1331，-121 ），这两种情况我都试过了，还是不行。另外input最后一行DMOL3生成的时候Frequency_analysis 是on，但是这样服务器不让算，最后改成了old才让算。前辈你看看有什么建议吗

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-9-5 14:09
我是提交到组里的服务器上的，我已经试过几次提交了，都是这种情况，err文件中也没有报错的提示，还有我 ...

这个很难讲，有可能是作业调度导致，也有可能是你PC的MS版本和Console不一致引起，也许还有其他因素，我暂时很难判断。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-5 14:20
这个很难讲，有可能是作业调度导致，也有可能是你PC的MS版本和Console不一致引起，也许还有其他因素，我 ...

好的，我和导师分析应该是产物的结构出了问题，这个体系不好找过渡态，我得发邮件问问文献的作者才行，不过还是谢谢前辈你，花这么多时间分析

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-9-5 15:53
好的，我和导师分析应该是产物的结构出了问题，这个体系不好找过渡态，我得发邮件问问文献的作者才行，不 ...

我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-5 16:32
我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

我先试着处理下把，有结果了再跟前辈联系~