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[GROMACS] 求助gmx运行em时出现问题

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本帖最后由 guang2yang12 于 2020-7-7 15:47 编辑

初学gmx,借助高斯对有机小分子进行了结构优化,并利用Multiwfn计算了RESP电荷,之后利用ambertools和acpype产生了拓扑文件。参照“水中的溶菌酶”教程,使用指令gmx editconf -f WAT.gro -o WAT_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic 建立了立体盒子,并使用指令gmx solvate -cp WAT_box.gro -cs spc216.gro -o WAT_water.gro -p WAT.top 在盒子中加入水溶剂,紧接着想进行能量最小化操作,但输入指令gmx grompp -f minim.mdp -c WAT_water.gro -p WAT.top -o em.tpr 后,出现以下报错:ERROR 1 [file WAT.top, line 380]: No such moleculetype SOL 。打开top文件后,转至molecules,的确出现了SOL。在网上查找原因,推测top文件中缺少对水的描述。
之前重复了“水中的溶菌酶”教程,打开当时生成的top文件后发现对水有这么一段描述,
; Include water topology
#include "oplsaa.ff/spce.itp"

所以考虑是不是应该也加上类似的这两句话,尝试着复制粘贴到我的top文件中,又出现另外的报错。但水的溶菌酶中使用的是opls-aa力场,我的这些分子使用的力场是GAFF2,所以不清楚这两句话如何改写,还是说要生成水的itp文件?麻烦老师具体指导一下怎么解决这个报错。
WAT.top (24.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)




下载.png (17.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

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WAT_water.gro

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发表于 Post on 2020-7-8 03:12:46 | 只看该作者 Only view this author
把#include "oplsaa.ff/spce.itp"加到合适的位置就完了

用GROMACS自带的OPLS-AA/L跑蛋白质是馊主意,仔细看J. Chem. Theory Comput., 8, 2725 (2012)。死活非要用OPLS系的起码也应该用OPLS/AA-M。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-8 09:40:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-8 03:12
把#include "oplsaa.ff/spce.itp"加到合适的位置就完了

用GROMACS自带的OPLS-AA/L跑蛋白质是馊主意,仔 ...

谢谢社长,还想请教一下,如果要将水溶剂改成其他溶剂,如DMSO, DMF等,应该如何操作呢?

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发表于 Post on 2020-7-9 07:08:39 | 只看该作者 Only view this author
guang2yang12 发表于 2020-7-8 09:40
谢谢社长,还想请教一下,如果要将水溶剂改成其他溶剂,如DMSO, DMF等,应该如何操作呢?

packmol建盒子
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-9 10:57:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-9 07:08
packmol建盒子
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473(http://bbs.keinsc ...

好的,谢谢老师

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