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[新手求助] 找过渡态遇到的问题

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找过渡态时,用的# opt=(calcfc,noeigen,ts) freq temperature=323.15 m062x/6-31+g(d) ,构建一个初始过渡态,但放进去计算了一夜还没有出来一个点,或者有时计算的特别特别慢,这是怎么回事,又该怎么解决?谢谢

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发表于 Post on 2017-6-19 18:06:00 | 只看该作者 Only view this author
方便的话贴一下输出文件啊

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发表于 Post on 2017-6-19 18:35:26 | 只看该作者 Only view this author
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥散也不是必须的)
慢不慢要看体系大小、设定、计算条件,只有你当前的信息什么也没法讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-19 21:01:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yanmu 于 2017-6-20 10:16 编辑
xujian 发表于 2017-6-19 18:06
方便的话贴一下输出文件啊


int2.PNG (36.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-19 21:04:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yanmu 于 2017-6-19 21:18 编辑
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥 ...

老师,我的体系是双苯基硅烷做负氢給体还原胺和二氧化碳的反应,并且有阴离子作催化剂,几何优化和找过渡态还用加弥散吗?直接用m062x/6-31g(d)吗?还用加极化吗?溶剂化单点能是smd模型,m062x/6-311++g(d,p)和m052x/6-31g(d)两个都用了,并且能量差别有点大。目前找过渡态计算有些慢,有时过渡态中会出现带四个苯环的分子和带两个苯环的分子反应,想寻找出错原因。谢谢老师。

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发表于 Post on 2017-6-20 03:23:26 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-6-19 21:04
老师,我的体系是双苯基硅烷做负氢給体还原胺和二氧化碳的反应,并且有阴离子作催化剂,几何优化和找过渡 ...


直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义,极化显然得加,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

结合SMD算溶解自由能用m052x/6-31g(d),用m062x/6-311++g(d,p)结果只会更烂,这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

想进一步图快的话,泛函可先用B3LYP,反复尝试,找到过渡态后,再改用更昂贵的M06-2X
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-20 08:27:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-20 03:23
直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义,极化显然得加,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.co ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-20 08:31:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-20 03:23
直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义,极化显然得加,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.co ...

那我直接拿之前优化好的结构用新的基组做输入文件,重新优化,这样可以吗

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发表于 Post on 2017-6-21 13:34:22 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-6-20 08:31
那我直接拿之前优化好的结构用新的基组做输入文件,重新优化,这样可以吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-22 17:03:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-20 03:23
直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义,极化显然得加,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.co ...

老师,先用b3lyp找到过渡态后,能直接将过渡态那个点做输入文件改成新泛函m062x找过渡态吗?

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发表于 Post on 2017-6-22 17:05:10 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-6-22 17:03
老师,先用b3lyp找到过渡态后,能直接将过渡态那个点做输入文件改成新泛函m062x找过渡态吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 10:27:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥 ...

老师你好,计算一个脱水的基元反应时,液相计算的能垒比气相还高是怎么回事?

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发表于 Post on 2017-9-10 11:05:11 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-9-10 10:27
老师你好,计算一个脱水的基元反应时,液相计算的能垒比气相还高是怎么回事?

这并不意外
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 16:49:14 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-15 21:23:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥 ...

老师,我想问一下一般反应中质子化怎么处理,像A + H+= AH+的反应,算自由能时,是直接优化一个H离子计算吗?对质子有没有特别的处理?

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