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[Gaussian/gview] 如何优化一个柔性很大的聚合物?

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如题,学生尝试优化一个柔性很大的聚合物分子,如下图。首先尝试模拟退火法,但是每次模拟出来的结果都不一致,再采用高斯优化得不到一致的结构。也曾尝试高斯分子力场的方法,但感觉和gview clean 一个效果...组里建议用CONFLEX构象搜索,是否可行?对于柔性很大的分子,如何得到最稳定构型?谢谢

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发表于 Post on 2017-10-23 23:51:02 | 只看该作者 Only view this author
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388

高斯的分子力场显然和clean不是一个效果。clean比UFF都粗糙得多。
molclus的gentor+Gaussian的UFF做初筛,然后PM7做二筛,最后DFT做三筛。看molclus帖子里过程表达的思想

每次退火结果不同是非常正常的,你跑100轮退火,再用每一轮的温度最低的构型用量化优化,选出来能量最低的一批再用更高级别进一步优化/算能量,最终取能量最低的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-25 08:44:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-23 23:51
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-10-26 21:01:39 | 只看该作者 Only view this author
可以试试Grimme的XTB程序,速度快且自带模拟退火。。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-26 21:25:43 | 只看该作者 Only view this author
ikea1984 发表于 2017-10-26 21:01
可以试试Grimme的XTB程序,速度快且自带模拟退火。。。

可否具体说明,我没有找到这个软件?辛苦辛苦

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发表于 Post on 2017-10-26 22:23:27 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2017-10-26 21:25
可否具体说明,我没有找到这个软件?辛苦辛苦

申请:https://www.chemie.uni-bonn.de/p ... er/software/xtb/xtb
介绍:http://bbs.keinsci.com/thread-6662-1-1.html

感觉吊打PM6

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发表于 Post on 2017-10-26 22:34:14 | 只看该作者 Only view this author
ikea1984 发表于 2017-10-26 22:23
申请:https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb
介绍:http://bbs.keins ...

xTB和PM6互有胜负,还没有能达到完胜PM6的地步
PM6支持比较广泛,而且在MOPAC里执行速度应当是肯定超过xTB的,尤其是大体系开了MOZYME时(虽然我没测试过xTB)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-10-26 22:47:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-26 22:34
xTB和PM6互有胜负,还没有能达到完胜PM6的地步
PM6支持比较广泛,而且在MOPAC里执行速度应当是肯定超过x ...

不开MOZYME感觉PM6并不快,当然XTB也不算快,XTB能跑OpenMP并行而且貌似性能还行
PM6对于有机体系可能还凑合,但是稍微复杂一点的体系经常狗带,而XTB感觉通吃性能强一些,经常优化得挺像那么回事,所以一般用来做DFT计算前的预优化

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-27 09:42:43 | 只看该作者 Only view this author
ikea1984 发表于 2017-10-26 22:23
申请:https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb
介绍:http://bbs.keins ...

太赞了,蟹蟹

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发表于 Post on 2017-10-27 11:11:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-26 22:34
xTB和PM6互有胜负,还没有能达到完胜PM6的地步
PM6支持比较广泛,而且在MOPAC里执行速度应当是肯定超过x ...

sob老师,100多个原子组成的大体系做弱相互作用分析时,用orca优化很难优化,用TightOPT优化一直震荡不能收敛,除了用类似calcfc的方法,其他方法都试了,因为我这是在smd隐性溶剂中做的,貌似没有二阶解析导数,是不是计算很慢?只能用looseopt能很快收敛,是不是还是要做振动分析看有没有虚频,但是振动分析也是做二阶解析导数。这种情况一般怎么处理呢?谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-10-27 13:05:33 | 只看该作者 Only view this author
苏玖染 发表于 2017-10-27 11:11
sob老师,100多个原子组成的大体系做弱相互作用分析时,用orca优化很难优化,用TightOPT优化一直震荡不能 ...

能用高斯还是用高斯,优化算法比几乎其它程序都更稳健,而且导数支持好
tightopt比默认肯定会更难收敛。没有特殊必要不要用
没有二阶解析导数则计算Hessian会超级慢
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